Datasets:

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "parse_response", "(", "response", ")", ":", "if", "response", ".", "headers", ".", "get", "(", "'Content-Type'", ",", "JSON_TYPE", ")", ".", "startswith", "(", "JSON_TYPE", ")", ":", "return", "ResponseObject", "(", "json", ".", "loads", "(", "response", ".", "body", ")", ")", "else", ":", "return", "response", ".", "body" ]

[ "parse", "response", "and", "return", "a", "dictionary", "if", "the", "content", "type", ".", "is", "json", "/", "application", ".", ":", "param", "response", ":", "HTTPRequest", ":", "return", "dictionary", "for", "json", "content", "type", "otherwise", "response", "body" ]

[ "def", "create_transaction", "(", "self", ",", "to_account", ")", ":", "from_account", "=", "self", ".", "statement_import", ".", "bank_account", "transaction", "=", "Transaction", ".", "objects", ".", "create", "(", ")", "Leg", ".", "objects", ".", "create", "(", "transaction", "=", "transaction", ",", "account", "=", "from_account", ",", "amount", "=", "+", "(", "self", ".", "amount", "*", "-", "1", ")", ")", "Leg", ".", "objects", ".", "create", "(", "transaction", "=", "transaction", ",", "account", "=", "to_account", ",", "amount", "=", "-", "(", "self", ".", "amount", "*", "-", "1", ")", ")", "transaction", ".", "date", "=", "self", ".", "date", "transaction", ".", "save", "(", ")", "self", ".", "transaction", "=", "transaction", "self", ".", "save", "(", ")", "return", "transaction" ]

[ "Create", "a", "transaction", "for", "this", "statement", "amount", "and", "account", "into", "to_account" ]

[ "def", "get_request_params", "(", "self", ")", "->", "List", "[", "ExtensionParameter", "]", ":", "return", "_build_parameters", "(", "self", ".", "server_no_context_takeover", ",", "self", ".", "client_no_context_takeover", ",", "self", ".", "server_max_window_bits", ",", "self", ".", "client_max_window_bits", ",", ")" ]

[ "Build", "request", "parameters", "." ]

[ "def", "_set_logging", "(", "logger_name", "=", "\"colin\"", ",", "level", "=", "logging", ".", "INFO", ",", "handler_class", "=", "logging", ".", "StreamHandler", ",", "handler_kwargs", "=", "None", ",", "format", "=", "'%(asctime)s.%(msecs).03d %(filename)-17s %(levelname)-6s %(message)s'", ",", "date_format", "=", "'%H:%M:%S'", ")", ":", "if", "level", "!=", "logging", ".", "NOTSET", ":", "logger", "=", "logging", ".", "getLogger", "(", "logger_name", ")", "logger", ".", "setLevel", "(", "level", ")", "# do not readd handlers if they are already present", "if", "not", "[", "x", "for", "x", "in", "logger", ".", "handlers", "if", "isinstance", "(", "x", ",", "handler_class", ")", "]", ":", "handler_kwargs", "=", "handler_kwargs", "or", "{", "}", "handler", "=", "handler_class", "(", "*", "*", "handler_kwargs", ")", "handler", ".", "setLevel", "(", "level", ")", "formatter", "=", "logging", ".", "Formatter", "(", "format", ",", "date_format", ")", "handler", ".", "setFormatter", "(", "formatter", ")", "logger", ".", "addHandler", "(", "handler", ")" ]

[ "Set", "personal", "logger", "for", "this", "library", "." ]

[ "def", "AgregarUbicacionTambo", "(", "self", ",", "latitud", ",", "longitud", ",", "domicilio", ",", "cod_localidad", ",", "cod_provincia", ",", "codigo_postal", ",", "nombre_partido_depto", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "ubic_tambo", "=", "{", "'latitud'", ":", "latitud", ",", "'longitud'", ":", "longitud", ",", "'domicilio'", ":", "domicilio", ",", "'codLocalidad'", ":", "cod_localidad", ",", "'codProvincia'", ":", "cod_provincia", ",", "'nombrePartidoDepto'", ":", "nombre_partido_depto", ",", "'codigoPostal'", ":", "codigo_postal", "}", "self", ".", "solicitud", "[", "'tambo'", "]", "[", "'ubicacionTambo'", "]", "=", "ubic_tambo", "return", "True" ]

[ "Agrego", "los", "datos", "del", "productor", "a", "la", "liq", "." ]

[ "def", "check_valid_hierarchies", "(", "instance", ")", ":", "hierarchies", "=", "instance", ".", "get", "(", "'hierarchies'", ",", "{", "}", ")", ".", "values", "(", ")", "dimensions", "=", "set", "(", "instance", ".", "get", "(", "'dimensions'", ",", "{", "}", ")", ".", "keys", "(", ")", ")", "all_levels", "=", "set", "(", ")", "for", "hierarcy", "in", "hierarchies", ":", "levels", "=", "set", "(", "hierarcy", ".", "get", "(", "'levels'", ",", "[", "]", ")", ")", "if", "len", "(", "all_levels", ".", "intersection", "(", "levels", ")", ")", ">", "0", ":", "# Dimension appears in two different hierarchies", "return", "False", "all_levels", "=", "all_levels", ".", "union", "(", "levels", ")", "if", "not", "dimensions", ".", "issuperset", "(", "levels", ")", ":", "# Level which is not in a dimension", "return", "False", "return", "True" ]

[ "Additional", "check", "for", "the", "hierarchies", "model", "to", "ensure", "that", "levels", "given", "are", "pointing", "to", "actual", "dimensions" ]

[ "def", "effects", "(", "self", ",", "raise_on_error", "=", "True", ")", ":", "return", "EffectCollection", "(", "[", "effect", "for", "variant", "in", "self", "for", "effect", "in", "variant", ".", "effects", "(", "raise_on_error", "=", "raise_on_error", ")", "]", ")" ]

[ "Parameters", "----------", "raise_on_error", ":", "bool", "optional", "If", "exception", "is", "raised", "while", "determining", "effect", "of", "variant", "on", "a", "transcript", "should", "it", "be", "raised?", "This", "default", "is", "True", "meaning", "errors", "result", "in", "raised", "exceptions", "otherwise", "they", "are", "only", "logged", "." ]

[ "def", "string_class", "(", "cls", ")", ":", "if", "not", "PY3", ":", "if", "'__str__'", "not", "in", "cls", ".", "__dict__", ":", "raise", "TypeError", "(", "'the given class has no __str__ method'", ")", "cls", ".", "__unicode__", ",", "cls", ".", "__string__", "=", "(", "cls", ".", "__str__", ",", "lambda", "self", ":", "self", ".", "__unicode__", "(", ")", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", ")", "return", "cls" ]

[ "Define", "__unicode__", "and", "__str__", "methods", "on", "the", "given", "class", "in", "Python", "2", "." ]

[ "def", "data_available", "(", "dataset_name", "=", "None", ")", ":", "try", ":", "from", "itertools", "import", "zip_longest", "except", "ImportError", ":", "from", "itertools", "import", "izip_longest", "as", "zip_longest", "dr", "=", "data_resources", "[", "dataset_name", "]", "zip_urls", "=", "(", "dr", "[", "'files'", "]", ",", ")", "if", "'save_names'", "in", "dr", ":", "zip_urls", "+=", "(", "dr", "[", "'save_names'", "]", ",", ")", "else", ":", "zip_urls", "+=", "(", "[", "]", ",", ")", "for", "file_list", ",", "save_list", "in", "zip_longest", "(", "*", "zip_urls", ",", "fillvalue", "=", "[", "]", ")", ":", "for", "f", ",", "s", "in", "zip_longest", "(", "file_list", ",", "save_list", ",", "fillvalue", "=", "None", ")", ":", "if", "s", "is", "not", "None", ":", "f", "=", "s", "# If there is a save_name given, use that one", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "data_path", ",", "dataset_name", ",", "f", ")", ")", ":", "return", "False", "return", "True" ]

[ "Check", "if", "the", "data", "set", "is", "available", "on", "the", "local", "machine", "already", "." ]

[ "def", "autocomplete", "(", "self", ",", "name", ",", "context_name", "=", "None", ",", "include_dubious", "=", "False", ")", ":", "if", "context_name", "and", "context_name", "not", "in", "self", ".", "valid_contexts", ":", "raise", "ValueError", "(", "'\"{}\" is not a valid context name'", ".", "format", "(", "context_name", ")", ")", "if", "self", ".", "use_v1", ":", "uri", "=", "'{p}/autocompleteBoxQuery'", ".", "format", "(", "p", "=", "self", ".", "prefix", ")", "data", "=", "{", "'queryString'", ":", "name", "}", "if", "context_name", ":", "data", "[", "'contextName'", "]", "=", "context_name", "else", ":", "uri", "=", "'{p}/autocomplete_name'", ".", "format", "(", "p", "=", "self", ".", "prefix", ")", "data", "=", "{", "'name'", ":", "name", "}", "if", "context_name", ":", "data", "[", "'context_name'", "]", "=", "context_name", "if", "include_dubious", ":", "data", "[", "'include_dubious'", "]", "=", "True", "return", "self", ".", "json_http_post", "(", "uri", ",", "data", "=", "anyjson", ".", "dumps", "(", "data", ")", ")" ]

[ "Takes", "a", "name", "and", "optional", "context_name", "returns", "a", "list", "of", "matches", ".", "Each", "match", "is", "a", "dict", "with", ":", "higher", "boolean", "DEF???", "exact", "boolean", "for", "exact", "match", "ottId", "int", "name", "name", "(", "or", "uniqname???", ")", "for", "the", "taxon", "in", "OTT", "nodeId", "int", "ID", "of", "not", "in", "the", "taxomachine", "db", ".", "probably", "not", "of", "use", "to", "anyone", "..." ]

[ "def", "reindex_to", "(", "self", ",", "x", ",", "attribute", "=", "\"Name\"", ")", ":", "names", "=", "[", "i", "[", "attribute", "]", "for", "i", "in", "x", "]", "new", "=", "self", ".", "copy", "(", ")", "new", ".", "data", "=", "new", ".", "data", ".", "reindex", "(", "names", ")", "return", "new" ]

[ "Returns", "a", "copy", "that", "only", "has", "rows", "corresponding", "to", "feature", "names", "in", "x", "." ]

[ "def", "_grid_widgets", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_canvas", ".", "grid", "(", "sticky", "=", "\"nswe\"", ")", "self", ".", "header_label", ".", "grid", "(", "row", "=", "1", ",", "column", "=", "1", ",", "sticky", "=", "\"nswe\"", ",", "pady", "=", "5", ",", "padx", "=", "5", ")", "self", ".", "text_label", ".", "grid", "(", "row", "=", "3", ",", "column", "=", "1", ",", "sticky", "=", "\"nswe\"", ",", "pady", "=", "6", ",", "padx", "=", "5", ")" ]

[ "Place", "the", "widgets", "in", "the", "Toplevel", "." ]

[ "def", "logmid_n", "(", "max_n", ",", "ratio", "=", "1", "/", "4.0", ",", "nsteps", "=", "15", ")", ":", "l", "=", "np", ".", "log", "(", "max_n", ")", "span", "=", "l", "*", "ratio", "start", "=", "l", "*", "(", "1", "-", "ratio", ")", "*", "0.5", "midrange", "=", "start", "+", "1.0", "*", "np", ".", "arange", "(", "nsteps", ")", "/", "nsteps", "*", "span", "nvals", "=", "np", ".", "round", "(", "np", ".", "exp", "(", "midrange", ")", ")", ".", "astype", "(", "\"int32\"", ")", "return", "np", ".", "unique", "(", "nvals", ")" ]

[ "Creates", "an", "array", "of", "integers", "that", "lie", "evenly", "spaced", "in", "the", "middle", "of", "the", "logarithmic", "scale", "from", "0", "to", "log", "(", "max_n", ")", "." ]

[ "def", "_get_params", "(", "self", ",", "rdata", ")", ":", "if", "'params'", "in", "rdata", ":", "if", "isinstance", "(", "rdata", "[", "'params'", "]", ",", "dict", ")", "or", "isinstance", "(", "rdata", "[", "'params'", "]", ",", "list", ")", "or", "rdata", "[", "'params'", "]", "is", "None", ":", "return", "rdata", "[", "'params'", "]", "else", ":", "# wrong type", "raise", "InvalidRequestError", "else", ":", "return", "None" ]

[ "Returns", "a", "list", "of", "jsonrpc", "request", "s", "method", "parameters", "." ]

[ "def", "AvgPool3D", "(", "a", ",", "k", ",", "strides", ",", "padding", ")", ":", "patches", "=", "_pool_patches", "(", "a", ",", "k", ",", "strides", ",", "padding", ".", "decode", "(", "\"ascii\"", ")", ")", "return", "np", ".", "average", "(", "patches", ",", "axis", "=", "tuple", "(", "range", "(", "-", "len", "(", "k", ")", ",", "0", ")", ")", ")", "," ]

[ "Average", "3D", "pooling", "op", "." ]

[ "def", "update_keywords", "(", "self", ")", ":", "for", "field", "in", "record_get_field_instances", "(", "self", ".", "record", ",", "'653'", ",", "ind1", "=", "'1'", ")", ":", "subs", "=", "field_get_subfields", "(", "field", ")", "new_subs", "=", "[", "]", "if", "'a'", "in", "subs", ":", "for", "val", "in", "subs", "[", "'a'", "]", ":", "new_subs", ".", "extend", "(", "[", "(", "'9'", ",", "'author'", ")", ",", "(", "'a'", ",", "val", ")", "]", ")", "new_field", "=", "create_field", "(", "subfields", "=", "new_subs", ",", "ind1", "=", "'1'", ")", "record_replace_field", "(", "self", ".", "record", ",", "'653'", ",", "new_field", ",", "field_position_global", "=", "field", "[", "4", "]", ")" ]

[ "653", "Free", "Keywords", "." ]

[ "def", "choice", "(", "self", ",", "message", ",", "choices", "=", "None", ",", "select", "=", "None", ",", "cancel", "=", "None", ",", "msg_position", "=", "'above'", ",", "choices_to_return", "=", "None", ")", ":", "choices", "=", "choices", "or", "{", "'y'", ":", "'yes'", ",", "'n'", ":", "'no'", "}", "assert", "select", "is", "None", "or", "select", "in", "choices", ".", "values", "(", ")", "assert", "cancel", "is", "None", "or", "cancel", "in", "choices", ".", "values", "(", ")", "assert", "msg_position", "in", "[", "'left'", ",", "'above'", "]", "fut", "=", "asyncio", ".", "get_event_loop", "(", ")", ".", "create_future", "(", ")", "# Create a returned future", "oldroot", "=", "self", ".", "mainloop", ".", "widget", "def", "select_or_cancel", "(", "text", ")", ":", "\"\"\"Restore the main screen and invoce the callback (delayed return)\n with the given text.\"\"\"", "self", ".", "mainloop", ".", "widget", "=", "oldroot", "self", ".", "_passall", "=", "False", "fut", ".", "set_result", "(", "text", ")", "# set up widgets", "msgpart", "=", "urwid", ".", "Text", "(", "message", ")", "choicespart", "=", "ChoiceWidget", "(", "choices", ",", "choices_to_return", "=", "choices_to_return", ",", "callback", "=", "select_or_cancel", ",", "select", "=", "select", ",", "cancel", "=", "cancel", ")", "# build widget", "if", "msg_position", "==", "'left'", ":", "both", "=", "urwid", ".", "Columns", "(", "[", "(", "'fixed'", ",", "len", "(", "message", ")", ",", "msgpart", ")", ",", "(", "'weight'", ",", "1", ",", "choicespart", ")", ",", "]", ",", "dividechars", "=", "1", ")", "else", ":", "# above", "both", "=", "urwid", ".", "Pile", "(", "[", "msgpart", ",", "choicespart", "]", ")", "att", "=", "settings", ".", "get_theming_attribute", "(", "'global'", ",", "'prompt'", ")", "both", "=", "urwid", ".", "AttrMap", "(", "both", ",", "att", ",", "att", ")", "# put promptwidget as overlay on main widget", "overlay", "=", "urwid", ".", "Overlay", "(", "both", ",", "oldroot", ",", "(", "'fixed left'", ",", "0", ")", ",", "(", "'fixed right'", ",", "0", ")", ",", "(", "'fixed bottom'", ",", "1", ")", ",", "None", ")", "self", ".", "mainloop", ".", "widget", "=", "overlay", "self", ".", "_passall", "=", "True", "return", "fut" ]

[ "prompt", "user", "to", "make", "a", "choice", "." ]

[ "def", "next_interval", "(", "self", ",", "after", "=", "None", ")", ":", "if", "after", "is", "None", ":", "after", "=", "timezone", ".", "now", "(", ")", "after", "=", "self", ".", "to_timezone", "(", "after", ")", "return", "next", "(", "self", ".", "intervals", "(", "range_start", "=", "after", ")", ",", "None", ")" ]

[ "Returns", "the", "next", "Period", "this", "event", "is", "in", "effect", "or", "None", "if", "the", "event", "has", "no", "remaining", "periods", "." ]

[ "def", "add_default_args", "(", "parser", ",", "version", "=", "None", ",", "include", "=", "None", ")", ":", "include", "=", "include", "or", "(", "'config'", ",", "'user'", ",", "'dry-run'", ",", "'verbose'", ",", "'quiet'", ")", "if", "'config'", "in", "include", ":", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-c'", ",", "'--config'", ",", "dest", "=", "'config_file'", ",", "metavar", "=", "'PATH'", ",", "default", "=", "None", ",", "type", "=", "str", ",", "help", "=", "'bots config file (json or yaml)'", ")", "if", "'user'", "in", "include", ":", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-u'", ",", "'--user'", ",", "dest", "=", "'screen_name'", ",", "type", "=", "str", ",", "help", "=", "\"Twitter screen name\"", ")", "if", "'dry-run'", "in", "include", ":", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-n'", ",", "'--dry-run'", ",", "action", "=", "'store_true'", ",", "help", "=", "\"Don't actually do anything\"", ")", "if", "'verbose'", "in", "include", ":", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-v'", ",", "'--verbose'", ",", "action", "=", "'store_true'", ",", "help", "=", "\"Run talkatively\"", ")", "if", "'quiet'", "in", "include", ":", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-q'", ",", "'--quiet'", ",", "action", "=", "'store_true'", ",", "help", "=", "\"Run quietly\"", ")", "if", "version", ":", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-V'", ",", "'--version'", ",", "action", "=", "'version'", ",", "version", "=", "\"%(prog)s \"", "+", "version", ")" ]

[ "Add", "default", "arguments", "to", "a", "parser", ".", "These", "are", ":", "-", "config", ":", "argument", "for", "specifying", "a", "configuration", "file", ".", "-", "user", ":", "argument", "for", "specifying", "a", "user", ".", "-", "dry", "-", "run", ":", "option", "for", "running", "without", "side", "effects", ".", "-", "verbose", ":", "option", "for", "running", "verbosely", ".", "-", "quiet", ":", "option", "for", "running", "quietly", ".", "-", "version", ":", "option", "for", "spitting", "out", "version", "information", "." ]

[ "def", "sport_delete", "(", "self", ",", "sport_id", "=", "\"0.0.0\"", ",", "account", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "not", "account", ":", "if", "\"default_account\"", "in", "config", ":", "account", "=", "config", "[", "\"default_account\"", "]", "if", "not", "account", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"You need to provide an account\"", ")", "account", "=", "Account", "(", "account", ")", "sport", "=", "Sport", "(", "sport_id", ")", "op", "=", "operations", ".", "Sport_delete", "(", "*", "*", "{", "\"fee\"", ":", "{", "\"amount\"", ":", "0", ",", "\"asset_id\"", ":", "\"1.3.0\"", "}", ",", "\"sport_id\"", ":", "sport", "[", "\"id\"", "]", ",", "\"prefix\"", ":", "self", ".", "prefix", ",", "}", ")", "return", "self", ".", "finalizeOp", "(", "op", ",", "account", "[", "\"name\"", "]", ",", "\"active\"", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Remove", "a", "sport", ".", "This", "needs", "to", "be", "**", "proposed", "**", "." ]

[ "def", "get_mac_address_table_input_request_type_get_request_mac_address", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "config", "=", "ET", ".", "Element", "(", "\"config\"", ")", "get_mac_address_table", "=", "ET", ".", "Element", "(", "\"get_mac_address_table\"", ")", "config", "=", "get_mac_address_table", "input", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "get_mac_address_table", ",", "\"input\"", ")", "request_type", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "input", ",", "\"request-type\"", ")", "get_request", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "request_type", ",", "\"get-request\"", ")", "mac_address", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "get_request", ",", "\"mac-address\"", ")", "mac_address", ".", "text", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'mac_address'", ")", "callback", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'callback'", ",", "self", ".", "_callback", ")", "return", "callback", "(", "config", ")" ]

[ "Auto", "Generated", "Code" ]

[ "def", "db_create", "(", ")", ":", "try", ":", "migrate_api", ".", "version_control", "(", "url", "=", "db_url", ",", "repository", "=", "db_repo", ")", "db_upgrade", "(", ")", "except", "DatabaseAlreadyControlledError", ":", "print", "'ERROR: Database is already version controlled.'" ]

[ "Create", "the", "database" ]

[ "def", "__collect_interfaces_return", "(", "interfaces", ")", ":", "acc", "=", "[", "]", "for", "(", "interfaceName", ",", "interfaceData", ")", "in", "interfaces", ".", "items", "(", ")", ":", "signalValues", "=", "interfaceData", ".", "get", "(", "\"signals\"", ",", "{", "}", ")", "for", "(", "signalName", ",", "signalValue", ")", "in", "signalValues", ".", "items", "(", ")", ":", "pinName", "=", "\"{0}.{1}\"", ".", "format", "(", "interfaceName", ",", "signalName", ")", "acc", ".", "append", "(", "{", "'id'", ":", "pinName", ",", "'value'", ":", "signalValue", "}", ")", "return", "acc" ]

[ "Collect", "new", "style", "(", "44", ".", "1", "+", ")", "return", "values", "to", "old", "-", "style", "kv", "-", "list" ]

[ "def", "random_polygon", "(", "segments", "=", "8", ",", "radius", "=", "1.0", ")", ":", "angles", "=", "np", ".", "sort", "(", "np", ".", "cumsum", "(", "np", ".", "random", ".", "random", "(", "segments", ")", "*", "np", ".", "pi", "*", "2", ")", "%", "(", "np", ".", "pi", "*", "2", ")", ")", "radii", "=", "np", ".", "random", ".", "random", "(", "segments", ")", "*", "radius", "points", "=", "np", ".", "column_stack", "(", "(", "np", ".", "cos", "(", "angles", ")", ",", "np", ".", "sin", "(", "angles", ")", ")", ")", "*", "radii", ".", "reshape", "(", "(", "-", "1", ",", "1", ")", ")", "points", "=", "np", ".", "vstack", "(", "(", "points", ",", "points", "[", "0", "]", ")", ")", "polygon", "=", "Polygon", "(", "points", ")", ".", "buffer", "(", "0.0", ")", "if", "util", ".", "is_sequence", "(", "polygon", ")", ":", "return", "polygon", "[", "0", "]", "return", "polygon" ]

[ "Generate", "a", "random", "polygon", "with", "a", "maximum", "number", "of", "sides", "and", "approximate", "radius", "." ]

[ "def", "register_manifest", "(", "app", ",", "filename", "=", "'manifest.json'", ")", ":", "if", "current_app", ".", "config", ".", "get", "(", "'TESTING'", ")", ":", "return", "# Do not spend time here when testing", "if", "not", "has_manifest", "(", "app", ",", "filename", ")", ":", "msg", "=", "'{filename} not found for {app}'", ".", "format", "(", "*", "*", "locals", "(", ")", ")", "raise", "ValueError", "(", "msg", ")", "manifest", "=", "_manifests", ".", "get", "(", "app", ",", "{", "}", ")", "manifest", ".", "update", "(", "load_manifest", "(", "app", ",", "filename", ")", ")", "_manifests", "[", "app", "]", "=", "manifest" ]

[ "Register", "an", "assets", "json", "manifest" ]

[ "def", "matches", "(", "self", ",", "ldap_filter", ")", ":", "# type: (Any[str, pelix.ldapfilter.LDAPFilter]) -> bool", "return", "pelix", ".", "ldapfilter", ".", "get_ldap_filter", "(", "ldap_filter", ")", ".", "matches", "(", "self", ".", "__properties", ")" ]

[ "Tests", "the", "properties", "of", "this", "EndpointDescription", "against", "the", "given", "filter" ]

[ "def", "_load_config", "(", "initial_namespace", "=", "None", ",", "defaults", "=", "None", ")", ":", "# type: (Optional[str], Optional[str]) -> ConfigLoader", "# load defaults", "if", "defaults", ":", "config", "=", "ConfigLoader", "(", ")", "config", ".", "update_from_object", "(", "defaults", ")", "namespace", "=", "getattr", "(", "config", ",", "'CONFIG_NAMESPACE'", ",", "initial_namespace", ")", "app_config", "=", "getattr", "(", "config", ",", "'APP_CONFIG'", ",", "None", ")", "# load customised config", "if", "app_config", ":", "if", "namespace", "is", "None", ":", "config", ".", "update_from_object", "(", "app_config", ")", "else", ":", "_temp", "=", "ConfigLoader", "(", ")", "_temp", ".", "update_from_object", "(", "app_config", ",", "lambda", "key", ":", "key", ".", "startswith", "(", "namespace", ")", ")", "config", ".", "update", "(", "_temp", ".", "namespace", "(", "namespace", ")", ")", "return", "config" ]

[ "Kwargs", ":", "initial_namespace", ":", "defaults", ":" ]

[ "def", "build_files", "(", "outdir", ")", ":", "# Make sure there is actually a configuration file", "config_file_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"config.py\"", ")", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "config_file_dir", ")", ":", "sys", ".", "exit", "(", "\"There dosen't seem to be a configuration file. Have you run the init command?\"", ")", "else", ":", "sys", ".", "path", ".", "insert", "(", "0", ",", "cwd", ")", "try", ":", "from", "config", "import", "website_name", ",", "website_description", ",", "website_language", ",", "home_page_list", "except", ":", "sys", ".", "exit", "(", "\"ERROR: Some of the crucial configuration values could not be found! Maybe your config.py is too old. Run 'blended init' to fix.\"", ")", "try", ":", "from", "config", "import", "website_description_long", ",", "website_license", ",", "website_url", ",", "author_name", ",", "author_bio", ",", "plugins", ",", "minify_css", ",", "minify_js", ",", "custom_variables", "except", ":", "website_description_long", "=", "\"\"", "website_license", "=", "\"\"", "website_url", "=", "\"\"", "author_name", "=", "\"\"", "author_bio", "=", "\"\"", "plugins", "=", "[", "]", "custom_variables", "=", "{", "}", "minify_css", "=", "False", "minify_js", "=", "False", "print", "(", "\"WARNING: Some of the optional configuration values could not be found! Maybe your config.py is too old. Run 'blended init' to fix.\\n\"", ")", "# Create the build folder", "build_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "outdir", ")", "if", "\".\"", "not", "in", "outdir", "and", "\"..\"", "not", "in", "outdir", "and", "\"...\"", "not", "in", "outdir", "and", "\"....\"", "not", "in", "outdir", "and", "\".....\"", "not", "in", "outdir", ":", "replace_folder", "(", "build_dir", ")", "# Make sure there is actually a header template file", "header_file_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"templates\"", ",", "\"header.html\"", ")", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "header_file_dir", ")", ":", "sys", ".", "exit", "(", "\"There dosen't seem to be a header template file. You need one to generate.\"", ")", "# Make sure there is actually a footer template file", "footer_file_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"templates\"", ",", "\"footer.html\"", ")", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "footer_file_dir", ")", ":", "sys", ".", "exit", "(", "\"There dosen't seem to be a footer template file. You need one to generate.\"", ")", "# Open the header and footer files for reading", "header_file", "=", "open", "(", "header_file_dir", ",", "\"r\"", ")", "footer_file", "=", "open", "(", "footer_file_dir", ",", "\"r\"", ")", "# Create the HTML page listing", "page_list_item_file", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"templates\"", ",", "\"page_list_item.html\"", ")", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "page_list_item_file", ")", ":", "page_list", "=", "'<ul class=\"page-list\">\\n'", "for", "root", ",", "dirs", ",", "files", "in", "os", ".", "walk", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"content\"", ")", ")", ":", "for", "filename", "in", "files", ":", "top", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "filename", ")", ")", "top2", "=", "top", ".", "replace", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"content\"", ")", ",", "\"\"", ",", "1", ")", "if", "platform", "!=", "\"win32\"", ":", "subfolder", "=", "top2", ".", "replace", "(", "\"/\"", ",", "\"\"", ",", "1", ")", "else", ":", "subfolder", "=", "top2", ".", "replace", "(", "\"\\\\\"", ",", "\"\"", ",", "1", ")", "if", "subfolder", "==", "\"\"", ":", "subfolder_link", "=", "\"\"", "else", ":", "subfolder_link", "=", "subfolder", "+", "\"/\"", "file_modified", "=", "time", ".", "ctime", "(", "os", ".", "path", ".", "getmtime", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "filename", ")", ")", ")", "newFilename", "=", "get_html_filename", "(", "filename", ")", "newFilename2", "=", "get_html_clear_filename", "(", "filename", ")", "page_list", "=", "page_list", "+", "'<li class=\"page-list-item\"><a href=\"'", "+", "subfolder_link", "+", "newFilename", "+", "'\">'", "+", "newFilename2", "+", "'</a><span class=\"page-list-item-time\"> - '", "+", "str", "(", "file_modified", ")", "+", "'</span></li>\\n'", "page_list", "=", "page_list", "+", "'</ul>'", "else", ":", "with", "open", "(", "page_list_item_file", ",", "'r'", ")", "as", "f", ":", "page_list_item", "=", "f", ".", "read", "(", ")", "page_list", "=", "\"\"", "for", "root", ",", "dirs", ",", "files", "in", "os", ".", "walk", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"content\"", ")", ")", ":", "dirs", "[", ":", "]", "=", "[", "d", "for", "d", "in", "dirs", "if", "\"_\"", "not", "in", "d", "]", "for", "filename", "in", "files", ":", "p_content", "=", "convert_text", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "filename", ")", ")", "top", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "filename", ")", ")", "top2", "=", "top", ".", "replace", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"content\"", ")", ",", "\"\"", ",", "1", ")", "if", "platform", "!=", "\"win32\"", ":", "subfolder", "=", "top2", ".", "replace", "(", "\"/\"", ",", "\"\"", ",", "1", ")", "else", ":", "subfolder", "=", "top2", ".", "replace", "(", "\"\\\\\"", ",", "\"\"", ",", "1", ")", "if", "subfolder", "==", "\"\"", ":", "subfolder_link", "=", "\"\"", "else", ":", "subfolder_link", "=", "subfolder", "+", "\"/\"", "file_modified", "=", "time", ".", "ctime", "(", "os", ".", "path", ".", "getmtime", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "filename", ")", ")", ")", "file_modified_day", "=", "str", "(", "datetime", ".", "strptime", "(", "file_modified", ",", "\"%a %b %d %H:%M:%S %Y\"", ")", ")", "[", "8", ":", "10", "]", "file_modified_year", "=", "str", "(", "datetime", ".", "strptime", "(", "file_modified", ",", "\"%a %b %d %H:%M:%S %Y\"", ")", ")", "[", ":", "4", "]", "file_modified_month", "=", "str", "(", "datetime", ".", "strptime", "(", "file_modified", ",", "\"%a %b %d %H:%M:%S %Y\"", ")", ")", "[", "5", ":", "7", "]", "month_name", "=", "calendar", ".", "month_name", "[", "int", "(", "file_modified_month", ")", "]", "newFilename", "=", "get_html_filename", "(", "filename", ")", "newFilename2", "=", "get_html_clear_filename", "(", "filename", ")", "page_list", "=", "page_list", "+", "page_list_item", ".", "replace", "(", "\"{path}\"", ",", "subfolder_link", "+", "newFilename", ")", ".", "replace", "(", "\"{name}\"", ",", "newFilename2", ")", ".", "replace", "(", "\"{date}\"", ",", "str", "(", "file_modified", ")", ")", ".", "replace", "(", "\"{content}\"", ",", "p_content", ")", ".", "replace", "(", "\"{content_short}\"", ",", "p_content", "[", ":", "250", "]", "+", "\"...\"", ")", ".", "replace", "(", "\"{day}\"", ",", "file_modified_day", ")", ".", "replace", "(", "\"{month}\"", ",", "file_modified_month", ")", ".", "replace", "(", "\"{month_name}\"", ",", "month_name", ")", ".", "replace", "(", "\"{year}\"", ",", "file_modified_year", ")", "if", "home_page_list", "==", "\"yes\"", "or", "home_page_list", ":", "# Open the home page file (index.html) for writing", "home_working_file", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "outdir", ",", "\"index.html\"", ")", ",", "\"w\"", ")", "home_working_file", ".", "write", "(", "header_file", ".", "read", "(", ")", ")", "# Make sure there is actually a home page template file", "home_templ_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"templates\"", ",", "\"home_page.html\"", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "home_templ_dir", ")", ":", "home_templ_file", "=", "open", "(", "home_templ_dir", ",", "\"r\"", ")", "home_working_file", ".", "write", "(", "home_templ_file", ".", "read", "(", ")", ")", "else", ":", "print", "(", "\"\\nNo home page template file found. Writing page list to index.html\"", ")", "home_working_file", ".", "write", "(", "page_list", ")", "home_working_file", ".", "write", "(", "footer_file", ".", "read", "(", ")", ")", "home_working_file", ".", "close", "(", ")", "for", "root", ",", "dirs", ",", "files", "in", "os", ".", "walk", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"content\"", ")", ")", ":", "dirs", "[", ":", "]", "=", "[", "d", "for", "d", "in", "dirs", "if", "\"_\"", "not", "in", "d", "]", "for", "filename", "in", "files", ":", "if", "not", "filename", ".", "startswith", "(", "\"_\"", ")", ":", "header_file", "=", "open", "(", "header_file_dir", ",", "\"r\"", ")", "footer_file", "=", "open", "(", "footer_file_dir", ",", "\"r\"", ")", "newFilename", "=", "get_html_filename", "(", "filename", ")", "top", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "filename", ")", ")", "top2", "=", "top", ".", "replace", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"content\"", ")", ",", "\"\"", ",", "1", ")", "if", "platform", "!=", "\"win32\"", ":", "subfolder", "=", "top2", ".", "replace", "(", "\"/\"", ",", "\"\"", ",", "1", ")", "else", ":", "subfolder", "=", "top2", ".", "replace", "(", "\"\\\\\"", ",", "\"\"", ",", "1", ")", "if", "subfolder", "==", "\"\"", ":", "currents_working_file", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "outdir", ",", "newFilename", ")", ",", "\"w\"", ")", "else", ":", "create_folder", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "outdir", ",", "subfolder", ")", ")", "currents_working_file", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "outdir", ",", "subfolder", ",", "newFilename", ")", ",", "\"w\"", ")", "# Write the header", "currents_working_file", ".", "write", "(", "header_file", ".", "read", "(", ")", ")", "text_cont1", "=", "convert_text", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "filename", ")", ")", "if", "\"+++++\"", "in", "text_cont1", ".", "splitlines", "(", ")", "[", "1", "]", ":", "page_template_file", "=", "text_cont1", ".", "splitlines", "(", ")", "[", "0", "]", "text_cont1", "=", "text_cont1", ".", "replace", "(", "text_cont1", ".", "splitlines", "(", ")", "[", "0", "]", ",", "\"\"", ")", "text_cont1", "=", "text_cont1", ".", "replace", "(", "text_cont1", ".", "splitlines", "(", ")", "[", "1", "]", ",", "\"\"", ")", "else", ":", "page_template_file", "=", "\"content_page\"", "# Write the text content into the content template and onto the", "# build file", "content_templ_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"templates\"", ",", "page_template_file", "+", "\".html\"", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "content_templ_dir", ")", ":", "content_templ_file", "=", "open", "(", "content_templ_dir", ",", "\"r\"", ")", "content_templ_file1", "=", "content_templ_file", ".", "read", "(", ")", "content_templ_file2", "=", "content_templ_file1", ".", "replace", "(", "\"{page_content}\"", ",", "text_cont1", ")", "currents_working_file", ".", "write", "(", "content_templ_file2", ")", "else", ":", "currents_working_file", ".", "write", "(", "text_cont1", ")", "# Write the footer to the build file", "currents_working_file", ".", "write", "(", "\"\\n\"", "+", "footer_file", ".", "read", "(", ")", ")", "# Close the build file", "currents_working_file", ".", "close", "(", ")", "# Find all the nav(something) templates in the `templates` folder and", "# Read their content to the dict", "navs", "=", "{", "}", "for", "file", "in", "os", ".", "listdir", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"templates\"", ")", ")", ":", "if", "\"nav\"", "in", "file", ":", "nav_cont", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"templates\"", ",", "file", ")", ",", "\"r\"", ")", "navs", "[", "file", ".", "replace", "(", "\".html\"", ",", "\"\"", ")", "]", "=", "nav_cont", ".", "read", "(", ")", "nav_cont", ".", "close", "(", ")", "forbidden_dirs", "=", "set", "(", "[", "\"assets\"", ",", "\"templates\"", "]", ")", "blended_version_message", "=", "\"Built with Blended v\"", "+", "str", "(", "app_version", ")", "build_date", "=", "str", "(", "datetime", ".", "now", "(", ")", ".", "date", "(", ")", ")", "build_time", "=", "str", "(", "datetime", ".", "now", "(", ")", ".", "time", "(", ")", ")", "build_datetime", "=", "str", "(", "datetime", ".", "now", "(", ")", ")", "# Replace global variables such as site name and language", "for", "root", ",", "dirs", ",", "files", "in", "os", ".", "walk", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "outdir", ")", ")", ":", "dirs", "[", ":", "]", "=", "[", "d", "for", "d", "in", "dirs", "if", "d", "not", "in", "forbidden_dirs", "]", "for", "filename", "in", "files", ":", "if", "filename", "!=", "\"config.pyc\"", "and", "filename", "!=", "\"config.py\"", ":", "newFilename", "=", "get_html_clear_filename", "(", "filename", ")", "page_file", "=", "filename", ".", "replace", "(", "\".html\"", ",", "\"\"", ")", "page_folder", "=", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "filename", ")", ")", ")", ".", "replace", "(", "\"-\"", ",", "\"\"", ")", ".", "replace", "(", "\"_\"", ",", "\"\"", ")", ".", "title", "(", ")", "page_folder_orig", "=", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "filename", ")", ")", ")", "top", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "filename", ")", ")", "top2", "=", "top", ".", "replace", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "outdir", ")", ",", "\"\"", ",", "1", ")", "if", "platform", "!=", "\"win32\"", ":", "subfolder", "=", "top2", ".", "replace", "(", "\"/\"", ",", "\"\"", ",", "1", ")", "else", ":", "subfolder", "=", "top2", ".", "replace", "(", "\"\\\\\"", ",", "\"\"", ",", "1", ")", "if", "subfolder", "==", "\"\"", ":", "subfolder_folder", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "outdir", ",", "filename", ")", "else", ":", "subfolder_folder", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "outdir", ",", "subfolder", ",", "filename", ")", "file_modified", "=", "time", ".", "ctime", "(", "os", ".", "path", ".", "getmtime", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "filename", ")", ")", ")", "file_modified_day", "=", "str", "(", "datetime", ".", "strptime", "(", "file_modified", ",", "\"%a %b %d %H:%M:%S %Y\"", ")", ")", "[", "8", ":", "10", "]", "file_modified_year", "=", "str", "(", "datetime", ".", "strptime", "(", "file_modified", ",", "\"%a %b %d %H:%M:%S %Y\"", ")", ")", "[", ":", "4", "]", "file_modified_month", "=", "str", "(", "datetime", ".", "strptime", "(", "file_modified", ",", "\"%a %b %d %H:%M:%S %Y\"", ")", ")", "[", "5", ":", "7", "]", "month_name", "=", "calendar", ".", "month_name", "[", "int", "(", "file_modified_month", ")", "]", "# The Loop!", "for", "line", "in", "fileinput", ".", "input", "(", "subfolder_folder", ",", "inplace", "=", "1", ")", ":", "for", "var", "in", "custom_variables", ":", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{\"", "+", "var", "+", "\"}\"", ",", "custom_variables", "[", "var", "]", ")", "if", "len", "(", "plugins", ")", "!=", "0", ":", "for", "i", "in", "range", "(", "len", "(", "plugins", ")", ")", ":", "if", "sys", ".", "version_info", "[", "0", "]", "<", "2", ":", "main", "=", "importlib", ".", "import_module", "(", "plugins", "[", "i", "]", ")", "elif", "sys", ".", "version_info", "[", "0", "]", "<", "3", ":", "main", "=", "__import__", "(", "plugins", "[", "i", "]", ")", "content", "=", "main", ".", "main", "(", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{\"", "+", "plugins", "[", "i", "]", "+", "\"}\"", ",", "content", ")", "if", "\"{nav\"", "in", "line", ":", "navname", "=", "line", ".", "split", "(", "\"{\"", ")", "[", "1", "]", ".", "split", "(", "\"}\"", ")", "[", "0", "]", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{\"", "+", "navname", "+", "\"}\"", ",", "navs", "[", "(", "line", ".", "split", "(", "\"{\"", ")", ")", "[", "1", "]", ".", "split", "(", "\"}\"", ")", "[", "0", "]", "]", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{website_description}\"", ",", "website_description", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{website_description_long}\"", ",", "website_description_long", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{website_license}\"", ",", "website_license", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{website_language}\"", ",", "website_language", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{website_url}\"", ",", "website_url", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{author_name}\"", ",", "author_name", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{author_bio}\"", ",", "author_bio", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{random_number}\"", ",", "str", "(", "randint", "(", "0", ",", "100000000", ")", ")", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{build_date}\"", ",", "build_date", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{build_time}\"", ",", "build_time", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{build_datetime}\"", ",", "build_datetime", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{page_list}\"", ",", "page_list", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{page_name}\"", ",", "newFilename", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{page_filename}\"", ",", "page_file", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{page_file}\"", ",", "filename", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{\"", "+", "filename", "+", "\"_active}\"", ",", "\"active\"", ")", "if", "page_folder", "!=", "outdir", ".", "title", "(", ")", ":", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{page_folder}\"", ",", "page_folder", ")", "else", ":", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{page_folder}\"", ",", "\"\"", ")", "if", "page_folder_orig", "!=", "outdir", ":", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{page_folder_orig}\"", ",", "page_folder_orig", ")", "else", ":", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{page_folder_orig}\"", ",", "\"\"", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{page_date}\"", ",", "str", "(", "file_modified", ")", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{page_day}\"", ",", "str", "(", "file_modified_day", ")", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{page_year}\"", ",", "str", "(", "file_modified_year", ")", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{page_month}\"", ",", "str", "(", "file_modified_month", ")", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{page_month_name}\"", ",", "str", "(", "month_name", ")", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{blended_version}\"", ",", "str", "(", "app_version", ")", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{blended_version_message}\"", ",", "blended_version_message", ")", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{website_name}\"", ",", "website_name", ")", "top", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "outdir", ")", "startinglevel", "=", "top", ".", "count", "(", "os", ".", "sep", ")", "relative_path", "=", "\"\"", "level", "=", "root", ".", "count", "(", "os", ".", "sep", ")", "-", "startinglevel", "for", "i", "in", "range", "(", "level", ")", ":", "relative_path", "=", "relative_path", "+", "\"../\"", "line", "=", "line", ".", "replace", "(", "\"{relative_root}\"", ",", "relative_path", ")", "print", "(", "line", ".", "rstrip", "(", "'\\n'", ")", ")", "fileinput", ".", "close", "(", ")", "# Copy the asset folder to the build folder", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"templates\"", ",", "\"assets\"", ")", ")", ":", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "outdir", ",", "\"assets\"", ")", ")", ":", "shutil", ".", "rmtree", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "outdir", ",", "\"assets\"", ")", ")", "shutil", ".", "copytree", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "\"templates\"", ",", "\"assets\"", ")", ",", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "outdir", ",", "\"assets\"", ")", ")", "for", "root", ",", "dirs", ",", "files", "in", "os", ".", "walk", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "outdir", ",", "\"assets\"", ")", ")", ":", "for", "file", "in", "files", ":", "if", "not", "file", ".", "startswith", "(", "\"_\"", ")", ":", "if", "(", "file", ".", "endswith", "(", "\".sass\"", ")", ")", "or", "(", "file", ".", "endswith", "(", "\".scss\"", ")", ")", ":", "sass_text", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "file", ")", ")", ".", "read", "(", ")", "text_file", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "file", "[", ":", "-", "4", "]", "+", "\"css\"", ")", ",", "\"w\"", ")", "if", "sass_text", "!=", "\"\"", ":", "text_file", ".", "write", "(", "sass", ".", "compile", "(", "string", "=", "sass_text", ")", ")", "else", ":", "print", "(", "file", "+", "\" is empty! Not compiling Sass.\"", ")", "text_file", ".", "close", "(", ")", "if", "file", ".", "endswith", "(", "\".less\"", ")", ":", "less_text", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "file", ")", ")", ".", "read", "(", ")", "text_file", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "file", "[", ":", "-", "4", "]", "+", "\"css\"", ")", ",", "\"w\"", ")", "if", "less_text", "!=", "\"\"", ":", "text_file", ".", "write", "(", "lesscpy", ".", "compile", "(", "StringIO", "(", "less_text", ")", ")", ")", "else", ":", "print", "(", "file", "+", "\" is empty! Not compiling Less.\"", ")", "text_file", ".", "close", "(", ")", "if", "file", ".", "endswith", "(", "\".styl\"", ")", ":", "try", ":", "styl_text", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "file", ")", ")", ".", "read", "(", ")", "text_file", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "file", "[", ":", "-", "4", "]", "+", "\"css\"", ")", ",", "\"w\"", ")", "if", "styl_text", "!=", "\"\"", ":", "text_file", ".", "write", "(", "Stylus", "(", ")", ".", "compile", "(", "styl_text", ")", ")", "else", ":", "print", "(", "file", "+", "\" is empty! Not compiling Styl.\"", ")", "text_file", ".", "close", "(", ")", "except", ":", "print", "(", "\"Not able to build with Stylus! Is it installed?\"", ")", "try", ":", "subprocess", ".", "call", "[", "\"npm\"", ",", "\"install\"", ",", "\"-g\"", ",", "\"stylus\"", "]", "except", ":", "print", "(", "\"NPM (NodeJS) not working. Is it installed?\"", ")", "if", "file", ".", "endswith", "(", "\".coffee\"", ")", ":", "coffee_text", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "file", ")", ")", ".", "read", "(", ")", "text_file", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "file", "[", ":", "-", "6", "]", "+", "\"js\"", ")", ",", "\"w\"", ")", "if", "coffee_text", "!=", "\"\"", ":", "text_file", ".", "write", "(", "coffeescript", ".", "compile", "(", "coffee_text", ")", ")", "else", ":", "print", "(", "file", "+", "\" is empty! Not compiling CoffeeScript.\"", ")", "text_file", ".", "close", "(", ")", "if", "minify_css", ":", "if", "file", ".", "endswith", "(", "\".css\"", ")", ":", "css_text", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "file", ")", ")", ".", "read", "(", ")", "text_file", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "file", ")", ",", "\"w\"", ")", "if", "css_text", "!=", "\"\"", ":", "text_file", ".", "write", "(", "cssmin", "(", "css_text", ")", ")", "text_file", ".", "close", "(", ")", "if", "minify_js", ":", "if", "file", ".", "endswith", "(", "\".js\"", ")", ":", "js_text", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "file", ")", ")", ".", "read", "(", ")", "text_file", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "file", ")", ",", "\"w\"", ")", "if", "js_text", "!=", "\"\"", ":", "text_file", ".", "write", "(", "jsmin", "(", "js_text", ")", ")", "text_file", ".", "close", "(", ")" ]

[ "Build", "the", "files!" ]

[ "def", "_set_static_route_oif", "(", "self", ",", "v", ",", "load", "=", "False", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "v", ",", "\"_utype\"", ")", ":", "v", "=", "v", ".", "_utype", "(", "v", ")", "try", ":", "t", "=", "YANGDynClass", "(", "v", ",", "base", "=", "YANGListType", "(", "\"static_route_dest static_route_oif_type static_route_oif_name\"", ",", "static_route_oif", ".", "static_route_oif", ",", "yang_name", "=", "\"static-route-oif\"", ",", "rest_name", "=", "\"static-route-oif\"", ",", "parent", "=", "self", ",", "is_container", "=", "'list'", ",", "user_ordered", "=", "False", ",", "path_helper", "=", "self", ".", "_path_helper", ",", "yang_keys", "=", "'static-route-dest static-route-oif-type static-route-oif-name'", ",", "extensions", "=", "{", "u'tailf-common'", ":", "{", "u'info'", ":", "u'Route with egress interface'", ",", "u'cli-no-key-completion'", ":", "None", ",", "u'cli-suppress-mode'", ":", "None", ",", "u'cli-suppress-list-no'", ":", "None", ",", "u'cli-full-no'", ":", "None", ",", "u'cli-drop-node-name'", ":", "None", ",", "u'callpoint'", ":", "u'rtm-if-static-route'", "}", "}", ")", ",", "is_container", "=", "'list'", ",", "yang_name", "=", "\"static-route-oif\"", ",", "rest_name", "=", "\"static-route-oif\"", ",", "parent", "=", "self", ",", "path_helper", "=", "self", ".", "_path_helper", ",", "extmethods", "=", "self", ".", "_extmethods", ",", "register_paths", "=", "True", ",", "extensions", "=", "{", "u'tailf-common'", ":", "{", "u'info'", ":", "u'Route with egress interface'", ",", "u'cli-no-key-completion'", ":", "None", ",", "u'cli-suppress-mode'", ":", "None", ",", "u'cli-suppress-list-no'", ":", "None", ",", "u'cli-full-no'", ":", "None", ",", "u'cli-drop-node-name'", ":", "None", ",", "u'callpoint'", ":", "u'rtm-if-static-route'", "}", "}", ",", "namespace", "=", "'urn:brocade.com:mgmt:brocade-rtm'", ",", "defining_module", "=", "'brocade-rtm'", ",", "yang_type", "=", "'list'", ",", "is_config", "=", "True", ")", "except", "(", "TypeError", ",", "ValueError", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "{", "'error-string'", ":", "\"\"\"static_route_oif must be of a type compatible with list\"\"\"", ",", "'defined-type'", ":", "\"list\"", ",", "'generated-type'", ":", "\"\"\"YANGDynClass(base=YANGListType(\"static_route_dest static_route_oif_type static_route_oif_name\",static_route_oif.static_route_oif, yang_name=\"static-route-oif\", rest_name=\"static-route-oif\", parent=self, is_container='list', user_ordered=False, path_helper=self._path_helper, yang_keys='static-route-dest static-route-oif-type static-route-oif-name', extensions={u'tailf-common': {u'info': u'Route with egress interface', u'cli-no-key-completion': None, u'cli-suppress-mode': None, u'cli-suppress-list-no': None, u'cli-full-no': None, u'cli-drop-node-name': None, u'callpoint': u'rtm-if-static-route'}}), is_container='list', yang_name=\"static-route-oif\", rest_name=\"static-route-oif\", parent=self, path_helper=self._path_helper, extmethods=self._extmethods, register_paths=True, extensions={u'tailf-common': {u'info': u'Route with egress interface', u'cli-no-key-completion': None, u'cli-suppress-mode': None, u'cli-suppress-list-no': None, u'cli-full-no': None, u'cli-drop-node-name': None, u'callpoint': u'rtm-if-static-route'}}, namespace='urn:brocade.com:mgmt:brocade-rtm', defining_module='brocade-rtm', yang_type='list', is_config=True)\"\"\"", ",", "}", ")", "self", ".", "__static_route_oif", "=", "t", "if", "hasattr", "(", "self", ",", "'_set'", ")", ":", "self", ".", "_set", "(", ")" ]

[ "Setter", "method", "for", "static_route_oif", "mapped", "from", "YANG", "variable", "/", "rbridge_id", "/", "vrf", "/", "address_family", "/", "ip", "/", "unicast", "/", "ip", "/", "route", "/", "static_route_oif", "(", "list", ")", "If", "this", "variable", "is", "read", "-", "only", "(", "config", ":", "false", ")", "in", "the", "source", "YANG", "file", "then", "_set_static_route_oif", "is", "considered", "as", "a", "private", "method", ".", "Backends", "looking", "to", "populate", "this", "variable", "should", "do", "so", "via", "calling", "thisObj", ".", "_set_static_route_oif", "()", "directly", "." ]

[ "def", "_add_rule", "(", "self", ",", "group", ",", "role", ",", "value", ")", ":", "if", "role", "not", "in", "group", ":", "group", "[", "role", "]", "=", "list", "(", ")", "group", "[", "role", "]", ".", "append", "(", "value", ")", "self", ".", "invalidate", "(", ")" ]

[ "Implementation", "detail" ]

[ "def", "construct_start_message", "(", "self", ")", ":", "uname", "=", "getpass", ".", "getuser", "(", ")", ".", "encode", "(", "'latin1'", ")", "hashed_username", "=", "hashlib", ".", "sha256", "(", "uname", ")", ".", "hexdigest", "(", ")", "[", "0", ":", "10", "]", "hname", "=", "socket", ".", "gethostname", "(", ")", ".", "encode", "(", "'latin1'", ")", "hashed_hostname", "=", "hashlib", ".", "sha256", "(", "hname", ")", ".", "hexdigest", "(", ")", "[", "0", ":", "10", "]", "message", "=", "{", "'uuid'", ":", "self", ".", "uuid", ",", "'uname'", ":", "hashed_username", ",", "'hname'", ":", "hashed_hostname", ",", "'test'", ":", "self", ".", "test_mode", ",", "'parsl_v'", ":", "self", ".", "parsl_version", ",", "'python_v'", ":", "self", ".", "python_version", ",", "'os'", ":", "platform", ".", "system", "(", ")", ",", "'os_v'", ":", "platform", ".", "release", "(", ")", ",", "'start'", ":", "time", ".", "time", "(", ")", "}", "return", "json", ".", "dumps", "(", "message", ")" ]

[ "Collect", "preliminary", "run", "info", "at", "the", "start", "of", "the", "DFK", "." ]

[ "def", "update_domain", "(", "self", ",", "domainid", ",", "data", ")", ":", "return", "self", ".", "api_call", "(", "ENDPOINTS", "[", "'domains'", "]", "[", "'update'", "]", ",", "dict", "(", "domainid", "=", "domainid", ")", ",", "body", "=", "data", ")" ]

[ "Update", "a", "domain" ]

[ "def", "get_all_clusters", "(", "resource_root", ",", "view", "=", "None", ")", ":", "return", "call", "(", "resource_root", ".", "get", ",", "CLUSTERS_PATH", ",", "ApiCluster", ",", "True", ",", "params", "=", "view", "and", "dict", "(", "view", "=", "view", ")", "or", "None", ")" ]

[ "Get", "all", "clusters" ]

[ "def", "stop_transmit", "(", "self", ",", "*", "ports", ")", ":", "port_list", "=", "self", ".", "set_ports_list", "(", "*", "ports", ")", "self", ".", "api", ".", "call_rc", "(", "'ixStopTransmit {}'", ".", "format", "(", "port_list", ")", ")", "time", ".", "sleep", "(", "0.2", ")" ]

[ "Stop", "traffic", "on", "ports", "." ]

[ "def", "list_domain_cache", "(", ")", ":", "cache", "=", "salt", ".", "cache", ".", "Cache", "(", "__opts__", ",", "syspaths", ".", "CACHE_DIR", ")", "return", "cache", ".", "list", "(", "'venafi/domains'", ")" ]

[ "List", "domains", "that", "have", "been", "cached" ]

[ "def", "shutdown", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_shuttingDown", "=", "{", "key", ":", "Deferred", "(", ")", "for", "key", "in", "self", ".", "cachedConnections", ".", "keys", "(", ")", "}", "return", "DeferredList", "(", "[", "maybeDeferred", "(", "p", ".", "transport", ".", "loseConnection", ")", "for", "p", "in", "self", ".", "cachedConnections", ".", "values", "(", ")", "]", "+", "self", ".", "_shuttingDown", ".", "values", "(", ")", ")" ]

[ "Disconnect", "all", "cached", "connections", "." ]

[ "def", "get_build_status", "(", "req_id", ",", "nodename", ")", ":", "counter", "=", "0", "req_id", "=", "six", ".", "text_type", "(", "req_id", ")", "while", "counter", "<", "10", ":", "queue", "=", "clc", ".", "v1", ".", "Blueprint", ".", "GetStatus", "(", "request_id", "=", "(", "req_id", ")", ")", "if", "queue", "[", "\"PercentComplete\"", "]", "==", "100", ":", "server_name", "=", "queue", "[", "\"Servers\"", "]", "[", "0", "]", "creds", "=", "get_creds", "(", ")", "clc", ".", "v2", ".", "SetCredentials", "(", "creds", "[", "\"user\"", "]", ",", "creds", "[", "\"password\"", "]", ")", "ip_addresses", "=", "clc", ".", "v2", ".", "Server", "(", "server_name", ")", ".", "ip_addresses", "internal_ip_address", "=", "ip_addresses", "[", "0", "]", "[", "\"internal\"", "]", "return", "internal_ip_address", "else", ":", "counter", "=", "counter", "+", "1", "log", ".", "info", "(", "'Creating Cloud VM %s Time out in %s minutes'", ",", "nodename", ",", "six", ".", "text_type", "(", "10", "-", "counter", ")", ")", "time", ".", "sleep", "(", "60", ")" ]

[ "get", "the", "build", "status", "from", "CLC", "to", "make", "sure", "we", "dont", "return", "to", "early" ]

[ "def", "numberMapForBits", "(", "self", ",", "bits", ")", ":", "numberMap", "=", "dict", "(", ")", "for", "bit", "in", "bits", ":", "numbers", "=", "self", ".", "numbersForBit", "(", "bit", ")", "for", "number", "in", "numbers", ":", "if", "not", "number", "in", "numberMap", ":", "numberMap", "[", "number", "]", "=", "set", "(", ")", "numberMap", "[", "number", "]", ".", "add", "(", "bit", ")", "return", "numberMap" ]

[ "Return", "a", "map", "from", "number", "to", "matching", "on", "bits", "for", "all", "numbers", "that", "match", "a", "set", "of", "bits", "." ]

[ "def", "_spin", "(", "coordinates", ",", "theta", ",", "around", ")", ":", "around", "=", "np", ".", "asarray", "(", "around", ")", ".", "reshape", "(", "3", ")", "if", "np", ".", "array_equal", "(", "around", ",", "np", ".", "zeros", "(", "3", ")", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Cannot spin around a zero vector'", ")", "center_pos", "=", "np", ".", "mean", "(", "coordinates", ",", "axis", "=", "0", ")", "coordinates", "-=", "center_pos", "coordinates", "=", "_rotate", "(", "coordinates", ",", "theta", ",", "around", ")", "coordinates", "+=", "center_pos", "return", "coordinates" ]

[ "Rotate", "a", "set", "of", "coordinates", "in", "place", "around", "an", "arbitrary", "vector", "." ]

[ "def", "copy", "(", "self", ",", "cursor", ",", "f", ")", ":", "logger", ".", "info", "(", "\"Inserting file: %s\"", ",", "f", ")", "colnames", "=", "''", "if", "self", ".", "columns", "and", "len", "(", "self", ".", "columns", ")", ">", "0", ":", "colnames", "=", "\",\"", ".", "join", "(", "[", "x", "[", "0", "]", "for", "x", "in", "self", ".", "columns", "]", ")", "colnames", "=", "'({})'", ".", "format", "(", "colnames", ")", "cursor", ".", "execute", "(", "\"\"\"\n COPY {table} {colnames} from '{source}'\n CREDENTIALS '{creds}'\n {options}\n ;\"\"\"", ".", "format", "(", "table", "=", "self", ".", "table", ",", "colnames", "=", "colnames", ",", "source", "=", "f", ",", "creds", "=", "self", ".", "_credentials", "(", ")", ",", "options", "=", "self", ".", "copy_options", ")", ")" ]

[ "Defines", "copying", "from", "s3", "into", "redshift", "." ]

[ "def", "rendered_content", "(", "self", ")", ":", "cmd_options", "=", "self", ".", "cmd_options", ".", "copy", "(", ")", "return", "render_pdf_from_template", "(", "self", ".", "resolve_template", "(", "self", ".", "template_name", ")", ",", "self", ".", "resolve_template", "(", "self", ".", "header_template", ")", ",", "self", ".", "resolve_template", "(", "self", ".", "footer_template", ")", ",", "context", "=", "self", ".", "resolve_context", "(", "self", ".", "context_data", ")", ",", "request", "=", "self", ".", "_request", ",", "cmd_options", "=", "cmd_options", ",", "cover_template", "=", "self", ".", "resolve_template", "(", "self", ".", "cover_template", ")", ")" ]

[ "Returns", "the", "freshly", "rendered", "content", "for", "the", "template", "and", "context", "described", "by", "the", "PDFResponse", "." ]

[ "def", "_get_padded", "(", "data", ",", "start", ",", "end", ")", ":", "if", "start", "<", "0", "and", "end", ">", "data", ".", "shape", "[", "0", "]", ":", "raise", "RuntimeError", "(", ")", "if", "start", "<", "0", ":", "start_zeros", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "-", "start", ",", "data", ".", "shape", "[", "1", "]", ")", ",", "dtype", "=", "data", ".", "dtype", ")", "return", "np", ".", "vstack", "(", "(", "start_zeros", ",", "data", "[", ":", "end", "]", ")", ")", "elif", "end", ">", "data", ".", "shape", "[", "0", "]", ":", "end_zeros", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "end", "-", "data", ".", "shape", "[", "0", "]", ",", "data", ".", "shape", "[", "1", "]", ")", ",", "dtype", "=", "data", ".", "dtype", ")", "return", "np", ".", "vstack", "(", "(", "data", "[", "start", ":", "]", ",", "end_zeros", ")", ")", "else", ":", "return", "data", "[", "start", ":", "end", "]" ]

[ "Return", "data", "[", "start", ":", "end", "]", "filling", "in", "with", "zeros", "outside", "array", "bounds" ]

[ "def", "compute_diff_handle", "(", "filename", ",", "old_line", ",", "code", ")", ":", "key", "=", "\"{filename}:{old_line}:{code}\"", ".", "format", "(", "filename", "=", "filename", ",", "old_line", "=", "old_line", ",", "code", "=", "code", ")", "return", "BaseParser", ".", "compute_handle_from_key", "(", "key", ")" ]

[ "Uses", "the", "absolute", "line", "and", "ignores", "the", "callable", "/", "character", "offsets", ".", "Used", "only", "in", "determining", "whether", "new", "issues", "are", "old", "issues", "." ]

[ "def", "call", "(", "self", ")", ":", "data", "=", "self", ".", "_downloader", ".", "download", "(", ")", "# Only try to pass errors arg if supported", "if", "sys", ".", "version", ">=", "\"2.7\"", ":", "data", "=", "data", ".", "decode", "(", "\"utf-8\"", ",", "errors", "=", "\"ignore\"", ")", "else", ":", "data", "=", "data", ".", "decode", "(", "\"utf-8\"", ")", "self", ".", "update", "(", "json", ".", "loads", "(", "data", ")", ")", "self", ".", "_fetched", "=", "True" ]

[ "Make", "the", "API", "call", "again", "and", "fetch", "fresh", "data", "." ]

[ "def", "get_customer_request_status", "(", "self", ",", "issue_id_or_key", ")", ":", "request", "=", "self", ".", "get", "(", "'rest/servicedeskapi/request/{}/status'", ".", "format", "(", "issue_id_or_key", ")", ")", ".", "get", "(", "'values'", ")", "status", "=", "request", "[", "0", "]", ".", "get", "(", "'status'", ")", "return", "status" ]

[ "Get", "customer", "request", "status", "name" ]

[ "def", "delete_database_user", "(", "self", ",", "username", ")", ":", "url", "=", "\"db/{0}/users/{1}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "_database", ",", "username", ")", "self", ".", "request", "(", "url", "=", "url", ",", "method", "=", "'DELETE'", ",", "expected_response_code", "=", "200", ")", "return", "True" ]

[ "Delete", "database", "user", "." ]

[ "def", "create", "(", "meta_schema", ",", "validators", "=", "(", ")", ",", "version", "=", "None", ",", "default_types", "=", "None", ",", "type_checker", "=", "None", ",", "id_of", "=", "_id_of", ",", ")", ":", "if", "default_types", "is", "not", "None", ":", "if", "type_checker", "is", "not", "None", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"Do not specify default_types when providing a type checker.\"", ",", ")", "_created_with_default_types", "=", "True", "warn", "(", "(", "\"The default_types argument is deprecated. \"", "\"Use the type_checker argument instead.\"", ")", ",", "DeprecationWarning", ",", "stacklevel", "=", "2", ",", ")", "type_checker", "=", "_types", ".", "TypeChecker", "(", "type_checkers", "=", "_generate_legacy_type_checks", "(", "default_types", ")", ",", ")", "else", ":", "default_types", "=", "_DEPRECATED_DEFAULT_TYPES", "if", "type_checker", "is", "None", ":", "_created_with_default_types", "=", "False", "type_checker", "=", "_TYPE_CHECKER_FOR_DEPRECATED_DEFAULT_TYPES", "elif", "type_checker", "is", "_TYPE_CHECKER_FOR_DEPRECATED_DEFAULT_TYPES", ":", "_created_with_default_types", "=", "False", "else", ":", "_created_with_default_types", "=", "None", "@", "add_metaclass", "(", "_DefaultTypesDeprecatingMetaClass", ")", "class", "Validator", "(", "object", ")", ":", "VALIDATORS", "=", "dict", "(", "validators", ")", "META_SCHEMA", "=", "dict", "(", "meta_schema", ")", "TYPE_CHECKER", "=", "type_checker", "ID_OF", "=", "staticmethod", "(", "id_of", ")", "DEFAULT_TYPES", "=", "property", "(", "_DEFAULT_TYPES", ")", "_DEFAULT_TYPES", "=", "dict", "(", "default_types", ")", "_CREATED_WITH_DEFAULT_TYPES", "=", "_created_with_default_types", "def", "__init__", "(", "self", ",", "schema", ",", "types", "=", "(", ")", ",", "resolver", "=", "None", ",", "format_checker", "=", "None", ",", ")", ":", "if", "types", ":", "warn", "(", "(", "\"The types argument is deprecated. Provide \"", "\"a type_checker to jsonschema.validators.extend \"", "\"instead.\"", ")", ",", "DeprecationWarning", ",", "stacklevel", "=", "2", ",", ")", "self", ".", "TYPE_CHECKER", "=", "self", ".", "TYPE_CHECKER", ".", "redefine_many", "(", "_generate_legacy_type_checks", "(", "types", ")", ",", ")", "if", "resolver", "is", "None", ":", "resolver", "=", "RefResolver", ".", "from_schema", "(", "schema", ",", "id_of", "=", "id_of", ")", "self", ".", "resolver", "=", "resolver", "self", ".", "format_checker", "=", "format_checker", "self", ".", "schema", "=", "schema", "@", "classmethod", "def", "check_schema", "(", "cls", ",", "schema", ")", ":", "for", "error", "in", "cls", "(", "cls", ".", "META_SCHEMA", ")", ".", "iter_errors", "(", "schema", ")", ":", "raise", "exceptions", ".", "SchemaError", ".", "create_from", "(", "error", ")", "def", "iter_errors", "(", "self", ",", "instance", ",", "_schema", "=", "None", ")", ":", "if", "_schema", "is", "None", ":", "_schema", "=", "self", ".", "schema", "if", "_schema", "is", "True", ":", "return", "elif", "_schema", "is", "False", ":", "yield", "exceptions", ".", "ValidationError", "(", "\"False schema does not allow %r\"", "%", "(", "instance", ",", ")", ",", "validator", "=", "None", ",", "validator_value", "=", "None", ",", "instance", "=", "instance", ",", "schema", "=", "_schema", ",", ")", "return", "scope", "=", "id_of", "(", "_schema", ")", "if", "scope", ":", "self", ".", "resolver", ".", "push_scope", "(", "scope", ")", "try", ":", "ref", "=", "_schema", ".", "get", "(", "u\"$ref\"", ")", "if", "ref", "is", "not", "None", ":", "validators", "=", "[", "(", "u\"$ref\"", ",", "ref", ")", "]", "else", ":", "validators", "=", "iteritems", "(", "_schema", ")", "for", "k", ",", "v", "in", "validators", ":", "validator", "=", "self", ".", "VALIDATORS", ".", "get", "(", "k", ")", "if", "validator", "is", "None", ":", "continue", "errors", "=", "validator", "(", "self", ",", "v", ",", "instance", ",", "_schema", ")", "or", "(", ")", "for", "error", "in", "errors", ":", "# set details if not already set by the called fn", "error", ".", "_set", "(", "validator", "=", "k", ",", "validator_value", "=", "v", ",", "instance", "=", "instance", ",", "schema", "=", "_schema", ",", ")", "if", "k", "!=", "u\"$ref\"", ":", "error", ".", "schema_path", ".", "appendleft", "(", "k", ")", "yield", "error", "finally", ":", "if", "scope", ":", "self", ".", "resolver", ".", "pop_scope", "(", ")", "def", "descend", "(", "self", ",", "instance", ",", "schema", ",", "path", "=", "None", ",", "schema_path", "=", "None", ")", ":", "for", "error", "in", "self", ".", "iter_errors", "(", "instance", ",", "schema", ")", ":", "if", "path", "is", "not", "None", ":", "error", ".", "path", ".", "appendleft", "(", "path", ")", "if", "schema_path", "is", "not", "None", ":", "error", ".", "schema_path", ".", "appendleft", "(", "schema_path", ")", "yield", "error", "def", "validate", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "for", "error", "in", "self", ".", "iter_errors", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "raise", "error", "def", "is_type", "(", "self", ",", "instance", ",", "type", ")", ":", "try", ":", "return", "self", ".", "TYPE_CHECKER", ".", "is_type", "(", "instance", ",", "type", ")", "except", "exceptions", ".", "UndefinedTypeCheck", ":", "raise", "exceptions", ".", "UnknownType", "(", "type", ",", "instance", ",", "self", ".", "schema", ")", "def", "is_valid", "(", "self", ",", "instance", ",", "_schema", "=", "None", ")", ":", "error", "=", "next", "(", "self", ".", "iter_errors", "(", "instance", ",", "_schema", ")", ",", "None", ")", "return", "error", "is", "None", "if", "version", "is", "not", "None", ":", "Validator", "=", "validates", "(", "version", ")", "(", "Validator", ")", "Validator", ".", "__name__", "=", "version", ".", "title", "(", ")", ".", "replace", "(", "\" \"", ",", "\"\"", ")", "+", "\"Validator\"", "return", "Validator" ]

[ "Create", "a", "new", "validator", "class", "." ]

[ "def", "main", "(", "args", ":", "Sequence", "[", "str", "]", "=", "None", ")", "->", "int", ":", "logging", ".", "basicConfig", "(", "level", "=", "logging", ".", "INFO", ",", "format", "=", "'%(asctime)-15s | %(levelname)-8s | %(message)s'", ",", "datefmt", "=", "'%Y-%m-%d %H:%M:%S'", ")", "logging", ".", "getLogger", "(", "'von_anchor'", ")", ".", "setLevel", "(", "logging", ".", "WARNING", ")", "logging", ".", "getLogger", "(", "'indy'", ")", ".", "setLevel", "(", "logging", ".", "ERROR", ")", "if", "args", "is", "None", ":", "args", "=", "sys", ".", "argv", "[", "1", ":", "]", "if", "len", "(", "sys", ".", "argv", ")", "==", "2", ":", "try", ":", "return", "do_wait", "(", "setnym", "(", "sys", ".", "argv", "[", "1", "]", ")", ")", "except", "VonAnchorError", "as", "vax", ":", "print", "(", "str", "(", "vax", ")", ")", "return", "1", "else", ":", "usage", "(", ")", "return", "1" ]

[ "Main", "line", "for", "script", ":", "check", "arguments", "and", "dispatch", "operation", "to", "set", "nym", "." ]

[ "def", "run", "(", "self", ")", ":", "while", "True", ":", "self", ".", "update_log_filenames", "(", ")", "self", ".", "open_closed_files", "(", ")", "anything_published", "=", "self", ".", "check_log_files_and_publish_updates", "(", ")", "# If nothing was published, then wait a little bit before checking", "# for logs to avoid using too much CPU.", "if", "not", "anything_published", ":", "time", ".", "sleep", "(", "0.05", ")" ]

[ "Run", "the", "log", "monitor", "." ]

[ "def", "lookup_discrete", "(", "x", ",", "xs", ",", "ys", ")", ":", "for", "index", "in", "range", "(", "0", ",", "len", "(", "xs", ")", ")", ":", "if", "x", "<", "xs", "[", "index", "]", ":", "return", "ys", "[", "index", "-", "1", "]", "if", "index", ">", "0", "else", "ys", "[", "index", "]", "return", "ys", "[", "len", "(", "ys", ")", "-", "1", "]" ]

[ "Intermediate", "values", "take", "on", "the", "value", "associated", "with", "the", "next", "lower", "x", "-", "coordinate", "(", "also", "called", "a", "step", "-", "wise", "function", ")", ".", "The", "last", "two", "points", "of", "a", "discrete", "graphical", "function", "must", "have", "the", "same", "y", "value", ".", "Out", "-", "of", "-", "range", "values", "are", "the", "same", "as", "the", "closest", "endpoint", "(", "i", ".", "e", "no", "extrapolation", "is", "performed", ")", "." ]

[ "def", "_log_phi", "(", "z", ")", ":", "# Adapted from the GPML function `logphi.m`.", "if", "z", "*", "z", "<", "0.0492", ":", "# First case: z close to zero.", "coef", "=", "-", "z", "/", "SQRT2PI", "val", "=", "functools", ".", "reduce", "(", "lambda", "acc", ",", "c", ":", "coef", "*", "(", "c", "+", "acc", ")", ",", "CS", ",", "0", ")", "res", "=", "-", "2", "*", "val", "-", "log", "(", "2", ")", "dres", "=", "exp", "(", "-", "(", "z", "*", "z", ")", "/", "2", "-", "res", ")", "/", "SQRT2PI", "elif", "z", "<", "-", "11.3137", ":", "# Second case: z very small.", "num", "=", "functools", ".", "reduce", "(", "lambda", "acc", ",", "r", ":", "-", "z", "*", "acc", "/", "SQRT2", "+", "r", ",", "RS", ",", "0.5641895835477550741", ")", "den", "=", "functools", ".", "reduce", "(", "lambda", "acc", ",", "q", ":", "-", "z", "*", "acc", "/", "SQRT2", "+", "q", ",", "QS", ",", "1.0", ")", "res", "=", "log", "(", "num", "/", "(", "2", "*", "den", ")", ")", "-", "(", "z", "*", "z", ")", "/", "2", "dres", "=", "abs", "(", "den", "/", "num", ")", "*", "sqrt", "(", "2.0", "/", "pi", ")", "else", ":", "res", "=", "log", "(", "normal_cdf", "(", "z", ")", ")", "dres", "=", "exp", "(", "-", "(", "z", "*", "z", ")", "/", "2", "-", "res", ")", "/", "SQRT2PI", "return", "res", ",", "dres" ]

[ "Stable", "computation", "of", "the", "log", "of", "the", "Normal", "CDF", "and", "its", "derivative", "." ]

[ "def", "to_json", "(", "self", ",", "skip_nulls", "=", "True", ")", ":", "return", "json", ".", "dumps", "(", "self", ".", "to_dict", "(", "skip_nulls", "=", "skip_nulls", ")", ")" ]

[ "Convert", "object", "to", "a", "json", "string" ]

[ "def", "nodes", "(", "self", ",", "data", "=", "False", ",", "native", "=", "True", ")", ":", "nodes", "=", "self", ".", "master_graph", ".", "nodes", "(", "data", "=", "data", ")", "if", "native", ":", "if", "data", ":", "nodes", "=", "[", "(", "self", ".", "node_index", "[", "n", "]", ",", "attrs", ")", "for", "n", ",", "attrs", "in", "nodes", "]", "else", ":", "nodes", "=", "[", "self", ".", "node_index", "[", "n", "]", "for", "n", "in", "nodes", "]", "return", "nodes" ]

[ "Returns", "a", "list", "of", "all", "nodes", "in", "the", ":", "class", ":", ".", "GraphCollection", "\\", "." ]

[ "def", "get_columns", "(", "self", ",", "*", ",", "top", "=", "None", ",", "skip", "=", "None", ")", ":", "url", "=", "self", ".", "build_url", "(", "self", ".", "_endpoints", ".", "get", "(", "'get_columns'", ")", ")", "params", "=", "{", "}", "if", "top", "is", "not", "None", ":", "params", "[", "'$top'", "]", "=", "top", "if", "skip", "is", "not", "None", ":", "params", "[", "'$skip'", "]", "=", "skip", "params", "=", "None", "if", "not", "params", "else", "params", "response", "=", "self", ".", "session", ".", "get", "(", "url", ",", "params", "=", "params", ")", "if", "not", "response", ":", "return", "iter", "(", "(", ")", ")", "data", "=", "response", ".", "json", "(", ")", "return", "(", "self", ".", "column_constructor", "(", "parent", "=", "self", ",", "*", "*", "{", "self", ".", "_cloud_data_key", ":", "column", "}", ")", "for", "column", "in", "data", ".", "get", "(", "'value'", ",", "[", "]", ")", ")" ]

[ "Return", "the", "columns", "of", "this", "table", ":", "param", "int", "top", ":", "specify", "n", "columns", "to", "retrieve", ":", "param", "int", "skip", ":", "specify", "n", "columns", "to", "skip" ]

[ "def", "pclass_for_definition", "(", "self", ",", "name", ")", ":", "while", "True", ":", "try", ":", "cls", "=", "self", ".", "_pclasses", "[", "name", "]", "except", "KeyError", ":", "try", ":", "original_definition", "=", "self", ".", "definitions", "[", "name", "]", "except", "KeyError", ":", "raise", "NoSuchDefinition", "(", "name", ")", "if", "\"$ref\"", "in", "original_definition", ":", "# Identify definitions that are merely a reference to", "# another and restart processing. There is some", "# duplication of logic between this and the $ref handling", "# in _ClassModel. It would be nice to eliminate this", "# duplication.", "name", "=", "original_definition", "[", "u\"$ref\"", "]", "assert", "name", ".", "startswith", "(", "u\"#/definitions/\"", ")", "name", "=", "name", "[", "len", "(", "u\"#/definitions/\"", ")", ":", "]", "continue", "definition", "=", "self", ".", "transform_definition", "(", "name", ",", "original_definition", ")", "kind", "=", "self", ".", "_identify_kind", "(", "definition", ")", "if", "kind", "is", "None", ":", "raise", "NotClassLike", "(", "name", ",", "definition", ")", "generator", "=", "getattr", "(", "self", ",", "\"_model_for_{}\"", ".", "format", "(", "kind", ")", ")", "model", "=", "generator", "(", "name", ",", "definition", ")", "bases", "=", "tuple", "(", "self", ".", "_behaviors", ".", "get", "(", "name", ",", "[", "]", ")", ")", "cls", "=", "model", ".", "pclass", "(", "bases", ")", "self", ".", "_pclasses", "[", "name", "]", "=", "cls", "return", "cls" ]

[ "Get", "a", "pyrsistent", ".", "PClass", "subclass", "representing", "the", "Swagger", "definition", "in", "this", "specification", "which", "corresponds", "to", "the", "given", "name", "." ]

[ "def", "Run", "(", "self", ")", ":", "try", ":", "self", ".", "stats", "=", "{", "}", "self", ".", "BeginProcessing", "(", ")", "processed_count", "=", "0", "for", "client_info_batch", "in", "_IterateAllClients", "(", "recency_window", "=", "self", ".", "recency_window", ")", ":", "for", "client_info", "in", "client_info_batch", ":", "self", ".", "ProcessClientFullInfo", "(", "client_info", ")", "processed_count", "+=", "len", "(", "client_info_batch", ")", "self", ".", "Log", "(", "\"Processed %d clients.\"", ",", "processed_count", ")", "self", ".", "HeartBeat", "(", ")", "self", ".", "FinishProcessing", "(", ")", "for", "fd", "in", "itervalues", "(", "self", ".", "stats", ")", ":", "fd", ".", "Close", "(", ")", "logging", ".", "info", "(", "\"%s: processed %d clients.\"", ",", "self", ".", "__class__", ".", "__name__", ",", "processed_count", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "# pylint: disable=broad-except", "logging", ".", "exception", "(", "\"Error while calculating stats: %s\"", ",", "e", ")", "raise" ]

[ "Retrieve", "all", "the", "clients", "for", "the", "AbstractClientStatsCollectors", "." ]

[ "def", "filter_creation_date", "(", "groups", ",", "start", ",", "end", ")", ":", "results", "=", "[", "]", "for", "g", "in", "groups", ":", "created", "=", "datetime", ".", "fromtimestamp", "(", "g", "[", "'creationTime'", "]", "/", "1000.0", ")", "if", "created", ">", "end", ":", "continue", "if", "created", ">", "start", ":", "g", "[", "'exportStart'", "]", "=", "created", "else", ":", "g", "[", "'exportStart'", "]", "=", "start", "results", ".", "append", "(", "g", ")", "return", "results" ]

[ "Filter", "log", "groups", "by", "their", "creation", "date", "." ]

[ "def", "_put_file", "(", "self", ",", "file", ")", ":", "post_params", "=", "{", "'file_size'", ":", "file", ".", "size", ",", "'file_hash'", ":", "file", ".", "md5hash", "(", ")", ",", "'content_type'", ":", "self", ".", "_get_content_type", "(", "file", ")", ",", "}", "headers", "=", "self", ".", "_request_headers", "(", "'PUT'", ",", "file", ".", "prefixed_name", ",", "post_params", "=", "post_params", ")", "with", "closing", "(", "HTTPConnection", "(", "self", ".", "netloc", ")", ")", "as", "conn", ":", "conn", ".", "request", "(", "'PUT'", ",", "file", ".", "prefixed_name", ",", "file", ".", "read", "(", ")", ",", "headers", "=", "headers", ")", "response", "=", "conn", ".", "getresponse", "(", ")", "if", "response", ".", "status", "not", "in", "(", "200", ",", ")", ":", "raise", "S3IOError", "(", "'py3s3 PUT error. '", "'Response status: {}. '", "'Reason: {}. '", "'Response Text: \\n'", "'{}'", ".", "format", "(", "response", ".", "status", ",", "response", ".", "reason", ",", "response", ".", "read", "(", ")", ")", ")" ]

[ "Send", "PUT", "request", "to", "S3", "with", "file", "contents" ]

[ "def", "scrape_mixcloud_url", "(", "mc_url", ",", "num_tracks", "=", "sys", ".", "maxsize", ",", "folders", "=", "False", ",", "custom_path", "=", "''", ")", ":", "try", ":", "data", "=", "get_mixcloud_data", "(", "mc_url", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "puts_safe", "(", "colored", ".", "red", "(", "\"Problem downloading \"", ")", "+", "mc_url", ")", "print", "(", "e", ")", "return", "[", "]", "filenames", "=", "[", "]", "track_artist", "=", "sanitize_filename", "(", "data", "[", "'artist'", "]", ")", "track_title", "=", "sanitize_filename", "(", "data", "[", "'title'", "]", ")", "track_filename", "=", "track_artist", "+", "' - '", "+", "track_title", "+", "data", "[", "'mp3_url'", "]", "[", "-", "4", ":", "]", "if", "folders", ":", "track_artist_path", "=", "join", "(", "custom_path", ",", "track_artist", ")", "if", "not", "exists", "(", "track_artist_path", ")", ":", "mkdir", "(", "track_artist_path", ")", "track_filename", "=", "join", "(", "track_artist_path", ",", "track_filename", ")", "if", "exists", "(", "track_filename", ")", ":", "puts_safe", "(", "colored", ".", "yellow", "(", "\"Skipping\"", ")", "+", "colored", ".", "white", "(", "': '", "+", "data", "[", "'title'", "]", "+", "\" - it already exists!\"", ")", ")", "return", "[", "]", "else", ":", "track_filename", "=", "join", "(", "custom_path", ",", "track_filename", ")", "puts_safe", "(", "colored", ".", "green", "(", "\"Downloading\"", ")", "+", "colored", ".", "white", "(", "': '", "+", "data", "[", "'artist'", "]", "+", "\" - \"", "+", "data", "[", "'title'", "]", "+", "\" (\"", "+", "track_filename", "[", "-", "4", ":", "]", "+", "\")\"", ")", ")", "download_file", "(", "data", "[", "'mp3_url'", "]", ",", "track_filename", ")", "if", "track_filename", "[", "-", "4", ":", "]", "==", "'.mp3'", ":", "tag_file", "(", "track_filename", ",", "artist", "=", "data", "[", "'artist'", "]", ",", "title", "=", "data", "[", "'title'", "]", ",", "year", "=", "data", "[", "'year'", "]", ",", "genre", "=", "\"Mix\"", ",", "artwork_url", "=", "data", "[", "'artwork_url'", "]", ")", "filenames", ".", "append", "(", "track_filename", ")", "return", "filenames" ]

[ "Returns", ":", "list", ":", "filenames", "to", "open" ]

[ "def", "to_csv", "(", "data", ",", "field_names", "=", "None", ",", "filename", "=", "'data.csv'", ",", "overwrite", "=", "True", ",", "write_headers", "=", "True", ",", "append", "=", "False", ",", "flat", "=", "True", ",", "primary_fields", "=", "None", ",", "sort_fields", "=", "True", ")", ":", "# Don't overwrite if not specified\r", "if", "not", "overwrite", "and", "path", ".", "isfile", "(", "filename", ")", ":", "raise", "FileExistsError", "(", "'The file already exists'", ")", "# Replace file if append not specified\r", "write_type", "=", "'w'", "if", "not", "append", "else", "'a'", "# Flatten if flat is specified, or there are no predefined field names\r", "if", "flat", "or", "not", "field_names", ":", "data", "=", "[", "flatten", "(", "datum", ")", "for", "datum", "in", "data", "]", "# Fill in gaps between dicts with empty string\r", "if", "not", "field_names", ":", "field_names", ",", "data", "=", "fill_gaps", "(", "data", ")", "# Sort fields if specified\r", "if", "sort_fields", ":", "field_names", ".", "sort", "(", ")", "# If there are primary fields, move the field names to the front and sort\r", "# based on first field\r", "if", "primary_fields", ":", "for", "key", "in", "primary_fields", "[", ":", ":", "-", "1", "]", ":", "field_names", ".", "insert", "(", "0", ",", "field_names", ".", "pop", "(", "field_names", ".", "index", "(", "key", ")", ")", ")", "data", "=", "sorted", "(", "data", ",", "key", "=", "lambda", "k", ":", "k", "[", "field_names", "[", "0", "]", "]", ",", "reverse", "=", "True", ")", "# Write the file\r", "with", "open", "(", "filename", ",", "write_type", ",", "encoding", "=", "'utf-8'", ")", "as", "f", ":", "writer", "=", "csv", ".", "DictWriter", "(", "f", ",", "fieldnames", "=", "field_names", ",", "lineterminator", "=", "'\\n'", ")", "if", "not", "append", "or", "write_headers", ":", "writer", ".", "writeheader", "(", ")", "# Write rows containing fields in field names\r", "for", "datum", "in", "data", ":", "for", "key", "in", "list", "(", "datum", ".", "keys", "(", ")", ")", ":", "if", "key", "not", "in", "field_names", ":", "del", "datum", "[", "key", "]", "elif", "type", "(", "datum", "[", "key", "]", ")", "is", "str", ":", "datum", "[", "key", "]", "=", "datum", "[", "key", "]", ".", "strip", "(", ")", "datum", "[", "key", "]", "=", "str", "(", "datum", "[", "key", "]", ")", "writer", ".", "writerow", "(", "datum", ")" ]

[ "DEPRECATED", "Write", "a", "list", "of", "dicts", "to", "a", "csv", "file", ":", "param", "data", ":", "List", "of", "dicts", ":", "param", "field_names", ":", "The", "list", "column", "names", ":", "param", "filename", ":", "The", "name", "of", "the", "file", ":", "param", "overwrite", ":", "Overwrite", "the", "file", "if", "exists", ":", "param", "write_headers", ":", "Write", "the", "headers", "to", "the", "csv", "file", ":", "param", "append", ":", "Write", "new", "rows", "if", "the", "file", "exists", ":", "param", "flat", ":", "Flatten", "the", "dictionary", "before", "saving", ":", "param", "primary_fields", ":", "The", "first", "columns", "of", "the", "csv", "file", ":", "param", "sort_fields", ":", "Sort", "the", "field", "names", "alphabetically", ":", "return", ":", "None" ]

[ "def", "validate_sceneInfo", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "sceneInfo", ".", "prefix", "not", "in", "self", ".", "__satellitesMap", ":", "raise", "WrongSceneNameError", "(", "'USGS Downloader: Prefix of %s (%s) is invalid'", "%", "(", "self", ".", "sceneInfo", ".", "name", ",", "self", ".", "sceneInfo", ".", "prefix", ")", ")" ]

[ "Check", "scene", "name", "and", "whether", "remote", "file", "exists", ".", "Raises", "WrongSceneNameError", "if", "the", "scene", "name", "is", "wrong", "." ]

[ "def", "remove_handler", "(", "self", ",", "handler", ":", "Handler", ",", "group", ":", "int", "=", "0", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "handler", ",", "DisconnectHandler", ")", ":", "self", ".", "disconnect_handler", "=", "None", "else", ":", "self", ".", "dispatcher", ".", "remove_handler", "(", "handler", ",", "group", ")" ]

[ "Removes", "a", "previously", "-", "added", "update", "handler", "." ]

[ "def", "conf_budget", "(", "self", ",", "budget", ")", ":", "if", "self", ".", "maplesat", ":", "pysolvers", ".", "maplechrono_cbudget", "(", "self", ".", "maplesat", ",", "budget", ")" ]

[ "Set", "limit", "on", "the", "number", "of", "conflicts", "." ]

[ "def", "bump", "(", "args", ":", "argparse", ".", "Namespace", ")", "->", "None", ":", "try", ":", "last_tag", "=", "last_git_release_tag", "(", "git_tags", "(", ")", ")", "except", "NoGitTagsException", ":", "print", "(", "SemVer", "(", "0", ",", "1", ",", "0", ")", ")", "exit", "(", "0", ")", "last_ver", "=", "git_tag_to_semver", "(", "last_tag", ")", "if", "args", ".", "type", "==", "'patch'", ":", "print", "(", "last_ver", ".", "bump_patch", "(", ")", ")", "elif", "args", ".", "type", "==", "'minor'", ":", "print", "(", "last_ver", ".", "bump_minor", "(", ")", ")", "elif", "args", ".", "type", "==", "'major'", ":", "print", "(", "last_ver", ".", "bump_major", "(", ")", ")" ]

[ ":", "args", ":", "An", "argparse", ".", "Namespace", "object", "." ]

[ "def", "_add_metadata", "(", "item", ",", "metadata", ",", "remotes", ",", "only_metadata", "=", "False", ")", ":", "for", "check_key", "in", "[", "item", "[", "\"description\"", "]", "]", "+", "_get_file_keys", "(", "item", ")", "+", "_get_vrn_keys", "(", "item", ")", ":", "item_md", "=", "metadata", ".", "get", "(", "check_key", ")", "if", "item_md", ":", "break", "if", "not", "item_md", ":", "item_md", "=", "_find_glob_metadata", "(", "item", "[", "\"files\"", "]", ",", "metadata", ")", "if", "remotes", ".", "get", "(", "\"region\"", ")", ":", "item", "[", "\"algorithm\"", "]", "[", "\"variant_regions\"", "]", "=", "remotes", "[", "\"region\"", "]", "TOP_LEVEL", "=", "set", "(", "[", "\"description\"", ",", "\"genome_build\"", ",", "\"lane\"", ",", "\"vrn_file\"", ",", "\"files\"", ",", "\"analysis\"", "]", ")", "keep_sample", "=", "True", "if", "item_md", "and", "len", "(", "item_md", ")", ">", "0", ":", "if", "\"metadata\"", "not", "in", "item", ":", "item", "[", "\"metadata\"", "]", "=", "{", "}", "for", "k", ",", "v", "in", "item_md", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "v", ":", "if", "k", "in", "TOP_LEVEL", ":", "item", "[", "k", "]", "=", "v", "elif", "k", "in", "run_info", ".", "ALGORITHM_KEYS", ":", "v", "=", "_handle_special_yaml_cases", "(", "v", ")", "item", "[", "\"algorithm\"", "]", "[", "k", "]", "=", "v", "else", ":", "v", "=", "_handle_special_yaml_cases", "(", "v", ")", "item", "[", "\"metadata\"", "]", "[", "k", "]", "=", "v", "elif", "len", "(", "metadata", ")", ">", "0", ":", "warn", "=", "\"Dropped sample\"", "if", "only_metadata", "else", "\"Added minimal sample information\"", "print", "(", "\"WARNING: %s: metadata not found for %s, %s\"", "%", "(", "warn", ",", "item", "[", "\"description\"", "]", ",", "[", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "f", ")", "for", "f", "in", "item", "[", "\"files\"", "]", "]", ")", ")", "keep_sample", "=", "not", "only_metadata", "if", "tz", ".", "get_in", "(", "[", "\"metadata\"", ",", "\"ped\"", "]", ",", "item", ")", ":", "item", "[", "\"metadata\"", "]", "=", "_add_ped_metadata", "(", "item", "[", "\"description\"", "]", ",", "item", "[", "\"metadata\"", "]", ")", "return", "item", "if", "keep_sample", "else", "None" ]

[ "Add", "metadata", "information", "from", "CSV", "file", "to", "current", "item", "." ]

[ "def", "new_scope", "(", "self", ",", "new_scope", "=", "{", "}", ")", ":", "old_scopes", ",", "self", ".", "scopes", "=", "self", ".", "scopes", ",", "self", ".", "scopes", ".", "new_child", "(", "new_scope", ")", "yield", "self", ".", "scopes", "=", "old_scopes" ]

[ "Add", "a", "new", "innermost", "scope", "for", "the", "duration", "of", "the", "with", "block", "." ]

[ "def", "register", "(", "self", ",", "task_spec", ")", ":", "if", "self", ".", "validate", "(", "task_spec", ".", "lsid", ")", ":", "# Add the module name to the map", "self", ".", "registered_modules", "[", "task_spec", ".", "lsid", "]", "=", "task_spec", ".", "name", "# Increment module count", "self", ".", "module_count", "+=", "1", "# Write the updated LSID authority file and reload", "with", "open", "(", "self", ".", "authority", ",", "'w'", ")", "as", "authority_file", ":", "json", ".", "dump", "(", "{", "'base_lsid'", ":", "self", ".", "base_lsid", ",", "'module_count'", ":", "self", ".", "module_count", ",", "'registered_modules'", ":", "self", ".", "registered_modules", ",", "}", ",", "authority_file", ",", "sort_keys", "=", "True", ",", "indent", "=", "4", ",", "separators", "=", "(", "','", ",", "': '", ")", ")", "self", ".", "_load_lsid_authority", "(", ")", "else", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "\"Module LSID id not valid: \"", "+", "str", "(", "task_spec", ".", "lsid", ")", ")", "return", "True" ]

[ "Registers", "a", "module", "specification", "with", "the", "LSID", "authority", ".", "Validates", "that", "it", "possesses", "an", "LSID", "assigned", "by", "the", "authority", ".", "Raises", "an", "exception", "if", "registration", "wasn", "t", "successful", ".", ":", "param", "task_spec", ":", ":", "return", ":", "boolean", "-", "True", "if", "registration", "was", "successful" ]

[ "def", "_sampleRange", "(", "rng", ",", "start", ",", "end", ",", "step", ",", "k", ")", ":", "array", "=", "numpy", ".", "empty", "(", "k", ",", "dtype", "=", "\"uint32\"", ")", "rng", ".", "sample", "(", "numpy", ".", "arange", "(", "start", ",", "end", ",", "step", ",", "dtype", "=", "\"uint32\"", ")", ",", "array", ")", "return", "array" ]

[ "Equivalent", "to", ":" ]

[ "def", "require_setting", "(", "self", ",", "name", ",", "feature", "=", "'this feature'", ")", ":", "if", "name", "not", "in", "self", ".", "settings", ":", "raise", "ConfigurationException", "(", "\"You must define the '{}' setting in your \"", "\"application to use {}\"", ".", "format", "(", "name", ",", "feature", ")", ")" ]

[ "Raises", "an", "exception", "if", "the", "given", "app", "setting", "is", "not", "defined", "." ]

[ "def", "locked_get", "(", "self", ")", ":", "credentials", "=", "None", "content", "=", "keyring", ".", "get_password", "(", "self", ".", "_service_name", ",", "self", ".", "_user_name", ")", "if", "content", "is", "not", "None", ":", "try", ":", "credentials", "=", "client", ".", "Credentials", ".", "new_from_json", "(", "content", ")", "credentials", ".", "set_store", "(", "self", ")", "except", "ValueError", ":", "pass", "return", "credentials" ]

[ "Retrieve", "Credential", "from", "file", "." ]

[ "def", "compute_neighbors", "(", "self", ",", "n_neighbors", ":", "int", "=", "30", ",", "knn", ":", "bool", "=", "True", ",", "n_pcs", ":", "Optional", "[", "int", "]", "=", "None", ",", "use_rep", ":", "Optional", "[", "str", "]", "=", "None", ",", "method", ":", "str", "=", "'umap'", ",", "random_state", ":", "Optional", "[", "Union", "[", "RandomState", ",", "int", "]", "]", "=", "0", ",", "write_knn_indices", ":", "bool", "=", "False", ",", "metric", ":", "str", "=", "'euclidean'", ",", "metric_kwds", ":", "Mapping", "[", "str", ",", "Any", "]", "=", "{", "}", ")", "->", "None", ":", "if", "n_neighbors", ">", "self", ".", "_adata", ".", "shape", "[", "0", "]", ":", "# very small datasets", "n_neighbors", "=", "1", "+", "int", "(", "0.5", "*", "self", ".", "_adata", ".", "shape", "[", "0", "]", ")", "logg", ".", "warn", "(", "'n_obs too small: adjusting to `n_neighbors = {}`'", ".", "format", "(", "n_neighbors", ")", ")", "if", "method", "==", "'umap'", "and", "not", "knn", ":", "raise", "ValueError", "(", "'`method = \\'umap\\' only with `knn = True`.'", ")", "if", "method", "not", "in", "{", "'umap'", ",", "'gauss'", "}", ":", "raise", "ValueError", "(", "'`method` needs to be \\'umap\\' or \\'gauss\\'.'", ")", "if", "self", ".", "_adata", ".", "shape", "[", "0", "]", ">=", "10000", "and", "not", "knn", ":", "logg", ".", "warn", "(", "'Using high n_obs without `knn=True` takes a lot of memory...'", ")", "self", ".", "n_neighbors", "=", "n_neighbors", "self", ".", "knn", "=", "knn", "X", "=", "choose_representation", "(", "self", ".", "_adata", ",", "use_rep", "=", "use_rep", ",", "n_pcs", "=", "n_pcs", ")", "# neighbor search", "use_dense_distances", "=", "(", "metric", "==", "'euclidean'", "and", "X", ".", "shape", "[", "0", "]", "<", "8192", ")", "or", "knn", "==", "False", "if", "use_dense_distances", ":", "_distances", "=", "pairwise_distances", "(", "X", ",", "metric", "=", "metric", ",", "*", "*", "metric_kwds", ")", "knn_indices", ",", "knn_distances", "=", "get_indices_distances_from_dense_matrix", "(", "_distances", ",", "n_neighbors", ")", "if", "knn", ":", "self", ".", "_distances", "=", "get_sparse_matrix_from_indices_distances_numpy", "(", "knn_indices", ",", "knn_distances", ",", "X", ".", "shape", "[", "0", "]", ",", "n_neighbors", ")", "else", ":", "self", ".", "_distances", "=", "_distances", "else", ":", "# non-euclidean case and approx nearest neighbors", "if", "X", ".", "shape", "[", "0", "]", "<", "4096", ":", "X", "=", "pairwise_distances", "(", "X", ",", "metric", "=", "metric", ",", "*", "*", "metric_kwds", ")", "metric", "=", "'precomputed'", "knn_indices", ",", "knn_distances", ",", "_", "=", "compute_neighbors_umap", "(", "X", ",", "n_neighbors", ",", "random_state", ",", "metric", "=", "metric", ",", "metric_kwds", "=", "metric_kwds", ")", "#self._rp_forest = _make_forest_dict(forest)", "# write indices as attributes", "if", "write_knn_indices", ":", "self", ".", "knn_indices", "=", "knn_indices", "self", ".", "knn_distances", "=", "knn_distances", "logg", ".", "msg", "(", "'computed neighbors'", ",", "t", "=", "True", ",", "v", "=", "4", ")", "if", "not", "use_dense_distances", "or", "method", "==", "'umap'", ":", "# we need self._distances also for method == 'gauss' if we didn't", "# use dense distances", "self", ".", "_distances", ",", "self", ".", "_connectivities", "=", "compute_connectivities_umap", "(", "knn_indices", ",", "knn_distances", ",", "self", ".", "_adata", ".", "shape", "[", "0", "]", ",", "self", ".", "n_neighbors", ")", "# overwrite the umap connectivities if method is 'gauss'", "# self._distances is unaffected by this", "if", "method", "==", "'gauss'", ":", "self", ".", "_compute_connectivities_diffmap", "(", ")", "logg", ".", "msg", "(", "'computed connectivities'", ",", "t", "=", "True", ",", "v", "=", "4", ")", "self", ".", "_number_connected_components", "=", "1", "if", "issparse", "(", "self", ".", "_connectivities", ")", ":", "from", "scipy", ".", "sparse", ".", "csgraph", "import", "connected_components", "self", ".", "_connected_components", "=", "connected_components", "(", "self", ".", "_connectivities", ")", "self", ".", "_number_connected_components", "=", "self", ".", "_connected_components", "[", "0", "]" ]

[ "\\", "Compute", "distances", "and", "connectivities", "of", "neighbors", "." ]

[ "def", "list", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "kwargs", ".", "pop", "(", "'force'", ",", "None", ")", ":", "headers", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "'headers'", ",", "args", "[", "4", "]", "if", "len", "(", "args", ")", ">", "4", "else", "None", ")", "or", "dict", "(", ")", "headers", "[", "'force'", "]", "=", "True", "kwargs", "[", "'headers'", "]", "=", "headers", "for", "key", "in", "super", "(", "Bucket", ",", "self", ")", ".", "list", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "yield", "key", "else", ":", "prefix", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "'prefix'", ",", "args", "[", "0", "]", "if", "args", "else", "''", ")", "for", "key", "in", "mimicdb", ".", "backend", ".", "smembers", "(", "tpl", ".", "bucket", "%", "self", ".", "name", ")", ":", "if", "key", ".", "startswith", "(", "prefix", ")", ":", "k", "=", "Key", "(", "self", ",", "key", ")", "meta", "=", "mimicdb", ".", "backend", ".", "hgetall", "(", "tpl", ".", "key", "%", "(", "self", ".", "name", ",", "key", ")", ")", "if", "meta", ":", "k", ".", "_load_meta", "(", "meta", "[", "'size'", "]", ",", "meta", "[", "'md5'", "]", ")", "yield", "k" ]

[ "Return", "an", "iterable", "of", "keys", "from", "MimicDB", "." ]

[ "def", "get_write_cache", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "_options", ".", "write_to", "and", "not", "self", ".", "_write_cache", ":", "cache_spec", "=", "self", ".", "_resolve", "(", "self", ".", "_sanitize_cache_spec", "(", "self", ".", "_options", ".", "write_to", ")", ")", "if", "cache_spec", ":", "with", "self", ".", "_cache_setup_lock", ":", "self", ".", "_write_cache", "=", "self", ".", "_do_create_artifact_cache", "(", "cache_spec", ",", "'will write to'", ")", "return", "self", ".", "_write_cache" ]

[ "Returns", "the", "write", "cache", "for", "this", "setup", "creating", "it", "if", "necessary", "." ]

[ "def", "remote_sys_desc_uneq_store", "(", "self", ",", "remote_system_desc", ")", ":", "if", "remote_system_desc", "!=", "self", ".", "remote_system_desc", ":", "self", ".", "remote_system_desc", "=", "remote_system_desc", "return", "True", "return", "False" ]

[ "This", "function", "saves", "the", "system", "desc", "if", "different", "from", "stored", "." ]

[ "def", "points_with_surrounding_gaps", "(", "points", ")", ":", "points_with_gaps", "=", "[", "]", "last_point", "=", "-", "1", "for", "point", "in", "points", ":", "if", "last_point", "+", "1", "==", "point", ":", "pass", "elif", "last_point", "+", "2", "==", "point", ":", "points_with_gaps", ".", "append", "(", "last_point", "+", "1", ")", "else", ":", "points_with_gaps", ".", "append", "(", "last_point", "+", "1", ")", "points_with_gaps", ".", "append", "(", "point", "-", "1", ")", "points_with_gaps", ".", "append", "(", "point", ")", "last_point", "=", "point", "return", "points_with_gaps" ]

[ "This", "function", "makes", "sure", "that", "any", "gaps", "in", "the", "sequence", "provided", "have", "stopper", "points", "at", "their", "beginning", "and", "end", "so", "a", "graph", "will", "be", "drawn", "with", "correct", "0", "ranges", ".", "This", "is", "more", "efficient", "than", "filling", "in", "all", "points", "up", "to", "the", "maximum", "value", ".", "For", "example", ":" ]

[ "def", "get_archiver_index", "(", "config", ",", "archiver", ")", ":", "root", "=", "pathlib", ".", "Path", "(", "config", ".", "cache_path", ")", "/", "archiver", "with", "(", "root", "/", "\"index.json\"", ")", ".", "open", "(", "\"r\"", ")", "as", "index_f", ":", "index", "=", "json", ".", "load", "(", "index_f", ")", "return", "index" ]

[ "Get", "the", "contents", "of", "the", "archiver", "index", "file", "." ]

[ "def", "get_instance", "(", "self", ",", "payload", ")", ":", "return", "DependentHostedNumberOrderInstance", "(", "self", ".", "_version", ",", "payload", ",", "signing_document_sid", "=", "self", ".", "_solution", "[", "'signing_document_sid'", "]", ",", ")" ]

[ "Build", "an", "instance", "of", "DependentHostedNumberOrderInstance" ]

[ "def", "apply", "(", "self", ",", "func", ",", "*", "fields", ")", ":", "results", "=", "[", "]", "for", "row", "in", "self", ":", "if", "not", "fields", ":", "results", ".", "append", "(", "func", "(", "row", ")", ")", "else", ":", "if", "any", "(", "field", "not", "in", "self", "for", "field", "in", "fields", ")", ":", "for", "field", "in", "fields", ":", "if", "field", "not", "in", "self", ":", "raise", "Exception", "(", "\"Column `%s` does not exist \"", "\"in DataTable\"", "%", "field", ")", "results", ".", "append", "(", "func", "(", "*", "[", "row", "[", "field", "]", "for", "field", "in", "fields", "]", ")", ")", "return", "results" ]

[ "Applies", "the", "function", "func", "to", "every", "row", "in", "the", "DataTable", "." ]

[ "def", "blueprint", "(", "self", ")", ":", "blueprint", "=", "dict", "(", ")", "blueprint", "[", "'type'", "]", "=", "\"%s.%s\"", "%", "(", "self", ".", "__module__", ",", "self", ".", "__class__", ".", "__name__", ")", "# Fields", "fields", "=", "dict", "(", ")", "# inspects the attributes of a parameter set and tries to validate the input", "for", "attribute_name", ",", "type_instance", "in", "self", ".", "getmembers", "(", ")", ":", "# must be one of the following types", "if", "not", "isinstance", "(", "type_instance", ",", "String", ")", "and", "not", "isinstance", "(", "type_instance", ",", "Float", ")", "and", "not", "isinstance", "(", "type_instance", ",", "Integer", ")", "and", "not", "isinstance", "(", "type_instance", ",", "Date", ")", "and", "not", "isinstance", "(", "type_instance", ",", "DateTime", ")", "and", "not", "isinstance", "(", "type_instance", ",", "Array", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"%s should be instance of\\\n prestans.types.String/Integer/Float/Date/DateTime/Array\"", "%", "attribute_name", ")", "if", "isinstance", "(", "type_instance", ",", "Array", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "type_instance", ".", "element_template", ",", "String", ")", "and", "not", "isinstance", "(", "type_instance", ".", "element_template", ",", "Float", ")", "and", "not", "isinstance", "(", "type_instance", ".", "element_template", ",", "Integer", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"%s should be instance of \\\n prestans.types.String/Integer/Float/Array\"", "%", "attribute_name", ")", "fields", "[", "attribute_name", "]", "=", "type_instance", ".", "blueprint", "(", ")", "blueprint", "[", "'fields'", "]", "=", "fields", "return", "blueprint" ]

[ "blueprint", "support", "returns", "a", "partial", "dictionary" ]

[ "def", "clean_german_date", "(", "x", ")", ":", "import", "numpy", "as", "np", "import", "pandas", "as", "pd", "from", "datetime", "import", "datetime", "def", "proc_elem", "(", "e", ")", ":", "try", ":", "return", "datetime", ".", "strptime", "(", "e", ",", "'%d.%m.%Y'", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "print", "(", "e", ")", "return", "None", "def", "proc_list", "(", "x", ")", ":", "return", "[", "proc_elem", "(", "e", ")", "for", "e", "in", "x", "]", "def", "proc_ndarray", "(", "x", ")", ":", "tmp", "=", "proc_list", "(", "list", "(", "x", ".", "reshape", "(", "(", "x", ".", "size", ",", ")", ")", ")", ")", "return", "np", ".", "array", "(", "tmp", ")", ".", "reshape", "(", "x", ".", "shape", ")", "# transform string, list/tuple, numpy array, pandas dataframe", "if", "isinstance", "(", "x", ",", "str", ")", ":", "return", "proc_elem", "(", "x", ")", "elif", "isinstance", "(", "x", ",", "(", "list", ",", "tuple", ")", ")", ":", "return", "proc_list", "(", "x", ")", "elif", "isinstance", "(", "x", ",", "np", ".", "ndarray", ")", ":", "return", "proc_ndarray", "(", "x", ")", "elif", "isinstance", "(", "x", ",", "pd", ".", "DataFrame", ")", ":", "return", "pd", ".", "DataFrame", "(", "proc_ndarray", "(", "x", ".", "values", ")", ",", "columns", "=", "x", ".", "columns", ",", "index", "=", "x", ".", "index", ")", "else", ":", "return", "None" ]

[ "Convert", "a", "string", "with", "a", "German", "date", "DD", ".", "MM", ".", "YYYY", "to", "Datetime", "objects" ]

[ "def", "attemptByKey", "(", "self", ",", "key", ")", ":", "return", "self", ".", "store", ".", "findUnique", "(", "_PasswordResetAttempt", ",", "_PasswordResetAttempt", ".", "key", "==", "key", ",", "default", "=", "None", ")" ]

[ "Locate", "the", "L", "{", "_PasswordResetAttempt", "}", "that", "corresponds", "to", "C", "{", "key", "}" ]

[ "def", "total_reads_from_grabix", "(", "in_file", ")", ":", "gbi_file", "=", "_get_grabix_index", "(", "in_file", ")", "if", "gbi_file", ":", "with", "open", "(", "gbi_file", ")", "as", "in_handle", ":", "next", "(", "in_handle", ")", "# throw away", "num_lines", "=", "int", "(", "next", "(", "in_handle", ")", ".", "strip", "(", ")", ")", "assert", "num_lines", "%", "4", "==", "0", ",", "\"Expected lines to be multiple of 4\"", "return", "num_lines", "//", "4", "else", ":", "return", "0" ]

[ "Retrieve", "total", "reads", "in", "a", "fastq", "file", "from", "grabix", "index", "." ]

[ "def", "reset", "(", "self", ",", "old_scene", "=", "None", ",", "screen", "=", "None", ")", ":", "# Always reset all the effects.", "for", "effect", "in", "self", ".", "_effects", ":", "effect", ".", "reset", "(", ")", "# If we have an old Scene to recreate, get the data out of that and", "# apply it where possible by cloning objects where appropriate.", "if", "old_scene", ":", "for", "old_effect", "in", "old_scene", ".", "effects", ":", "# Using the \"easier to ask forgiveness...\" mantra, just try", "# cloning everything and ignore any AttributeErrors.", "try", ":", "old_effect", ".", "clone", "(", "screen", ",", "self", ")", "except", "AttributeError", ":", "pass" ]

[ "Reset", "the", "scene", "ready", "for", "playing", "." ]

[ "def", "fft_bandpassfilter", "(", "data", ",", "fs", ",", "lowcut", ",", "highcut", ")", ":", "fft", "=", "np", ".", "fft", ".", "fft", "(", "data", ")", "# n = len(data)", "# timestep = 1.0 / fs", "# freq = np.fft.fftfreq(n, d=timestep)", "bp", "=", "fft", ".", "copy", "(", ")", "# Zero out fft coefficients", "# bp[10:-10] = 0", "# Normalise", "# bp *= real(fft.dot(fft))/real(bp.dot(bp))", "bp", "*=", "fft", ".", "dot", "(", "fft", ")", "/", "bp", ".", "dot", "(", "bp", ")", "# must multipy by 2 to get the correct amplitude", "ibp", "=", "12", "*", "np", ".", "fft", ".", "ifft", "(", "bp", ")", "return", "ibp" ]

[ "http", ":", "//", "www", ".", "swharden", ".", "com", "/", "blog", "/", "2009", "-", "01", "-", "21", "-", "signal", "-", "filtering", "-", "with", "-", "python", "/", "#comment", "-", "16801" ]

[ "def", "validate", "(", "self", ")", ":", "errors", "=", "[", "]", "app", "=", "errors", ".", "append", "if", "not", "self", ".", "hint_cores", ">=", "self", ".", "mpi_procs", "*", "self", ".", "omp_threads", ">=", "self", ".", "min_cores", ":", "app", "(", "\"self.hint_cores >= mpi_procs * omp_threads >= self.min_cores not satisfied\"", ")", "if", "self", ".", "omp_threads", ">", "self", ".", "hw", ".", "cores_per_node", ":", "app", "(", "\"omp_threads > hw.cores_per_node\"", ")", "if", "self", ".", "mem_per_proc", ">", "self", ".", "hw", ".", "mem_per_node", ":", "app", "(", "\"mem_mb >= self.hw.mem_per_node\"", ")", "if", "not", "self", ".", "max_mem_per_proc", ">=", "self", ".", "mem_per_proc", ">=", "self", ".", "min_mem_per_proc", ":", "app", "(", "\"self.max_mem_per_proc >= mem_mb >= self.min_mem_per_proc not satisfied\"", ")", "if", "self", ".", "priority", "<=", "0", ":", "app", "(", "\"priority must be > 0\"", ")", "if", "not", "(", "1", "<=", "self", ".", "min_cores", "<=", "self", ".", "hw", ".", "num_cores", ">=", "self", ".", "hint_cores", ")", ":", "app", "(", "\"1 <= min_cores <= hardware num_cores >= hint_cores not satisfied\"", ")", "if", "errors", ":", "raise", "self", ".", "Error", "(", "str", "(", "self", ")", "+", "\"\\n\"", ".", "join", "(", "errors", ")", ")" ]

[ "Validate", "the", "parameters", "of", "the", "run", ".", "Raises", "self", ".", "Error", "if", "invalid", "parameters", "." ]

[ "def", "_from_binary_volname", "(", "cls", ",", "binary_stream", ")", ":", "name", "=", "binary_stream", ".", "tobytes", "(", ")", ".", "decode", "(", "\"utf_16_le\"", ")", "_MOD_LOGGER", ".", "debug", "(", "\"Attempted to unpack VOLUME_NAME Entry from \\\"%s\\\"\\nResult: %s\"", ",", "binary_stream", ".", "tobytes", "(", ")", ",", "name", ")", "return", "cls", "(", "name", ")" ]

[ "See", "base", "class", "." ]

[ "def", "process_rule", "(", "self", ",", "rule", ",", "pa", ",", "tuple", ")", ":", "for", "i", ",", "v", "in", "enumerate", "(", "tuple", ")", ":", "rule", "=", "rule", ".", "replace", "(", "pa", "[", "i", "]", ",", "str", "(", "v", ")", ")", "return", "eval", "(", "rule", ")" ]

[ "Process", "a", "string", "that", "denotes", "a", "boolean", "rule", "." ]

[ "def", "get_post_by_id", "(", "self", ",", "post_id", ")", ":", "r", "=", "None", "post_id", "=", "_as_int", "(", "post_id", ")", "with", "self", ".", "_engine", ".", "begin", "(", ")", "as", "conn", ":", "try", ":", "post_statement", "=", "sqla", ".", "select", "(", "[", "self", ".", "_post_table", "]", ")", ".", "where", "(", "self", ".", "_post_table", ".", "c", ".", "id", "==", "post_id", ")", ".", "alias", "(", "'post'", ")", "joined_statement", "=", "post_statement", ".", "join", "(", "self", ".", "_tag_posts_table", ")", ".", "join", "(", "self", ".", "_tag_table", ")", ".", "join", "(", "self", ".", "_user_posts_table", ")", ".", "alias", "(", "'join'", ")", "# Note this will retrieve one row per tag", "all_rows", "=", "conn", ".", "execute", "(", "sqla", ".", "select", "(", "[", "joined_statement", "]", ")", ")", ".", "fetchall", "(", ")", "r", "=", "self", ".", "_serialise_posts_and_tags_from_joined_rows", "(", "all_rows", ")", "[", "0", "]", "except", "Exception", "as", "e", ":", "self", ".", "_logger", ".", "exception", "(", "str", "(", "e", ")", ")", "r", "=", "None", "return", "r" ]

[ "Fetch", "the", "blog", "post", "given", "by", "post_id" ]

[ "def", "_parse_value", "(", "cls", ",", "stream_rdr", ",", "offset", ",", "value_count", ",", "value_offset", ")", ":", "if", "value_count", "==", "1", ":", "return", "stream_rdr", ".", "read_long", "(", "offset", ",", "8", ")", "else", ":", "# pragma: no cover", "return", "'Multi-value long integer NOT IMPLEMENTED'" ]

[ "Return", "the", "long", "int", "value", "contained", "in", "the", "*", "value_offset", "*", "field", "of", "this", "entry", ".", "Only", "supports", "single", "values", "at", "present", "." ]

[ "def", "short_data", "(", "self", ")", ":", "return", "{", "'edit_url'", ":", "self", ".", "url", ",", "'id'", ":", "self", ".", "id", ",", "'uid'", ":", "self", ".", "uid", ",", "'schema'", ":", "self", ".", "schema", ",", "'name'", ":", "self", ".", "name", ",", "'type'", ":", "self", ".", "type", ",", "'connection'", ":", "self", ".", "connection", ",", "'creator'", ":", "str", "(", "self", ".", "created_by", ")", ",", "}" ]

[ "Data", "representation", "of", "the", "datasource", "sent", "to", "the", "frontend" ]

[ "def", "execute", "(", "self", ",", "triple_map", ",", "output", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "subjects", "=", "[", "]", "if", "NS_MGR", ".", "ql", ".", "JSON", ".", "rdflib", "in", "triple_map", ".", "logicalSource", ".", "reference_formulations", ":", "output_format", "=", "\"json\"", "else", ":", "output_format", "=", "\"xml\"", "if", "'limit'", "not", "in", "kwargs", ":", "kwargs", "[", "'limit'", "]", "=", "self", ".", "limit", "if", "'offset'", "not", "in", "kwargs", ":", "kwargs", "[", "'offset'", "]", "=", "self", ".", "offset", "# log.debug(\"triple_map.logicalSource: \\n%s\",", "# pprint.pformat(triple_map.logicalSource.__dict__))", "iterator", "=", "str", "(", "triple_map", ".", "logicalSource", ".", "iterator", ")", "start", "=", "datetime", ".", "datetime", ".", "now", "(", ")", "key", ",", "json_query", "=", "None", ",", "None", "# pdb.set_trace()", "if", "hasattr", "(", "triple_map", ".", "logicalSource", ",", "'json_query'", ")", "and", "self", ".", "use_json_qry", ":", "key", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "str", "(", "triple_map", ".", "logicalSource", ".", "json_key", ")", ")", "if", "not", "key", ":", "key", "=", "[", "val", "for", "val", "in", "kwargs", ".", "values", "(", ")", "if", "isinstance", "(", "val", ",", "rdflib", ".", "URIRef", ")", "]", "[", "0", "]", "json_query", "=", "triple_map", ".", "logicalSource", ".", "json_query", "bindings", "=", "kwargs", "[", "'dataset'", "]", ".", "json_qry", "(", "json_query", ",", "{", "'$'", ":", "key", "}", ")", "else", ":", "sparql", "=", "PREFIX", "+", "triple_map", ".", "logicalSource", ".", "query", ".", "format", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "bindings", "=", "self", ".", "__get_bindings__", "(", "sparql", ",", "output_format", ")", "for", "binding", "in", "bindings", ":", "if", "key", ":", "try", ":", "entity_raw", "=", "binding", ".", "subject", ".", "rdflib", "except", "AttributeError", ":", "entity_raw", "=", "binding", "else", ":", "entity_raw", "=", "binding", ".", "get", "(", "iterator", ")", "if", "isinstance", "(", "entity_raw", ",", "(", "rdflib", ".", "URIRef", ",", "rdflib", ".", "BNode", ",", "BaseRdfDataType", ")", ")", ":", "entity", "=", "entity_raw", "else", ":", "raw_value", "=", "entity_raw", ".", "get", "(", "'value'", ")", "if", "entity_raw", ".", "get", "(", "'type'", ")", ".", "startswith", "(", "'bnode'", ")", ":", "entity", "=", "BlankNode", "(", "raw_value", ")", "else", ":", "entity", "=", "Uri", "(", "raw_value", ")", "if", "triple_map", ".", "subjectMap", ".", "class_", "is", "not", "None", ":", "sub", "=", "entity", "if", "isinstance", "(", "entity", ",", "BaseRdfDataType", ")", ":", "sub", "=", "entity", ".", "rdflib", "output", ".", "add", "(", "(", "sub", ",", "NS_MGR", ".", "rdf", ".", "type", ".", "rdflib", ",", "triple_map", ".", "subjectMap", ".", "class_", ")", ")", "# pdb.set_trace()", "for", "pred_obj_map", "in", "triple_map", ".", "predicateObjectMap", ":", "predicate", "=", "pred_obj_map", ".", "predicate", "kwargs", "[", "iterator", "]", "=", "entity", "if", "pred_obj_map", ".", "parentTriplesMap", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "__handle_parents__", "(", "output", "=", "output", ",", "parent_map", "=", "pred_obj_map", ".", "parentTriplesMap", ",", "subject", "=", "entity", ",", "predicate", "=", "predicate", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "continue", "if", "pred_obj_map", ".", "reference", "is", "not", "None", ":", "ref_key", "=", "str", "(", "pred_obj_map", ".", "reference", ")", "if", "pred_obj_map", ".", "json_query", ":", "# if pred_obj_map.json_query ==\"$.schema_logo\":", "# pdb.set_trace()", "if", "ref_key", "in", "binding", ":", "for", "item", "in", "binding", "[", "ref_key", "]", ":", "output", ".", "add", "(", "(", "entity", ",", "predicate", ",", "item", ".", "rdflib", ")", ")", "continue", "else", ":", "if", "ref_key", "in", "binding", ":", "object_", "=", "__get_object__", "(", "binding", "[", "ref_key", "]", ")", "output", ".", "add", "(", "(", "entity", ",", "predicate", ",", "object_", ")", ")", "continue", "if", "pred_obj_map", ".", "constant", "is", "not", "None", ":", "if", "isinstance", "(", "entity", ",", "BaseRdfDataType", ")", ":", "entity", "=", "entity", ".", "rdflib", "output", ".", "add", "(", "(", "entity", ",", "predicate", ",", "pred_obj_map", ".", "constant", ")", ")", "continue", "json_query", "=", "None", "if", "pred_obj_map", ".", "json_query", "and", "self", ".", "use_json_qry", ":", "json_query", "=", "pred_obj_map", ".", "json_query", "start", "=", "datetime", ".", "datetime", ".", "now", "(", ")", "# pdb.set_trace()", "# if str(pred_obj_map.predicate) == \"http://purl.org/dc/terms/creator\":", "# pdb.set_trace()", "pre_obj_bindings", "=", "kwargs", "[", "'dataset'", "]", ".", "json_qry", "(", "json_query", ",", "{", "'$'", ":", "entity", "}", ")", "else", ":", "sparql_query", "=", "PREFIX", "+", "pred_obj_map", ".", "query", ".", "format", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "pre_obj_bindings", "=", "self", ".", "__get_bindings__", "(", "sparql_query", ",", "output_format", ")", "for", "row", "in", "pre_obj_bindings", ":", "if", "json_query", "and", "self", ".", "use_json_qry", ":", "if", "isinstance", "(", "entity", ",", "BaseRdfDataType", ")", ":", "entity", "=", "entity", ".", "rdflib", "output", ".", "add", "(", "(", "entity", ",", "predicate", ",", "row", ".", "rdflib", ")", ")", "else", ":", "object_", "=", "__get_object__", "(", "row", ")", "if", "object_", "is", "None", ":", "continue", "if", "isinstance", "(", "entity", ",", "BaseRdfDataType", ")", ":", "entity", "=", "entity", ".", "rdflib", "output", ".", "add", "(", "(", "entity", ",", "predicate", ",", "object_", ")", ")", "subjects", ".", "append", "(", "entity", ")", "return", "subjects" ]

[ "Execute" ]

[ "def", "Run", "(", "self", ")", ":", "if", "not", "data_store", ".", "AFF4Enabled", "(", ")", ":", "return", "try", ":", "filestore", "=", "aff4", ".", "FACTORY", ".", "Create", "(", "FileStore", ".", "PATH", ",", "FileStore", ",", "mode", "=", "\"rw\"", ",", "token", "=", "aff4", ".", "FACTORY", ".", "root_token", ")", "filestore", ".", "Close", "(", ")", "hash_filestore", "=", "aff4", ".", "FACTORY", ".", "Create", "(", "HashFileStore", ".", "PATH", ",", "HashFileStore", ",", "mode", "=", "\"rw\"", ",", "token", "=", "aff4", ".", "FACTORY", ".", "root_token", ")", "hash_filestore", ".", "Close", "(", ")", "nsrl_filestore", "=", "aff4", ".", "FACTORY", ".", "Create", "(", "NSRLFileStore", ".", "PATH", ",", "NSRLFileStore", ",", "mode", "=", "\"rw\"", ",", "token", "=", "aff4", ".", "FACTORY", ".", "root_token", ")", "nsrl_filestore", ".", "Close", "(", ")", "except", "access_control", ".", "UnauthorizedAccess", ":", "# The aff4:/files area is ACL protected, this might not work on components", "# that have ACL enforcement.", "pass" ]

[ "Create", "FileStore", "and", "HashFileStore", "namespaces", "." ]

[ "def", "equals", "(", "self", ",", "data", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "data", ",", "six", ".", "string_types", ")", ":", "return", "self", ".", "_add_condition", "(", "'='", ",", "data", ",", "types", "=", "[", "int", ",", "str", "]", ")", "elif", "isinstance", "(", "data", ",", "list", ")", ":", "return", "self", ".", "_add_condition", "(", "'IN'", ",", "\",\"", ".", "join", "(", "map", "(", "str", ",", "data", ")", ")", ",", "types", "=", "[", "str", "]", ")", "raise", "QueryTypeError", "(", "'Expected value of type `str` or `list`, not %s'", "%", "type", "(", "data", ")", ")" ]

[ "Adds", "new", "IN", "or", "=", "condition", "depending", "on", "if", "a", "list", "or", "string", "was", "provided" ]

[ "def", "run_all", "(", "self", ")", ":", "# type: () -> None", "logger", ".", "debug", "(", "\"Creating batch session\"", ")", "session", "=", "Session", "(", ")", "for", "section_id", "in", "self", ".", "parser", ".", "sections", "(", ")", ":", "self", ".", "run_job", "(", "section_id", ",", "session", "=", "session", ")" ]

[ "Run", "all", "the", "jobs", "specified", "in", "the", "configuration", "file", "." ]

[ "def", "process_message", "(", "self", ",", "stanza", ")", ":", "stanza_type", "=", "stanza", ".", "stanza_type", "if", "stanza_type", "is", "None", ":", "stanza_type", "=", "\"normal\"", "if", "self", ".", "__try_handlers", "(", "self", ".", "_message_handlers", ",", "stanza", ",", "stanza_type", "=", "stanza_type", ")", ":", "return", "True", "if", "stanza_type", "not", "in", "(", "\"error\"", ",", "\"normal\"", ")", ":", "# try 'normal' handler additionaly to the regular handler", "return", "self", ".", "__try_handlers", "(", "self", ".", "_message_handlers", ",", "stanza", ",", "stanza_type", "=", "\"normal\"", ")", "return", "False" ]

[ "Process", "message", "stanza", "." ]

[ "def", "get_all_conversion_chains_to_type", "(", "self", ",", "to_type", ":", "Type", "[", "Any", "]", ")", "->", "Tuple", "[", "List", "[", "Converter", "]", ",", "List", "[", "Converter", "]", ",", "List", "[", "Converter", "]", "]", ":", "return", "self", ".", "get_all_conversion_chains", "(", "to_type", "=", "to_type", ")" ]

[ "Utility", "method", "to", "find", "all", "converters", "to", "a", "given", "type" ]

[ "def", "generate_astrometric_catalog", "(", "imglist", ",", "*", "*", "pars", ")", ":", "# generate catalog", "temp_pars", "=", "pars", ".", "copy", "(", ")", "if", "pars", "[", "'output'", "]", "==", "True", ":", "pars", "[", "'output'", "]", "=", "'ref_cat.ecsv'", "else", ":", "pars", "[", "'output'", "]", "=", "None", "out_catalog", "=", "amutils", ".", "create_astrometric_catalog", "(", "imglist", ",", "*", "*", "pars", ")", "pars", "=", "temp_pars", ".", "copy", "(", ")", "#if the catalog has contents, write the catalog to ascii text file", "if", "len", "(", "out_catalog", ")", ">", "0", "and", "pars", "[", "'output'", "]", ":", "catalog_filename", "=", "\"refcatalog.cat\"", "out_catalog", ".", "write", "(", "catalog_filename", ",", "format", "=", "\"ascii.fast_commented_header\"", ")", "log", ".", "info", "(", "\"Wrote reference catalog {}.\"", ".", "format", "(", "catalog_filename", ")", ")", "return", "(", "out_catalog", ")" ]

[ "Generates", "a", "catalog", "of", "all", "sources", "from", "an", "existing", "astrometric", "catalog", "are", "in", "or", "near", "the", "FOVs", "of", "the", "images", "in", "the", "input", "list", "." ]

[ "def", "get_masked_cnv_manifest", "(", "tcga_id", ")", ":", "payload", "=", "{", "\"filters\"", ":", "json", ".", "dumps", "(", "{", "\"op\"", ":", "\"and\"", ",", "\"content\"", ":", "[", "{", "\"op\"", ":", "\"in\"", ",", "\"content\"", ":", "{", "\"field\"", ":", "\"cases.project.program.name\"", ",", "\"value\"", ":", "[", "\"TCGA\"", "]", "}", "}", ",", "{", "\"op\"", ":", "\"in\"", ",", "\"content\"", ":", "{", "\"field\"", ":", "\"cases.project.project_id\"", ",", "\"value\"", ":", "[", "tcga_id", "]", "}", "}", ",", "{", "\"op\"", ":", "\"in\"", ",", "\"content\"", ":", "{", "\"field\"", ":", "\"files.data_category\"", ",", "\"value\"", ":", "[", "\"Copy Number Variation\"", "]", "}", "}", ",", "{", "\"op\"", ":", "\"in\"", ",", "\"content\"", ":", "{", "\"field\"", ":", "\"files.data_type\"", ",", "\"value\"", ":", "[", "\"Masked Copy Number Segment\"", "]", "}", "}", "]", "}", ")", ",", "\"return_type\"", ":", "\"manifest\"", ",", "\"size\"", ":", "10000", ",", "}", "r", "=", "requests", ".", "get", "(", "'https://gdc-api.nci.nih.gov/files'", ",", "params", "=", "payload", ")", "df", "=", "pd", ".", "read_csv", "(", "io", ".", "StringIO", "(", "r", ".", "text", ")", ",", "sep", "=", "'\\t'", ",", "header", "=", "0", ")", "logger", ".", "info", "(", "'Obtained manifest with %d files.'", ",", "df", ".", "shape", "[", "0", "]", ")", "return", "df" ]

[ "Get", "manifest", "for", "masked", "TCGA", "copy", "-", "number", "variation", "data", ".", "Params", "------", "tcga_id", ":", "str", "The", "TCGA", "project", "ID", ".", "download_file", ":", "str", "The", "path", "of", "the", "download", "file", ".", "Returns", "-------", "pandas", ".", "DataFrame", "The", "manifest", "." ]

[ "def", "get_rmetric", "(", "self", ",", "mode_inv", "=", "'svd'", ",", "return_svd", "=", "False", ")", ":", "if", "self", ".", "H", "is", "None", ":", "self", ".", "H", ",", "self", ".", "G", ",", "self", ".", "Hvv", ",", "self", ".", "Hsval", "=", "riemann_metric", "(", "self", ".", "Y", ",", "self", ".", "L", ",", "self", ".", "mdimG", ",", "invert_h", "=", "True", ",", "mode_inv", "=", "mode_inv", ")", "if", "self", ".", "G", "is", "None", ":", "self", ".", "G", ",", "self", ".", "Hvv", ",", "self", ".", "Hsvals", ",", "self", ".", "Gsvals", "=", "compute_G_from_H", "(", "self", ".", "H", ",", "mode_inv", "=", "self", ".", "mode_inv", ")", "if", "mode_inv", "is", "'svd'", "and", "return_svd", ":", "return", "self", ".", "G", ",", "self", ".", "Hvv", ",", "self", ".", "Hsvals", ",", "self", ".", "Gsvals", "else", ":", "return", "self", ".", "G" ]

[ "Compute", "the", "Reimannian", "Metric" ]

[ "def", "cmpabs", "(", "op1", ",", "op2", ")", ":", "op1", "=", "BigFloat", ".", "_implicit_convert", "(", "op1", ")", "op2", "=", "BigFloat", ".", "_implicit_convert", "(", "op2", ")", "if", "is_nan", "(", "op1", ")", "or", "is_nan", "(", "op2", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Cannot perform comparison with NaN.\"", ")", "return", "mpfr", ".", "mpfr_cmpabs", "(", "op1", ",", "op2", ")" ]

[ "Compare", "the", "absolute", "values", "of", "op1", "and", "op2", "." ]