Datasets:

tyang816
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1l3e_B-Q09472	MGSGAHTADPEKRKLIQQQLVLLLHAHKCQRREQANGEVRQCNLPHCRTMKNVLNHMTHCQSGKSCQVAHCASSRQIISHWKNCTRHDCPVCLPLKNAGDK	DDDDDDDDPPVVLVVLLVVLVLLVQLVQQAFPCVVPVDPPDDPDPCSVVSVVLVVVLVDDPPACPPPPPCNNVVVVSVVCLVPDPDCPPSSNNVVVVVVVV	LLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSTTTSLLLLLLLSTTHHHHHHHHHHHTTLLLGGGLLSTTHHHHHHHHHHHHHLLLTTLTTTHHHHHHHHH	209
1r5s_A-P08050	SPSKDCGSPKYAYFNGCSSPTAPLSPMSPPGYKLVTGDRNNSSCRNYNKQASEQNWANYSAEQNRMGQAGSTISNSHAQPFDFPDDNQNAKKVAAGHELQPLAIVDQRPSSRASSRASSRPRPDDLEI	DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDPPPDDDDPPVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVPPPDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDPDDDDD	LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLSLLLLL	56,148,213,257,267,289,290
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GO-CC Dataset with AlphaFold2 Structural Sequence

Description: Cellular Component of Gene Ontology (GO) project.
Number of labels: 320
Problem Type: multi_label_classification
Columns:
- aa_seq: protein amino acid sequence
- foldseek_seq: foldseek 20 3di structural sequence
- ss8_seq: DSSP 8 secondary structure sequence

Github

Simple, Efficient and Scalable Structure-aware Adapter Boosts Protein Language Models

https://github.com/tyang816/SES-Adapter

Citation

Please cite our work if you use our dataset.

@article{tan2024ses-adapter,
  title={Simple, Efficient, and Scalable Structure-Aware Adapter Boosts Protein Language Models},
  author={Tan, Yang and Li, Mingchen and Zhou, Bingxin and Zhong, Bozitao and Zheng, Lirong and Tan, Pan and Zhou, Ziyi and Yu, Huiqun and Fan, Guisheng and Hong, Liang},
  journal={Journal of Chemical Information and Modeling},
  year={2024},
  publisher={ACS Publications}
}

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12 MB

Size of the auto-converted Parquet files:

8.52 MB

Number of rows:

13,994

Collection including tyang816/GO_CC_AlphaFold2

Protein-wise Anotation

Collection

8 items • Updated Sep 21