Datasets:

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "_bse_cli_list_ref_formats", "(", "args", ")", ":", "all_refformats", "=", "api", ".", "get_reference_formats", "(", ")", "if", "args", ".", "no_description", ":", "liststr", "=", "all_refformats", ".", "keys", "(", ")", "else", ":", "liststr", "=", "format_columns", "(", "all_refformats", ".", "items", "(", ")", ")", "return", "'\\n'", ".", "join", "(", "liststr", ")" ]

[ "Handles", "the", "list", "-", "ref", "-", "formats", "subcommand" ]

[ "def", "_write_observation_headers", "(", "self", ",", "observations", ")", ":", "for", "observation", "in", "observations", ":", "header", "=", "observation", ".", "header", "def", "get_header_vals", "(", "header_list", ")", ":", "header_vals", "=", "[", "]", "for", "key", "in", "header_list", ":", "val", "=", "header", "[", "key", "]", "if", "key", "==", "MJD_OBS_CENTER", ":", "header_vals", ".", "append", "(", "val", ")", "elif", "key", "==", "DETECTOR", ":", "header_vals", ".", "append", "(", "val", ".", "ljust", "(", "20", ")", ")", "else", ":", "header_vals", ".", "append", "(", "float", "(", "val", ")", ")", "return", "tuple", "(", "header_vals", ")", "self", ".", "_write_line", "(", "\"## MOPversion\"", ")", "self", ".", "_write_line", "(", "\"# %s\"", "%", "header", "[", "MOPVERSION", "]", ")", "self", ".", "_write_line", "(", "\"## MJD-OBS-CENTER EXPTIME THRES FWHM MAXCOUNT CRVAL1 CRVAL2 EXPNUM\"", ")", "self", ".", "_write_line", "(", "\"# %s%8.2f%6.2f%6.2f%9.1f%11.5f%11.5f%9d\"", "%", "get_header_vals", "(", "[", "MJD_OBS_CENTER", ",", "EXPTIME", ",", "THRES", ",", "FWHM", ",", "MAXCOUNT", ",", "CRVAL1", ",", "CRVAL2", ",", "EXPNUM", "]", ")", ")", "self", ".", "_write_line", "(", "\"## SCALE CHIP CRPIX1 CRPIX2 NAX1 NAX2 DETECTOR PHADU RDNOIS\"", ")", "self", ".", "_write_line", "(", "\"# %6.3f%4d%10.2f%10.2f%6d%6d %s%5.2f %5.2f\"", "%", "get_header_vals", "(", "[", "SCALE", ",", "CHIP", ",", "CRPIX1", ",", "CRPIX2", ",", "NAX1", ",", "NAX2", ",", "DETECTOR", ",", "PHADU", ",", "RDNOIS", "]", ")", ")" ]

[ "See", "src", "/", "pipematt", "/", "step1matt", "-", "c" ]

[ "def", "merge_setting", "(", "request_setting", ",", "session_setting", ",", "dict_class", "=", "OrderedDict", ")", ":", "if", "session_setting", "is", "None", ":", "return", "request_setting", "if", "request_setting", "is", "None", ":", "return", "session_setting", "# Bypass if not a dictionary (e.g. verify)", "if", "not", "(", "isinstance", "(", "session_setting", ",", "Mapping", ")", "and", "isinstance", "(", "request_setting", ",", "Mapping", ")", ")", ":", "return", "request_setting", "merged_setting", "=", "dict_class", "(", "to_key_val_list", "(", "session_setting", ")", ")", "merged_setting", ".", "update", "(", "to_key_val_list", "(", "request_setting", ")", ")", "# Remove keys that are set to None.", "for", "(", "k", ",", "v", ")", "in", "request_setting", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "v", "is", "None", ":", "del", "merged_setting", "[", "k", "]", "merged_setting", "=", "dict", "(", "(", "k", ",", "v", ")", "for", "(", "k", ",", "v", ")", "in", "merged_setting", ".", "items", "(", ")", "if", "v", "is", "not", "None", ")", "return", "merged_setting" ]

[ "Determines", "appropriate", "setting", "for", "a", "given", "request", "taking", "into", "account", "the", "explicit", "setting", "on", "that", "request", "and", "the", "setting", "in", "the", "session", ".", "If", "a", "setting", "is", "a", "dictionary", "they", "will", "be", "merged", "together", "using", "dict_class" ]

[ "def", "transformToNative", "(", "obj", ")", ":", "if", "obj", ".", "isNative", ":", "return", "obj", "obj", ".", "isNative", "=", "True", "if", "obj", ".", "value", "==", "''", ":", "obj", ".", "value", "=", "[", "]", "return", "obj", "tzinfo", "=", "getTzid", "(", "getattr", "(", "obj", ",", "'tzid_param'", ",", "None", ")", ")", "valueParam", "=", "getattr", "(", "obj", ",", "'value_param'", ",", "\"DATE-TIME\"", ")", ".", "upper", "(", ")", "valTexts", "=", "obj", ".", "value", ".", "split", "(", "\",\"", ")", "if", "valueParam", "==", "\"DATE\"", ":", "obj", ".", "value", "=", "[", "stringToDate", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "valTexts", "]", "elif", "valueParam", "==", "\"DATE-TIME\"", ":", "obj", ".", "value", "=", "[", "stringToDateTime", "(", "x", ",", "tzinfo", ")", "for", "x", "in", "valTexts", "]", "elif", "valueParam", "==", "\"PERIOD\"", ":", "obj", ".", "value", "=", "[", "stringToPeriod", "(", "x", ",", "tzinfo", ")", "for", "x", "in", "valTexts", "]", "return", "obj" ]

[ "Turn", "obj", ".", "value", "into", "a", "list", "of", "dates", "datetimes", "or", "(", "datetime", "timedelta", ")", "tuples", "." ]

[ "def", "_count_fields_recursive", "(", "dataset", ",", "fields", ")", ":", "key_count", "=", "{", "'recomendado'", ":", "0", ",", "'optativo'", ":", "0", ",", "'requerido'", ":", "0", ",", "'total_optativo'", ":", "0", ",", "'total_recomendado'", ":", "0", ",", "'total_requerido'", ":", "0", "}", "for", "k", ",", "v", "in", "fields", ".", "items", "(", ")", ":", "# Si la clave es un diccionario se implementa recursivamente el", "# mismo algoritmo", "if", "isinstance", "(", "v", ",", "dict", ")", ":", "# dataset[k] puede ser o un dict o una lista, ej 'dataset' es", "# list, 'publisher' no. Si no es lista, lo metemos en una.", "# Si no es ninguno de los dos, dataset[k] es inválido", "# y se pasa un diccionario vacío para poder comparar", "elements", "=", "dataset", ".", "get", "(", "k", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "elements", ",", "(", "list", ",", "dict", ")", ")", ":", "elements", "=", "[", "{", "}", "]", "if", "isinstance", "(", "elements", ",", "dict", ")", ":", "elements", "=", "[", "dataset", "[", "k", "]", ".", "copy", "(", ")", "]", "for", "element", "in", "elements", ":", "# Llamada recursiva y suma del resultado al nuestro", "result", "=", "_count_fields_recursive", "(", "element", ",", "v", ")", "for", "key", "in", "result", ":", "key_count", "[", "key", "]", "+=", "result", "[", "key", "]", "# Es un elemento normal (no iterable), se verifica si está en", "# dataset o no. Se suma 1 siempre al total de su tipo", "else", ":", "# total_requerido, total_recomendado, o total_optativo", "key_count", "[", "'total_'", "+", "v", "]", "+=", "1", "if", "k", "in", "dataset", ":", "key_count", "[", "v", "]", "+=", "1", "return", "key_count" ]

[ "Cuenta", "la", "información", "de", "campos", "optativos", "/", "recomendados", "/", "requeridos", "desde", "fields", "y", "cuenta", "la", "ocurrencia", "de", "los", "mismos", "en", "dataset", "." ]

[ "def", "_get_tmp_account_id", "(", "cls", ",", "writer_spec", ")", ":", "# pick tmp id iff tmp bucket is set explicitly", "if", "cls", ".", "TMP_BUCKET_NAME_PARAM", "in", "writer_spec", ":", "return", "writer_spec", ".", "get", "(", "cls", ".", "_TMP_ACCOUNT_ID_PARAM", ",", "None", ")", "return", "cls", ".", "_get_account_id", "(", "writer_spec", ")" ]

[ "Returns", "the", "account", "id", "to", "use", "with", "tmp", "bucket", "." ]

[ "def", "post_list", "(", "self", ",", "request", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "# The convert_post_to_VERB() technique is borrowed from", "# resources.py in tastypie source. This helps us to convert the POST", "# to a GET in the proper way internally.", "request", ".", "method", "=", "'GET'", "# override the incoming POST", "dispatch_request", "=", "convert_post_to_VERB", "(", "request", ",", "'GET'", ")", "return", "self", ".", "dispatch", "(", "'list'", ",", "dispatch_request", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "(", "Copied", "from", "implementation", "in", "https", ":", "//", "github", ".", "com", "/", "greenelab", "/", "adage", "-", "server", "/", "blob", "/", "master", "/", "adage", "/", "analyze", "/", "api", ".", "py", ")" ]

[ "def", "ring_topology", "(", "random", ",", "population", ",", "args", ")", ":", "neighborhood_size", "=", "args", ".", "setdefault", "(", "'neighborhood_size'", ",", "3", ")", "half_hood", "=", "neighborhood_size", "//", "2", "neighbor_index_start", "=", "[", "]", "for", "index", "in", "range", "(", "len", "(", "population", ")", ")", ":", "if", "index", "<", "half_hood", ":", "neighbor_index_start", ".", "append", "(", "len", "(", "population", ")", "-", "half_hood", "+", "index", ")", "else", ":", "neighbor_index_start", ".", "append", "(", "index", "-", "half_hood", ")", "neighbors", "=", "[", "]", "for", "start", "in", "neighbor_index_start", ":", "n", "=", "[", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "0", ",", "neighborhood_size", ")", ":", "n", ".", "append", "(", "population", "[", "(", "start", "+", "i", ")", "%", "len", "(", "population", ")", "]", ")", "yield", "n" ]

[ "Returns", "the", "neighbors", "using", "a", "ring", "topology", ".", "This", "function", "sets", "all", "particles", "in", "a", "specified", "sized", "neighborhood", "as", "neighbors", "for", "a", "given", "particle", ".", "This", "is", "known", "as", "a", "ring", "topology", ".", "The", "resulting", "list", "of", "lists", "of", "neighbors", "is", "returned", ".", "..", "Arguments", ":", "random", "--", "the", "random", "number", "generator", "object", "population", "--", "the", "population", "of", "particles", "args", "--", "a", "dictionary", "of", "keyword", "arguments" ]

[ "def", "_run_wsgiref", "(", "app", ",", "config", ",", "mode", ")", ":", "# http://www.python.org/doc/2.5.2/lib/module-wsgiref.html", "from", "wsgiref", ".", "simple_server", "import", "make_server", ",", "software_version", "version", "=", "\"WsgiDAV/{} {}\"", ".", "format", "(", "__version__", ",", "software_version", ")", "_logger", ".", "info", "(", "\"Running {}...\"", ".", "format", "(", "version", ")", ")", "_logger", ".", "warning", "(", "\"WARNING: This single threaded server (wsgiref) is not meant for production.\"", ")", "httpd", "=", "make_server", "(", "config", "[", "\"host\"", "]", ",", "config", "[", "\"port\"", "]", ",", "app", ")", "try", ":", "httpd", ".", "serve_forever", "(", ")", "except", "KeyboardInterrupt", ":", "_logger", ".", "warning", "(", "\"Caught Ctrl-C, shutting down...\"", ")", "return" ]

[ "Run", "WsgiDAV", "using", "wsgiref", ".", "simple_server", "on", "Python", "2", ".", "5", "+", "." ]

[ "def", "put", "(", "self", ",", "item", ")", ":", "check_not_none", "(", "item", ",", "\"Value can't be None\"", ")", "element_data", "=", "self", ".", "_to_data", "(", "item", ")", "return", "self", ".", "_encode_invoke", "(", "queue_put_codec", ",", "value", "=", "element_data", ")" ]

[ "Adds", "the", "specified", "element", "into", "this", "queue", ".", "If", "there", "is", "no", "space", "it", "waits", "until", "necessary", "space", "becomes", "available", "." ]

[ "def", "update_on_event", "(", "self", ",", "e", ")", ":", "if", "e", ".", "type", "==", "QUIT", ":", "self", ".", "running", "=", "False", "elif", "e", ".", "type", "==", "KEYDOWN", ":", "if", "e", ".", "key", "==", "K_ESCAPE", ":", "self", ".", "running", "=", "False", "elif", "e", ".", "key", "==", "K_F4", "and", "e", ".", "mod", "&", "KMOD_ALT", ":", "# Alt+F4 --> quits", "self", ".", "running", "=", "False", "elif", "e", ".", "type", "==", "VIDEORESIZE", ":", "self", ".", "SCREEN_SIZE", "=", "e", ".", "size", "self", ".", "screen", "=", "self", ".", "new_screen", "(", ")" ]

[ "Process", "a", "single", "event", "." ]

[ "def", "save", "(", "self", ",", "filething", "=", "None", ")", ":", "fileobj", "=", "filething", ".", "fileobj", "data", "=", "_APEv2Data", "(", "fileobj", ")", "if", "data", ".", "is_at_start", ":", "delete_bytes", "(", "fileobj", ",", "data", ".", "end", "-", "data", ".", "start", ",", "data", ".", "start", ")", "elif", "data", ".", "start", "is", "not", "None", ":", "fileobj", ".", "seek", "(", "data", ".", "start", ")", "# Delete an ID3v1 tag if present, too.", "fileobj", ".", "truncate", "(", ")", "fileobj", ".", "seek", "(", "0", ",", "2", ")", "tags", "=", "[", "]", "for", "key", ",", "value", "in", "self", ".", "items", "(", ")", ":", "# Packed format for an item:", "# 4B: Value length", "# 4B: Value type", "# Key name", "# 1B: Null", "# Key value", "value_data", "=", "value", ".", "_write", "(", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "key", ",", "bytes", ")", ":", "key", "=", "key", ".", "encode", "(", "\"utf-8\"", ")", "tag_data", "=", "bytearray", "(", ")", "tag_data", "+=", "struct", ".", "pack", "(", "\"<2I\"", ",", "len", "(", "value_data", ")", ",", "value", ".", "kind", "<<", "1", ")", "tag_data", "+=", "key", "+", "b\"\\0\"", "+", "value_data", "tags", ".", "append", "(", "bytes", "(", "tag_data", ")", ")", "# \"APE tags items should be sorted ascending by size... This is", "# not a MUST, but STRONGLY recommended. Actually the items should", "# be sorted by importance/byte, but this is not feasible.\"", "tags", ".", "sort", "(", "key", "=", "lambda", "tag", ":", "(", "len", "(", "tag", ")", ",", "tag", ")", ")", "num_tags", "=", "len", "(", "tags", ")", "tags", "=", "b\"\"", ".", "join", "(", "tags", ")", "header", "=", "bytearray", "(", "b\"APETAGEX\"", ")", "# version, tag size, item count, flags", "header", "+=", "struct", ".", "pack", "(", "\"<4I\"", ",", "2000", ",", "len", "(", "tags", ")", "+", "32", ",", "num_tags", ",", "HAS_HEADER", "|", "IS_HEADER", ")", "header", "+=", "b\"\\0\"", "*", "8", "fileobj", ".", "write", "(", "header", ")", "fileobj", ".", "write", "(", "tags", ")", "footer", "=", "bytearray", "(", "b\"APETAGEX\"", ")", "footer", "+=", "struct", ".", "pack", "(", "\"<4I\"", ",", "2000", ",", "len", "(", "tags", ")", "+", "32", ",", "num_tags", ",", "HAS_HEADER", ")", "footer", "+=", "b\"\\0\"", "*", "8", "fileobj", ".", "write", "(", "footer", ")" ]

[ "Save", "changes", "to", "a", "file", "." ]

[ "def", "hash", "(", "file", ")", ":", "exists", "(", "file", ")", "log", "(", "_", "(", "\"hashing {}...\"", ")", ".", "format", "(", "file", ")", ")", "# https://stackoverflow.com/a/22058673", "with", "open", "(", "file", ",", "\"rb\"", ")", "as", "f", ":", "sha256", "=", "hashlib", ".", "sha256", "(", ")", "for", "block", "in", "iter", "(", "lambda", ":", "f", ".", "read", "(", "65536", ")", ",", "b\"\"", ")", ":", "sha256", ".", "update", "(", "block", ")", "return", "sha256", ".", "hexdigest", "(", ")" ]

[ "Hashes", "file", "using", "SHA", "-", "256", "." ]

[ "def", "url", "(", "self", ",", "url", ",", "encoding", "=", "\"UTF-8\"", ")", ":", "import", "urllib", ".", "request", "with", "urllib", ".", "request", ".", "urlopen", "(", "url", ")", "as", "file", ":", "webpage_content", "=", "file", ".", "read", "(", ")", "webpage_content", "=", "webpage_content", ".", "decode", "(", "encoding", ")", "return", "self", ".", "string", "(", "webpage_content", ")" ]

[ "load", "and", "process", "the", "content", "behind", "a", "url" ]

[ "def", "generate_samples", "(", "order", ",", "domain", "=", "1", ",", "rule", "=", "\"R\"", ",", "antithetic", "=", "None", ")", ":", "logger", "=", "logging", ".", "getLogger", "(", "__name__", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"generating random samples using rule %s\"", ",", "rule", ")", "rule", "=", "rule", ".", "upper", "(", ")", "if", "isinstance", "(", "domain", ",", "int", ")", ":", "dim", "=", "domain", "trans", "=", "lambda", "x_data", ":", "x_data", "elif", "isinstance", "(", "domain", ",", "(", "tuple", ",", "list", ",", "numpy", ".", "ndarray", ")", ")", ":", "domain", "=", "numpy", ".", "asfarray", "(", "domain", ")", "if", "len", "(", "domain", ".", "shape", ")", "<", "2", ":", "dim", "=", "1", "else", ":", "dim", "=", "len", "(", "domain", "[", "0", "]", ")", "trans", "=", "lambda", "x_data", ":", "(", "(", "domain", "[", "1", "]", "-", "domain", "[", "0", "]", ")", "*", "x_data", ".", "T", "+", "domain", "[", "0", "]", ")", ".", "T", "else", ":", "dist", "=", "domain", "dim", "=", "len", "(", "dist", ")", "trans", "=", "dist", ".", "inv", "if", "antithetic", "is", "not", "None", ":", "from", ".", "antithetic", "import", "create_antithetic_variates", "antithetic", "=", "numpy", ".", "array", "(", "antithetic", ",", "dtype", "=", "bool", ")", ".", "flatten", "(", ")", "if", "antithetic", ".", "size", "==", "1", "and", "dim", ">", "1", ":", "antithetic", "=", "numpy", ".", "repeat", "(", "antithetic", ",", "dim", ")", "size", "=", "numpy", ".", "sum", "(", "1", "*", "numpy", ".", "array", "(", "antithetic", ")", ")", "order_saved", "=", "order", "order", "=", "int", "(", "numpy", ".", "log", "(", "order", "-", "dim", ")", ")", "order", "=", "order", "if", "order", ">", "1", "else", "1", "while", "order", "**", "dim", "<", "order_saved", ":", "order", "+=", "1", "trans_", "=", "trans", "trans", "=", "lambda", "x_data", ":", "trans_", "(", "create_antithetic_variates", "(", "x_data", ",", "antithetic", ")", "[", ":", ",", ":", "order_saved", "]", ")", "assert", "rule", "in", "SAMPLERS", ",", "\"rule not recognised\"", "sampler", "=", "SAMPLERS", "[", "rule", "]", "x_data", "=", "trans", "(", "sampler", "(", "order", "=", "order", ",", "dim", "=", "dim", ")", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"order: %d, dim: %d -> shape: %s\"", ",", "order", ",", "dim", ",", "x_data", ".", "shape", ")", "return", "x_data" ]

[ "Sample", "generator", "." ]

[ "def", "append", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "node", ",", "grammar", ".", "STATEMENTS", ")", ":", "raise", "ValueError", "self", ".", "to_append", "[", "-", "1", "]", ".", "append", "(", "node", ")" ]

[ "Append", "a", "statement", "to", "the", "current", "statement", "." ]

[ "def", "cursor", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "prefetch", "=", "None", ",", "timeout", "=", "None", ")", "->", "cursor", ".", "CursorFactory", ":", "return", "cursor", ".", "CursorFactory", "(", "self", ".", "_connection", ",", "self", ".", "_query", ",", "self", ".", "_state", ",", "args", ",", "prefetch", ",", "timeout", ")" ]

[ "Return", "a", "*", "cursor", "factory", "*", "for", "the", "prepared", "statement", "." ]

[ "def", "read_label", "(", "self", ",", "hemi", ",", "parc_type", "=", "'aparc'", ")", ":", "parc_file", "=", "self", ".", "dir", "/", "'label'", "/", "(", "hemi", "+", "'.'", "+", "parc_type", "+", "'.annot'", ")", "vert_val", ",", "region_color", ",", "region_name", "=", "read_annot", "(", "parc_file", ")", "region_name", "=", "[", "x", ".", "decode", "(", "'utf-8'", ")", "for", "x", "in", "region_name", "]", "return", "vert_val", ",", "region_color", ",", "region_name" ]

[ "Read", "the", "labels", "(", "annotations", ")", "for", "each", "hemisphere", "." ]

[ "def", "SecondsToZuluTS", "(", "secs", "=", "None", ")", ":", "if", "not", "secs", ":", "secs", "=", "int", "(", "time", ".", "time", "(", ")", ")", "return", "(", "datetime", ".", "utcfromtimestamp", "(", "secs", ")", ".", "strftime", "(", "\"%Y-%m-%dT%H:%M:%SZ\"", ")", ")" ]

[ "Returns", "Zulu", "TS", "from", "unix", "time", "seconds", "." ]

[ "def", "handle_security", "(", "controller", ",", "im_self", "=", "None", ")", ":", "if", "controller", ".", "_pecan", ".", "get", "(", "'secured'", ",", "False", ")", ":", "check_permissions", "=", "controller", ".", "_pecan", "[", "'check_permissions'", "]", "if", "isinstance", "(", "check_permissions", ",", "six", ".", "string_types", ")", ":", "check_permissions", "=", "getattr", "(", "im_self", "or", "six", ".", "get_method_self", "(", "controller", ")", ",", "check_permissions", ")", "if", "not", "check_permissions", "(", ")", ":", "raise", "exc", ".", "HTTPUnauthorized" ]

[ "Checks", "the", "security", "of", "a", "controller", "." ]

[ "def", "extract_all", "(", "self", ",", "directory", "=", "\".\"", ",", "members", "=", "None", ")", ":", "if", "self", ".", "handle", ":", "self", ".", "handle", ".", "extractall", "(", "path", "=", "directory", ",", "members", "=", "members", ")" ]

[ "Extract", "all", "member", "from", "the", "archive", "to", "the", "specified", "working", "directory", "." ]

[ "def", "_set_designated_forwarder_hold_time", "(", "self", ",", "v", ",", "load", "=", "False", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "v", ",", "\"_utype\"", ")", ":", "v", "=", "v", ".", "_utype", "(", "v", ")", "try", ":", "t", "=", "YANGDynClass", "(", "v", ",", "base", "=", "RestrictedClassType", "(", "base_type", "=", "RestrictedClassType", "(", "base_type", "=", "int", ",", "restriction_dict", "=", "{", "'range'", ":", "[", "'0..65535'", "]", "}", ",", "int_size", "=", "16", ")", ",", "restriction_dict", "=", "{", "'range'", ":", "[", "u'1..60'", "]", "}", ")", ",", "is_leaf", "=", "True", ",", "yang_name", "=", "\"designated-forwarder-hold-time\"", ",", "rest_name", "=", "\"designated-forwarder-hold-time\"", ",", "parent", "=", "self", ",", "path_helper", "=", "self", ".", "_path_helper", ",", "extmethods", "=", "self", ".", "_extmethods", ",", "register_paths", "=", "True", ",", "extensions", "=", "{", "u'tailf-common'", ":", "{", "u'info'", ":", "u'Time in seconds to wait before electing a designated forwarder (Range:<1-60>, default:3)'", ",", "u'cli-suppress-show-conf-path'", ":", "None", ",", "u'cli-suppress-show-match'", ":", "None", "}", "}", ",", "namespace", "=", "'urn:brocade.com:mgmt:brocade-mct'", ",", "defining_module", "=", "'brocade-mct'", ",", "yang_type", "=", "'uint16'", ",", "is_config", "=", "True", ")", "except", "(", "TypeError", ",", "ValueError", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "{", "'error-string'", ":", "\"\"\"designated_forwarder_hold_time must be of a type compatible with uint16\"\"\"", ",", "'defined-type'", ":", "\"uint16\"", ",", "'generated-type'", ":", "\"\"\"YANGDynClass(base=RestrictedClassType(base_type=RestrictedClassType(base_type=int, restriction_dict={'range': ['0..65535']},int_size=16), restriction_dict={'range': [u'1..60']}), is_leaf=True, yang_name=\"designated-forwarder-hold-time\", rest_name=\"designated-forwarder-hold-time\", parent=self, path_helper=self._path_helper, extmethods=self._extmethods, register_paths=True, extensions={u'tailf-common': {u'info': u'Time in seconds to wait before electing a designated forwarder (Range:<1-60>, default:3)', u'cli-suppress-show-conf-path': None, u'cli-suppress-show-match': None}}, namespace='urn:brocade.com:mgmt:brocade-mct', defining_module='brocade-mct', yang_type='uint16', is_config=True)\"\"\"", ",", "}", ")", "self", ".", "__designated_forwarder_hold_time", "=", "t", "if", "hasattr", "(", "self", ",", "'_set'", ")", ":", "self", ".", "_set", "(", ")" ]

[ "Setter", "method", "for", "designated_forwarder_hold_time", "mapped", "from", "YANG", "variable", "/", "cluster", "/", "designated_forwarder_hold_time", "(", "uint16", ")", "If", "this", "variable", "is", "read", "-", "only", "(", "config", ":", "false", ")", "in", "the", "source", "YANG", "file", "then", "_set_designated_forwarder_hold_time", "is", "considered", "as", "a", "private", "method", ".", "Backends", "looking", "to", "populate", "this", "variable", "should", "do", "so", "via", "calling", "thisObj", ".", "_set_designated_forwarder_hold_time", "()", "directly", "." ]

[ "def", "fromXml", "(", "xprofile", ")", ":", "# determine the proper version\r", "if", "xprofile", ".", "tag", "!=", "'profile'", ":", "return", "XViewProfile", "(", ")", "version", "=", "int", "(", "xprofile", ".", "get", "(", "'version'", ",", "'1'", ")", ")", "# load the legacy information - just layout data\r", "if", "version", "==", "1", ":", "prof", "=", "XViewProfile", "(", ")", "prof", ".", "setXmlElement", "(", "xprofile", ")", "return", "prof", "# load latest information\r", "prof", "=", "XViewProfile", "(", ")", "prof", ".", "setName", "(", "xprofile", ".", "get", "(", "'name'", ",", "''", ")", ")", "prof", ".", "setVersion", "(", "float", "(", "xprofile", ".", "get", "(", "'profile_version'", ",", "'1.0'", ")", ")", ")", "ico", "=", "xprofile", ".", "get", "(", "'icon'", ")", "if", "ico", "is", "not", "None", ":", "prof", ".", "setIcon", "(", "os", ".", "path", ".", "expandvars", "(", "ico", ")", ")", "else", ":", "ico", "=", "xprofile", ".", "find", "(", "'icon'", ")", "if", "ico", "is", "not", "None", ":", "prof", ".", "setIcon", "(", "projexui", ".", "generatePixmap", "(", "ico", ".", "text", ")", ")", "# restore data\r", "xdata", "=", "xprofile", ".", "find", "(", "'data'", ")", "if", "(", "xdata", "is", "not", "None", ")", ":", "prof", ".", "_customData", "=", "DataSet", ".", "fromXml", "(", "xdata", ")", "# load description\r", "xdesc", "=", "xprofile", ".", "find", "(", "'desc'", ")", "if", "(", "xdesc", "is", "not", "None", ")", ":", "prof", ".", "setDescription", "(", "xdesc", ".", "text", ")", "# load layout\r", "xlayout", "=", "xprofile", ".", "find", "(", "'layout'", ")", "if", "(", "xlayout", "is", "not", "None", ")", ":", "prof", ".", "setXmlElement", "(", "xlayout", ")", "return", "prof" ]

[ "Restores", "the", "profile", "information", "from", "XML", ".", ":", "param", "xprofile", "|", "<xml", ".", "etree", ".", "ElementTree", ".", "Element", ">", ":", "return", "<XViewProfile", ">" ]

[ "def", "annotate_gemini", "(", "data", ",", "retriever", "=", "None", ")", ":", "r", "=", "dd", ".", "get_variation_resources", "(", "data", ")", "return", "all", "(", "[", "r", ".", "get", "(", "k", ")", "and", "objectstore", ".", "file_exists_or_remote", "(", "r", "[", "k", "]", ")", "for", "k", "in", "[", "\"exac\"", ",", "\"gnomad_exome\"", "]", "]", ")" ]

[ "Annotate", "with", "population", "calls", "if", "have", "data", "installed", "." ]

[ "def", "add_word", "(", "self", ",", "word", ")", ":", "word", "=", "word", ".", "lower", "(", ")", "if", "not", "(", "word", ".", "isascii", "(", ")", "and", "word", ".", "isalpha", "(", ")", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Invalid character in word '{}'\"", ".", "format", "(", "word", ")", ")", "word", "=", "word", ".", "encode", "(", "encoding", "=", "\"ascii\"", ")", "result", "=", "cgaddag", ".", "gdg_add_word", "(", "self", ".", "gdg", ",", "word", ")", "if", "result", "==", "1", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Invalid character in word '{}'\"", ".", "format", "(", "word", ")", ")", "elif", "result", "==", "2", ":", "raise", "MemoryError", "(", "\"Out of memory, GADDAG is in an undefined state\"", ")" ]

[ "Add", "a", "word", "to", "the", "GADDAG", "." ]

[ "def", "trace_job", "(", "self", ",", "jobId", ")", ":", "header", "=", "self", ".", "__check_authentication", "(", ")", "status_url", "=", "self", ".", "address", "+", "\"/jobs/\"", "+", "jobId", "+", "\"/trace\"", "status_resp", "=", "requests", ".", "get", "(", "status_url", ",", "headers", "=", "header", ")", "if", "status_resp", ".", "status_code", "!=", "200", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Code {}. {}\"", ".", "format", "(", "status_resp", ".", "status_code", ",", "status_resp", ".", "json", "(", ")", ".", "get", "(", "\"error\"", ")", ")", ")", "return", "status_resp", ".", "json", "(", ")" ]

[ "Get", "information", "about", "the", "specified", "remote", "job" ]

[ "def", "AddSeat", "(", "self", ",", "seat", ")", ":", "seat_path", "=", "'/org/freedesktop/login1/seat/'", "+", "seat", "if", "seat_path", "in", "mockobject", ".", "objects", ":", "raise", "dbus", ".", "exceptions", ".", "DBusException", "(", "'Seat %s already exists'", "%", "seat", ",", "name", "=", "MOCK_IFACE", "+", "'.SeatExists'", ")", "self", ".", "AddObject", "(", "seat_path", ",", "'org.freedesktop.login1.Seat'", ",", "{", "'Sessions'", ":", "dbus", ".", "Array", "(", "[", "]", ",", "signature", "=", "'(so)'", ")", ",", "'CanGraphical'", ":", "False", ",", "'CanMultiSession'", ":", "True", ",", "'CanTTY'", ":", "False", ",", "'IdleHint'", ":", "False", ",", "'ActiveSession'", ":", "(", "''", ",", "dbus", ".", "ObjectPath", "(", "'/'", ")", ")", ",", "'Id'", ":", "seat", ",", "'IdleSinceHint'", ":", "dbus", ".", "UInt64", "(", "0", ")", ",", "'IdleSinceHintMonotonic'", ":", "dbus", ".", "UInt64", "(", "0", ")", ",", "}", ",", "[", "(", "'ActivateSession'", ",", "'s'", ",", "''", ",", "''", ")", ",", "(", "'Terminate'", ",", "''", ",", "''", ",", "''", ")", "]", ")", "return", "seat_path" ]

[ "Convenience", "method", "to", "add", "a", "seat", "." ]

[ "def", "_import", "(", "self", ",", "datadict", ")", ":", "self", ".", "GUID", "=", "datadict", ".", "get", "(", "\"GUID\"", ",", "uuid", ".", "uuid1", "(", ")", ")", "self", ".", "FileName", "=", "datadict", ".", "get", "(", "\"FileName\"", ",", "\"\"", ")", "self", ".", "Name", "=", "datadict", ".", "get", "(", "\"Name\"", ",", "\"\"", ")", "self", ".", "Projects", "=", "datadict", ".", "get", "(", "\"Projects\"", ",", "[", "]", ")", "self", ".", "VSVersion", "=", "datadict", ".", "get", "(", "\"VSVersion\"", ",", "None", ")" ]

[ "Internal", "method", "to", "import", "instance", "variables", "data", "from", "a", "dictionary" ]

[ "def", "render", "(", ")", ":", "from", "udata", ".", "core", ".", "organization", ".", "models", "import", "Organization", "from", "udata", ".", "core", ".", "post", ".", "models", "import", "Post", "from", "udata", ".", "core", ".", "reuse", ".", "models", "import", "Reuse", "from", "udata", ".", "core", ".", "user", ".", "models", "import", "User", "header", "(", "'Rendering images'", ")", "count", "=", "Counter", "(", ")", "total", "=", "Counter", "(", ")", "organizations", "=", "Organization", ".", "objects", "(", "logo__exists", "=", "True", ")", "total", "[", "'orgs'", "]", "=", "organizations", ".", "count", "(", ")", "log", ".", "info", "(", "'Processing {0} organizations logos'", ".", "format", "(", "total", "[", "'orgs'", "]", ")", ")", "for", "org", "in", "organizations", ":", "count", "[", "'orgs'", "]", "+=", "render_or_skip", "(", "org", ",", "'logo'", ")", "users", "=", "User", ".", "objects", "(", "avatar__exists", "=", "True", ")", "total", "[", "'users'", "]", "=", "users", ".", "count", "(", ")", "log", ".", "info", "(", "'Processing {0} user avatars'", ".", "format", "(", "total", "[", "'users'", "]", ")", ")", "for", "user", "in", "users", ":", "count", "[", "'users'", "]", "+=", "render_or_skip", "(", "user", ",", "'avatar'", ")", "posts", "=", "Post", ".", "objects", "(", "image__exists", "=", "True", ")", "total", "[", "'posts'", "]", "=", "posts", ".", "count", "(", ")", "log", ".", "info", "(", "'Processing {0} post images'", ".", "format", "(", "total", "[", "'posts'", "]", ")", ")", "for", "post", "in", "posts", ":", "count", "[", "'posts'", "]", "+=", "render_or_skip", "(", "post", ",", "'image'", ")", "reuses", "=", "Reuse", ".", "objects", "(", "image__exists", "=", "True", ")", "total", "[", "'reuses'", "]", "=", "reuses", ".", "count", "(", ")", "log", ".", "info", "(", "'Processing {0} reuse images'", ".", "format", "(", "total", "[", "'reuses'", "]", ")", ")", "for", "reuse", "in", "reuses", ":", "count", "[", "'reuses'", "]", "+=", "render_or_skip", "(", "reuse", ",", "'image'", ")", "log", ".", "info", "(", "'''Summary:\n Organization logos: {count[orgs]}/{total[orgs]}\n User avatars: {count[users]}/{total[users]}\n Post images: {count[posts]}/{total[posts]}\n Reuse images: {count[reuses]}/{total[reuses]}\n '''", ".", "format", "(", "count", "=", "count", ",", "total", "=", "total", ")", ")", "success", "(", "'Images rendered'", ")" ]

[ "Force", "(", "re", ")", "rendering", "stored", "images" ]

[ "def", "freeze", "(", "this", ")", ":", "class", "FrozenPoco", "(", "Poco", ")", ":", "def", "__init__", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "hierarchy_dict", "=", "this", ".", "agent", ".", "hierarchy", ".", "dump", "(", ")", "hierarchy", "=", "create_immutable_hierarchy", "(", "hierarchy_dict", ")", "agent_", "=", "PocoAgent", "(", "hierarchy", ",", "this", ".", "agent", ".", "input", ",", "this", ".", "agent", ".", "screen", ")", "kwargs", "[", "'action_interval'", "]", "=", "0.01", "kwargs", "[", "'pre_action_wait_for_appearance'", "]", "=", "0", "super", "(", "FrozenPoco", ",", "self", ")", ".", "__init__", "(", "agent_", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "self", ".", "this", "=", "this", "def", "__enter__", "(", "self", ")", ":", "return", "self", "def", "__exit__", "(", "self", ",", "exc_type", ",", "exc_val", ",", "exc_tb", ")", ":", "pass", "def", "__getattr__", "(", "self", ",", "item", ")", ":", "return", "getattr", "(", "self", ".", "this", ",", "item", ")", "return", "FrozenPoco", "(", ")" ]

[ "Snapshot", "current", "**", "hierarchy", "**", "and", "cache", "it", "into", "a", "new", "poco", "instance", ".", "This", "new", "poco", "instance", "is", "a", "copy", "from", "current", "poco", "instance", "(", "self", ")", ".", "The", "hierarchy", "of", "the", "new", "poco", "instance", "is", "fixed", "and", "immutable", ".", "It", "will", "be", "super", "fast", "when", "calling", "dump", "function", "from", "frozen", "poco", ".", "See", "the", "example", "below", ".", "Examples", ":", "::" ]

[ "def", "_find_all_simple", "(", "path", ")", ":", "results", "=", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "base", ",", "file", ")", "for", "base", ",", "dirs", ",", "files", "in", "os", ".", "walk", "(", "path", ",", "followlinks", "=", "True", ")", "for", "file", "in", "files", ")", "return", "filter", "(", "os", ".", "path", ".", "isfile", ",", "results", ")" ]

[ "Find", "all", "files", "under", "path" ]

[ "def", "superimposition_matrix", "(", "v0", ",", "v1", ",", "scale", "=", "False", ",", "usesvd", "=", "True", ")", ":", "v0", "=", "numpy", ".", "array", "(", "v0", ",", "dtype", "=", "numpy", ".", "float64", ",", "copy", "=", "False", ")", "[", ":", "3", "]", "v1", "=", "numpy", ".", "array", "(", "v1", ",", "dtype", "=", "numpy", ".", "float64", ",", "copy", "=", "False", ")", "[", ":", "3", "]", "return", "affine_matrix_from_points", "(", "v0", ",", "v1", ",", "shear", "=", "False", ",", "scale", "=", "scale", ",", "usesvd", "=", "usesvd", ")" ]

[ "Return", "matrix", "to", "transform", "given", "3D", "point", "set", "into", "second", "point", "set", "." ]

[ "def", "run_job", "(", "self", ",", "job", ",", "# type: Union[JobBase, WorkflowJob, None]", "runtime_context", "# type: RuntimeContext", ")", ":", "# type: (...) -> None", "if", "job", "is", "not", "None", ":", "with", "self", ".", "pending_jobs_lock", ":", "self", ".", "pending_jobs", ".", "append", "(", "job", ")", "with", "self", ".", "pending_jobs_lock", ":", "n", "=", "0", "while", "(", "n", "+", "1", ")", "<=", "len", "(", "self", ".", "pending_jobs", ")", ":", "job", "=", "self", ".", "pending_jobs", "[", "n", "]", "if", "isinstance", "(", "job", ",", "JobBase", ")", ":", "if", "(", "(", "job", ".", "builder", ".", "resources", "[", "\"ram\"", "]", ")", ">", "self", ".", "max_ram", "or", "(", "job", ".", "builder", ".", "resources", "[", "\"cores\"", "]", ")", ">", "self", ".", "max_cores", ")", ":", "_logger", ".", "error", "(", "'Job \"%s\" cannot be run, requests more resources (%s) '", "'than available on this host (max ram %d, max cores %d'", ",", "job", ".", "name", ",", "job", ".", "builder", ".", "resources", ",", "self", ".", "allocated_ram", ",", "self", ".", "allocated_cores", ",", "self", ".", "max_ram", ",", "self", ".", "max_cores", ")", "self", ".", "pending_jobs", ".", "remove", "(", "job", ")", "return", "if", "(", "(", "self", ".", "allocated_ram", "+", "job", ".", "builder", ".", "resources", "[", "\"ram\"", "]", ")", ">", "self", ".", "max_ram", "or", "(", "self", ".", "allocated_cores", "+", "job", ".", "builder", ".", "resources", "[", "\"cores\"", "]", ")", ">", "self", ".", "max_cores", ")", ":", "_logger", ".", "debug", "(", "'Job \"%s\" cannot run yet, resources (%s) are not '", "'available (already allocated ram is %d, allocated cores is %d, '", "'max ram %d, max cores %d'", ",", "job", ".", "name", ",", "job", ".", "builder", ".", "resources", ",", "self", ".", "allocated_ram", ",", "self", ".", "allocated_cores", ",", "self", ".", "max_ram", ",", "self", ".", "max_cores", ")", "n", "+=", "1", "continue", "thread", "=", "threading", ".", "Thread", "(", "target", "=", "self", ".", "_runner", ",", "args", "=", "(", "job", ",", "runtime_context", ")", ")", "thread", ".", "daemon", "=", "True", "self", ".", "threads", ".", "add", "(", "thread", ")", "if", "isinstance", "(", "job", ",", "JobBase", ")", ":", "self", ".", "allocated_ram", "+=", "job", ".", "builder", ".", "resources", "[", "\"ram\"", "]", "self", ".", "allocated_cores", "+=", "job", ".", "builder", ".", "resources", "[", "\"cores\"", "]", "thread", ".", "start", "(", ")", "self", ".", "pending_jobs", ".", "remove", "(", "job", ")" ]

[ "Execute", "a", "single", "Job", "in", "a", "seperate", "thread", "." ]

[ "def", "transform_feature_names", "(", "transformer", ",", "in_names", "=", "None", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "transformer", ",", "'get_feature_names'", ")", ":", "return", "transformer", ".", "get_feature_names", "(", ")", "raise", "NotImplementedError", "(", "'transform_feature_names not available for '", "'{}'", ".", "format", "(", "transformer", ")", ")" ]

[ "Get", "feature", "names", "for", "transformer", "output", "as", "a", "function", "of", "input", "names", "." ]

[ "def", "zoom_1_to_1", "(", "self", ")", ":", "viewer", "=", "self", ".", "getfocus_viewer", "(", ")", "if", "hasattr", "(", "viewer", ",", "'scale_to'", ")", ":", "viewer", ".", "scale_to", "(", "1.0", ",", "1.0", ")", "return", "True" ]

[ "Zoom", "the", "view", "to", "a", "1", "to", "1", "pixel", "ratio", "(", "100", "%%", ")", "." ]

[ "def", "get_all_classify", "(", ")", ":", "url", "=", "\"https://www.xinshipu.com/%E8%8F%9C%E8%B0%B1%E5%A4%A7%E5%85%A8.html\"", "response", "=", "requests", ".", "get", "(", "url", ",", "headers", "=", "get_header", "(", ")", ")", "html", "=", "BeautifulSoup", "(", "response", ".", "text", ",", "\"lxml\"", ")", "all_a", "=", "html", ".", "find", "(", "\"div\"", ",", "{", "'class'", ":", "\"detail-cate-list clearfix mt20\"", "}", ")", ".", "find_all", "(", "'a'", ")", "classify", "=", "dict", "(", ")", "for", "a", "in", "all_a", ":", "if", "a", ".", "has_attr", "(", "'rel'", ")", "and", "not", "a", ".", "has_attr", "(", "'class'", ")", ":", "class_url", "=", "urljoin", "(", "HOME_URL", ",", "a", "[", "'href'", "]", ")", "classify", "[", "a", ".", "text", "]", "=", "class_url", "return", "classify" ]

[ "获取全部菜谱分类" ]

[ "def", "init_code", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_run_startup_files", "(", ")", "self", ".", "_run_exec_lines", "(", ")", "self", ".", "_run_exec_files", "(", ")", "self", ".", "_run_cmd_line_code", "(", ")", "self", ".", "_run_module", "(", ")", "# flush output, so itwon't be attached to the first cell", "sys", ".", "stdout", ".", "flush", "(", ")", "sys", ".", "stderr", ".", "flush", "(", ")", "# Hide variables defined here from %who etc.", "self", ".", "shell", ".", "user_ns_hidden", ".", "update", "(", "self", ".", "shell", ".", "user_ns", ")" ]

[ "run", "the", "pre", "-", "flight", "code", "specified", "via", "exec_lines" ]

[ "def", "plot_windows", "(", "self", ",", "nwin", ",", "lmax", "=", "None", ",", "maxcolumns", "=", "3", ",", "tick_interval", "=", "[", "60", ",", "45", "]", ",", "minor_tick_interval", "=", "None", ",", "xlabel", "=", "'Longitude'", ",", "ylabel", "=", "'Latitude'", ",", "axes_labelsize", "=", "None", ",", "tick_labelsize", "=", "None", ",", "title_labelsize", "=", "None", ",", "grid", "=", "False", ",", "show", "=", "True", ",", "title", "=", "True", ",", "ax", "=", "None", ",", "fname", "=", "None", ")", ":", "if", "self", ".", "kind", "==", "'cap'", ":", "if", "self", ".", "nwinrot", "is", "not", "None", "and", "self", ".", "nwinrot", "<=", "nwin", ":", "nwin", "=", "self", ".", "nwinrot", "ncolumns", "=", "min", "(", "maxcolumns", ",", "nwin", ")", "nrows", "=", "_np", ".", "ceil", "(", "nwin", "/", "ncolumns", ")", ".", "astype", "(", "int", ")", "figsize", "=", "(", "_mpl", ".", "rcParams", "[", "'figure.figsize'", "]", "[", "0", "]", ",", "_mpl", ".", "rcParams", "[", "'figure.figsize'", "]", "[", "0", "]", "*", "0.55", "*", "nrows", "/", "ncolumns", "+", "0.41", ")", "if", "ax", "is", "None", ":", "fig", ",", "axes", "=", "_plt", ".", "subplots", "(", "nrows", ",", "ncolumns", ",", "figsize", "=", "figsize", ",", "sharex", "=", "'all'", ",", "sharey", "=", "'all'", ")", "else", ":", "if", "hasattr", "(", "ax", ",", "'flatten'", ")", "and", "ax", ".", "size", "<", "nwin", ":", "raise", "ValueError", "(", "'ax.size must be greater or equal to nwin. '", "+", "'nwin = {:s}'", ".", "format", "(", "repr", "(", "nwin", ")", ")", "+", "' and ax.size = {:s}.'", ".", "format", "(", "repr", "(", "ax", ".", "size", ")", ")", ")", "axes", "=", "ax", "if", "tick_interval", "is", "None", ":", "xticks", "=", "[", "]", "yticks", "=", "[", "]", "else", ":", "xticks", "=", "_np", ".", "linspace", "(", "0", ",", "360", ",", "num", "=", "360", "//", "tick_interval", "[", "0", "]", "+", "1", ",", "endpoint", "=", "True", ")", "yticks", "=", "_np", ".", "linspace", "(", "-", "90", ",", "90", ",", "num", "=", "180", "//", "tick_interval", "[", "1", "]", "+", "1", ",", "endpoint", "=", "True", ")", "if", "axes_labelsize", "is", "None", ":", "axes_labelsize", "=", "_mpl", ".", "rcParams", "[", "'axes.labelsize'", "]", "if", "tick_labelsize", "is", "None", ":", "tick_labelsize", "=", "_mpl", ".", "rcParams", "[", "'xtick.labelsize'", "]", "if", "title_labelsize", "is", "None", ":", "title_labelsize", "=", "_mpl", ".", "rcParams", "[", "'axes.titlesize'", "]", "if", "minor_tick_interval", "is", "None", ":", "minor_xticks", "=", "[", "]", "minor_yticks", "=", "[", "]", "else", ":", "minor_xticks", "=", "_np", ".", "linspace", "(", "0", ",", "360", ",", "num", "=", "360", "//", "minor_tick_interval", "[", "0", "]", "+", "1", ",", "endpoint", "=", "True", ")", "minor_yticks", "=", "_np", ".", "linspace", "(", "-", "90", ",", "90", ",", "num", "=", "180", "//", "minor_tick_interval", "[", "1", "]", "+", "1", ",", "endpoint", "=", "True", ")", "deg", "=", "'$^{\\circ}$'", "xticklabels", "=", "[", "str", "(", "int", "(", "y", ")", ")", "+", "deg", "for", "y", "in", "xticks", "]", "yticklabels", "=", "[", "str", "(", "int", "(", "y", ")", ")", "+", "deg", "for", "y", "in", "yticks", "]", "if", "ax", "is", "None", ":", "if", "nrows", ">", "1", ":", "for", "axtemp", "in", "axes", "[", ":", "-", "1", ",", ":", "]", ".", "flatten", "(", ")", ":", "for", "xlabel_i", "in", "axtemp", ".", "get_xticklabels", "(", ")", ":", "xlabel_i", ".", "set_visible", "(", "False", ")", "axtemp", ".", "set_xlabel", "(", "''", ",", "visible", "=", "False", ")", "for", "axtemp", "in", "axes", "[", ":", ",", "1", ":", "]", ".", "flatten", "(", ")", ":", "for", "ylabel_i", "in", "axtemp", ".", "get_yticklabels", "(", ")", ":", "ylabel_i", ".", "set_visible", "(", "False", ")", "axtemp", ".", "set_ylabel", "(", "''", ",", "visible", "=", "False", ")", "elif", "nwin", ">", "1", ":", "for", "axtemp", "in", "axes", "[", "1", ":", "]", ".", "flatten", "(", ")", ":", "for", "ylabel_i", "in", "axtemp", ".", "get_yticklabels", "(", ")", ":", "ylabel_i", ".", "set_visible", "(", "False", ")", "axtemp", ".", "set_ylabel", "(", "''", ",", "visible", "=", "False", ")", "for", "itaper", "in", "range", "(", "min", "(", "self", ".", "nwin", ",", "nwin", ")", ")", ":", "evalue", "=", "self", ".", "eigenvalues", "[", "itaper", "]", "if", "min", "(", "self", ".", "nwin", ",", "nwin", ")", "==", "1", "and", "ax", "is", "None", ":", "axtemp", "=", "axes", "elif", "hasattr", "(", "axes", ",", "'flatten'", ")", ":", "axtemp", "=", "axes", ".", "flatten", "(", ")", "[", "itaper", "]", "else", ":", "axtemp", "=", "axes", "[", "itaper", "]", "gridout", "=", "_shtools", ".", "MakeGridDH", "(", "self", ".", "to_array", "(", "itaper", ")", ",", "sampling", "=", "2", ",", "lmax", "=", "lmax", ",", "norm", "=", "1", ",", "csphase", "=", "1", ")", "axtemp", ".", "imshow", "(", "gridout", ",", "origin", "=", "'upper'", ",", "extent", "=", "(", "0.", ",", "360.", ",", "-", "90.", ",", "90.", ")", ")", "axtemp", ".", "set", "(", "xticks", "=", "xticks", ",", "yticks", "=", "yticks", ")", "axtemp", ".", "set_xlabel", "(", "xlabel", ",", "fontsize", "=", "axes_labelsize", ")", "axtemp", ".", "set_ylabel", "(", "ylabel", ",", "fontsize", "=", "axes_labelsize", ")", "axtemp", ".", "set_xticklabels", "(", "xticklabels", ",", "fontsize", "=", "tick_labelsize", ")", "axtemp", ".", "set_yticklabels", "(", "yticklabels", ",", "fontsize", "=", "tick_labelsize", ")", "axtemp", ".", "set_xticks", "(", "minor_xticks", ",", "minor", "=", "True", ")", "axtemp", ".", "set_yticks", "(", "minor_yticks", ",", "minor", "=", "True", ")", "axtemp", ".", "grid", "(", "grid", ",", "which", "=", "'major'", ")", "if", "title", "is", "True", ":", "axtemp", ".", "set_title", "(", "'#{:d} [loss={:2.2g}]'", ".", "format", "(", "itaper", ",", "1", "-", "evalue", ")", ",", "fontsize", "=", "title_labelsize", ")", "if", "ax", "is", "None", ":", "fig", ".", "tight_layout", "(", "pad", "=", "0.5", ")", "if", "show", ":", "fig", ".", "show", "(", ")", "if", "fname", "is", "not", "None", ":", "fig", ".", "savefig", "(", "fname", ")", "return", "fig", ",", "axes" ]

[ "Plot", "the", "best", "-", "concentrated", "localization", "windows", "." ]

[ "def", "hard_reset", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "seq", "is", "not", "None", "and", "self", ".", "shuffle", ":", "random", ".", "shuffle", "(", "self", ".", "seq", ")", "if", "self", ".", "imgrec", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "imgrec", ".", "reset", "(", ")", "self", ".", "cur", "=", "0", "self", ".", "_allow_read", "=", "True", "self", ".", "_cache_data", "=", "None", "self", ".", "_cache_label", "=", "None", "self", ".", "_cache_idx", "=", "None" ]

[ "Resets", "the", "iterator", "and", "ignore", "roll", "over", "data" ]

[ "def", "clean", "(", "self", ")", ":", "# First make sure the super's clean method is called upon.", "super", "(", "TranslationFormSet", ",", "self", ")", ".", "clean", "(", ")", "if", "settings", ".", "HIDE_LANGUAGE", ":", "return", "if", "len", "(", "self", ".", "forms", ")", ">", "0", ":", "# If a default language has been provided, make sure a translation", "# is available", "if", "settings", ".", "DEFAULT_LANGUAGE", "and", "not", "any", "(", "self", ".", "errors", ")", ":", "# Don't bother validating the formset unless each form is", "# valid on its own. Reference:", "# http://docs.djangoproject.com/en/dev/topics/forms/formsets/#custom-formset-validation", "for", "form", "in", "self", ".", "forms", ":", "language_code", "=", "form", ".", "cleaned_data", ".", "get", "(", "'language_code'", ",", "None", ")", "if", "language_code", "==", "settings", ".", "DEFAULT_LANGUAGE", ":", "# All is good, don't bother checking any further", "return", "raise", "forms", ".", "ValidationError", "(", "_", "(", "'No translation provided for default language \\'%s\\'.'", ")", "%", "settings", ".", "DEFAULT_LANGUAGE", ")", "else", ":", "raise", "forms", ".", "ValidationError", "(", "_", "(", "'At least one translation should be provided.'", ")", ")" ]

[ "Make", "sure", "there", "is", "at", "least", "a", "translation", "has", "been", "filled", "in", ".", "If", "a", "default", "language", "has", "been", "specified", "make", "sure", "that", "it", "exists", "amongst", "translations", "." ]

[ "def", "azdip_magic", "(", "orient_file", "=", "'orient.txt'", ",", "samp_file", "=", "\"samples.txt\"", ",", "samp_con", "=", "\"1\"", ",", "Z", "=", "1", ",", "method_codes", "=", "'FS-FD'", ",", "location_name", "=", "'unknown'", ",", "append", "=", "False", ",", "output_dir", "=", "'.'", ",", "input_dir", "=", "'.'", ",", "data_model", "=", "3", ")", ":", "#", "# initialize variables", "#", "data_model", "=", "int", "(", "data_model", ")", "if", "(", "data_model", "!=", "3", ")", "and", "(", "samp_file", "==", "\"samples.txt\"", ")", ":", "samp_file", "=", "\"er_samples.txt\"", "if", "(", "data_model", "==", "2", ")", "and", "(", "samp_file", "==", "\"er_samples.txt\"", ")", ":", "samp_file", "=", "\"samples.txt\"", "DEBUG", "=", "0", "version_num", "=", "pmag", ".", "get_version", "(", ")", "or_con", ",", "corr", "=", "\"3\"", ",", "\"1\"", "# date of sampling, latitude (pos North), longitude (pos East)", "date", ",", "lat", ",", "lon", "=", "\"\"", ",", "\"\"", ",", "\"\"", "bed_dip", ",", "bed_dip_dir", "=", "\"\"", ",", "\"\"", "participantlist", "=", "\"\"", "sites", "=", "[", "]", "# list of site names", "Lats", ",", "Lons", "=", "[", "]", ",", "[", "]", "# list of latitudes and longitudes", "# lists of Sample records and Site records", "SampRecs", ",", "SiteRecs", ",", "ImageRecs", ",", "imagelist", "=", "[", "]", ",", "[", "]", ",", "[", "]", ",", "[", "]", "average_bedding", "=", "\"1\"", ",", "1", ",", "\"0\"", "newbaseline", ",", "newbeddir", ",", "newbeddip", "=", "\"\"", ",", "\"\"", ",", "\"\"", "delta_u", "=", "\"0\"", "sclass", ",", "lithology", ",", "type", "=", "\"\"", ",", "\"\"", ",", "\"\"", "newclass", ",", "newlith", ",", "newtype", "=", "''", ",", "''", ",", "''", "user", "=", "\"\"", "corr", "==", "\"3\"", "DecCorr", "=", "0.", "samp_file", "=", "pmag", ".", "resolve_file_name", "(", "samp_file", ",", "output_dir", ")", "orient_file", "=", "pmag", ".", "resolve_file_name", "(", "orient_file", ",", "input_dir", ")", "input_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "split", "(", "orient_file", ")", "[", "0", "]", "output_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "split", "(", "samp_file", ")", "[", "0", "]", "#", "#", "if", "append", ":", "try", ":", "SampRecs", ",", "file_type", "=", "pmag", ".", "magic_read", "(", "samp_file", ")", "print", "(", "\"sample data to be appended to: \"", ",", "samp_file", ")", "except", ":", "print", "(", "'problem with existing samp file: '", ",", "samp_file", ",", "' will create new'", ")", "#", "# read in file to convert", "#", "azfile", "=", "open", "(", "orient_file", ",", "'r'", ")", "AzDipDat", "=", "azfile", ".", "readlines", "(", ")", "azfile", ".", "close", "(", ")", "if", "not", "AzDipDat", ":", "return", "False", ",", "'No data in orientation file, please try again'", "azfile", ".", "close", "(", ")", "SampOut", ",", "samplist", "=", "[", "]", ",", "[", "]", "for", "line", "in", "AzDipDat", ":", "orec", "=", "line", ".", "split", "(", ")", "if", "len", "(", "orec", ")", ">", "2", ":", "labaz", ",", "labdip", "=", "pmag", ".", "orient", "(", "float", "(", "orec", "[", "1", "]", ")", ",", "float", "(", "orec", "[", "2", "]", ")", ",", "or_con", ")", "bed_dip", "=", "float", "(", "orec", "[", "4", "]", ")", "if", "bed_dip", "!=", "0", ":", "bed_dip_dir", "=", "float", "(", "orec", "[", "3", "]", ")", "-", "90.", "# assume dip to right of strike", "else", ":", "bed_dip_dir", "=", "float", "(", "orec", "[", "3", "]", ")", "# assume dip to right of strike", "MagRec", "=", "{", "}", "MagRec", "[", "\"er_location_name\"", "]", "=", "location_name", "MagRec", "[", "\"er_citation_names\"", "]", "=", "\"This study\"", "#", "# parse information common to all orientation methods", "#", "MagRec", "[", "\"er_sample_name\"", "]", "=", "orec", "[", "0", "]", "MagRec", "[", "\"sample_bed_dip\"", "]", "=", "'%7.1f'", "%", "(", "bed_dip", ")", "MagRec", "[", "\"sample_bed_dip_direction\"", "]", "=", "'%7.1f'", "%", "(", "bed_dip_dir", ")", "MagRec", "[", "\"sample_dip\"", "]", "=", "'%7.1f'", "%", "(", "labdip", ")", "MagRec", "[", "\"sample_azimuth\"", "]", "=", "'%7.1f'", "%", "(", "labaz", ")", "methods", "=", "method_codes", ".", "replace", "(", "\" \"", ",", "\"\"", ")", ".", "split", "(", "\":\"", ")", "OR", "=", "0", "for", "method", "in", "methods", ":", "method_type", "=", "method", ".", "split", "(", "\"-\"", ")", "if", "\"SO\"", "in", "method_type", ":", "OR", "=", "1", "if", "OR", "==", "0", ":", "method_codes", "=", "method_codes", "+", "\":SO-NO\"", "MagRec", "[", "\"magic_method_codes\"", "]", "=", "method_codes", "# parse out the site name", "site", "=", "pmag", ".", "parse_site", "(", "orec", "[", "0", "]", ",", "samp_con", ",", "Z", ")", "MagRec", "[", "\"er_site_name\"", "]", "=", "site", "MagRec", "[", "'magic_software_packages'", "]", "=", "version_num", "SampOut", ".", "append", "(", "MagRec", ")", "if", "MagRec", "[", "'er_sample_name'", "]", "not", "in", "samplist", ":", "samplist", ".", "append", "(", "MagRec", "[", "'er_sample_name'", "]", ")", "for", "samp", "in", "SampRecs", ":", "if", "samp", "not", "in", "samplist", ":", "SampOut", ".", "append", "(", "samp", ")", "Samps", ",", "keys", "=", "pmag", ".", "fillkeys", "(", "SampOut", ")", "if", "data_model", "==", "2", ":", "# write to file", "pmag", ".", "magic_write", "(", "samp_file", ",", "Samps", ",", "\"er_samples\"", ")", "else", ":", "# translate sample records to MagIC 3", "Samps3", "=", "[", "]", "for", "samp", "in", "Samps", ":", "Samps3", ".", "append", "(", "map_magic", ".", "mapping", "(", "samp", ",", "map_magic", ".", "samp_magic2_2_magic3_map", ")", ")", "# write to file", "pmag", ".", "magic_write", "(", "samp_file", ",", "Samps3", ",", "\"samples\"", ")", "print", "(", "\"Data saved in \"", ",", "samp_file", ")", "return", "True", ",", "None" ]

[ "takes", "space", "delimited", "AzDip", "file", "and", "converts", "to", "MagIC", "formatted", "tables" ]

[ "def", "append", "(", "self", ",", "lines", ",", "index", "=", "-", "1", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "lines", ",", "(", "basestring", ",", "bytes", ")", ")", ":", "lines", "=", "[", "lines", "]", "return", "self", ".", "request", "(", "'nvim_buf_set_lines'", ",", "index", ",", "index", ",", "True", ",", "lines", ")" ]

[ "Append", "a", "string", "or", "list", "of", "lines", "to", "the", "buffer", "." ]

[ "def", "json_is_exception", "(", "resp", ")", ":", "if", "not", "json_is_error", "(", "resp", ")", ":", "return", "False", "if", "'traceback'", "not", "in", "resp", ".", "keys", "(", ")", "or", "'error'", "not", "in", "resp", ".", "keys", "(", ")", ":", "return", "False", "return", "True" ]

[ "Is", "the", "given", "response", "object", "an", "exception", "traceback?" ]

[ "def", "find_upstream_changed", "(", "self", ",", "kind", ")", ":", "output", "=", "subprocess", ".", "check_output", "(", "[", "'git'", ",", "'log'", ",", "'{}..origin/{}'", ".", "format", "(", "self", ".", "branch_name", ",", "self", ".", "branch_name", ")", ",", "'--oneline'", ",", "'--name-status'", "]", ",", "cwd", "=", "self", ".", "repo_dir", ")", ".", "decode", "(", ")", "files", "=", "[", "]", "for", "line", "in", "output", ".", "split", "(", "'\\n'", ")", ":", "if", "line", ".", "startswith", "(", "kind", ")", ":", "files", ".", "append", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "repo_dir", ",", "line", ".", "split", "(", "'\\t'", ",", "1", ")", "[", "1", "]", ")", ")", "return", "files" ]

[ "Return", "list", "of", "files", "that", "have", "been", "changed", "upstream", "belonging", "to", "a", "particular", "kind", "of", "change" ]

[ "def", "_read_hdr_file", "(", "ktlx_file", ")", ":", "with", "ktlx_file", ".", "open", "(", "'rb'", ")", "as", "f", ":", "hdr", "=", "{", "}", "assert", "f", ".", "tell", "(", ")", "==", "0", "hdr", "[", "'file_guid'", "]", "=", "hexlify", "(", "f", ".", "read", "(", "16", ")", ")", "hdr", "[", "'file_schema'", "]", ",", "=", "unpack", "(", "'<H'", ",", "f", ".", "read", "(", "2", ")", ")", "if", "not", "hdr", "[", "'file_schema'", "]", "in", "(", "1", ",", "3", ",", "7", ",", "8", ",", "9", ")", ":", "raise", "NotImplementedError", "(", "'Reading header not implemented for '", "+", "'file_schema '", "+", "str", "(", "hdr", "[", "'file_schema'", "]", ")", ")", "hdr", "[", "'base_schema'", "]", ",", "=", "unpack", "(", "'<H'", ",", "f", ".", "read", "(", "2", ")", ")", "if", "not", "hdr", "[", "'base_schema'", "]", "==", "1", ":", "# p.3: base_schema 0 is rare, I think", "raise", "NotImplementedError", "(", "'Reading header not implemented for '", "+", "'base_schema '", "+", "str", "(", "hdr", "[", "'base_schema'", "]", ")", ")", "hdr", "[", "'creation_time'", "]", "=", "datetime", ".", "fromtimestamp", "(", "unpack", "(", "'<i'", ",", "f", ".", "read", "(", "4", ")", ")", "[", "0", "]", ")", "hdr", "[", "'patient_id'", "]", ",", "=", "unpack", "(", "'<i'", ",", "f", ".", "read", "(", "4", ")", ")", "hdr", "[", "'study_id'", "]", ",", "=", "unpack", "(", "'<i'", ",", "f", ".", "read", "(", "4", ")", ")", "hdr", "[", "'pat_last_name'", "]", "=", "_make_str", "(", "unpack", "(", "'c'", "*", "80", ",", "f", ".", "read", "(", "80", ")", ")", ")", "hdr", "[", "'pat_first_name'", "]", "=", "_make_str", "(", "unpack", "(", "'c'", "*", "80", ",", "f", ".", "read", "(", "80", ")", ")", ")", "hdr", "[", "'pat_middle_name'", "]", "=", "_make_str", "(", "unpack", "(", "'c'", "*", "80", ",", "f", ".", "read", "(", "80", ")", ")", ")", "hdr", "[", "'patient_id'", "]", "=", "_make_str", "(", "unpack", "(", "'c'", "*", "80", ",", "f", ".", "read", "(", "80", ")", ")", ")", "assert", "f", ".", "tell", "(", ")", "==", "352", "if", "hdr", "[", "'file_schema'", "]", ">=", "7", ":", "hdr", "[", "'sample_freq'", "]", ",", "=", "unpack", "(", "'<d'", ",", "f", ".", "read", "(", "8", ")", ")", "n_chan", ",", "=", "unpack", "(", "'<i'", ",", "f", ".", "read", "(", "4", ")", ")", "hdr", "[", "'num_channels'", "]", "=", "n_chan", "hdr", "[", "'deltabits'", "]", ",", "=", "unpack", "(", "'<i'", ",", "f", ".", "read", "(", "4", ")", ")", "hdr", "[", "'phys_chan'", "]", "=", "unpack", "(", "'<'", "+", "'i'", "*", "hdr", "[", "'num_channels'", "]", ",", "f", ".", "read", "(", "hdr", "[", "'num_channels'", "]", "*", "4", ")", ")", "f", ".", "seek", "(", "4464", ")", "hdr", "[", "'headbox_type'", "]", "=", "unpack", "(", "'<'", "+", "'i'", "*", "4", ",", "f", ".", "read", "(", "16", ")", ")", "hdr", "[", "'headbox_sn'", "]", "=", "unpack", "(", "'<'", "+", "'i'", "*", "4", ",", "f", ".", "read", "(", "16", ")", ")", "hdr", "[", "'headbox_sw_version'", "]", "=", "_make_str", "(", "unpack", "(", "'c'", "*", "40", ",", "f", ".", "read", "(", "40", ")", ")", ")", "hdr", "[", "'dsp_hw_version'", "]", "=", "_make_str", "(", "unpack", "(", "'c'", "*", "10", ",", "f", ".", "read", "(", "10", ")", ")", ")", "hdr", "[", "'dsp_sw_version'", "]", "=", "_make_str", "(", "unpack", "(", "'c'", "*", "10", ",", "f", ".", "read", "(", "10", ")", ")", ")", "hdr", "[", "'discardbits'", "]", ",", "=", "unpack", "(", "'<i'", ",", "f", ".", "read", "(", "4", ")", ")", "if", "hdr", "[", "'file_schema'", "]", ">=", "8", ":", "hdr", "[", "'shorted'", "]", "=", "unpack", "(", "'<'", "+", "'h'", "*", "1024", ",", "f", ".", "read", "(", "2048", ")", ")", "[", ":", "n_chan", "]", "hdr", "[", "'frequency_factor'", "]", "=", "unpack", "(", "'<'", "+", "'h'", "*", "1024", ",", "f", ".", "read", "(", "2048", ")", ")", "[", ":", "n_chan", "]", "return", "hdr" ]

[ "Reads", "header", "of", "one", "KTLX", "file", "." ]

[ "def", "parse_genemap2", "(", "lines", ")", ":", "LOG", ".", "info", "(", "\"Parsing the omim genemap2\"", ")", "header", "=", "[", "]", "for", "i", ",", "line", "in", "enumerate", "(", "lines", ")", ":", "line", "=", "line", ".", "rstrip", "(", ")", "if", "line", ".", "startswith", "(", "'#'", ")", ":", "if", "i", "<", "10", ":", "if", "line", ".", "startswith", "(", "'# Chromosome'", ")", ":", "header", "=", "line", "[", "2", ":", "]", ".", "split", "(", "'\\t'", ")", "continue", "if", "len", "(", "line", ")", "<", "5", ":", "continue", "parsed_entry", "=", "parse_omim_line", "(", "line", ",", "header", ")", "parsed_entry", "[", "'mim_number'", "]", "=", "int", "(", "parsed_entry", "[", "'Mim Number'", "]", ")", "parsed_entry", "[", "'raw'", "]", "=", "line", "# This is the approved symbol for the entry", "hgnc_symbol", "=", "parsed_entry", ".", "get", "(", "\"Approved Symbol\"", ")", "# If no approved symbol could be found choose the first of", "# the gene symbols", "gene_symbols", "=", "[", "]", "if", "parsed_entry", ".", "get", "(", "'Gene Symbols'", ")", ":", "gene_symbols", "=", "[", "symbol", ".", "strip", "(", ")", "for", "symbol", "in", "parsed_entry", "[", "'Gene Symbols'", "]", ".", "split", "(", "','", ")", "]", "parsed_entry", "[", "'hgnc_symbols'", "]", "=", "gene_symbols", "if", "not", "hgnc_symbol", "and", "gene_symbols", ":", "hgnc_symbol", "=", "gene_symbols", "[", "0", "]", "parsed_entry", "[", "'hgnc_symbol'", "]", "=", "hgnc_symbol", "# Gene inheritance is a construct. It is the union of all inheritance", "# patterns found in the associated phenotypes", "gene_inheritance", "=", "set", "(", ")", "parsed_phenotypes", "=", "[", "]", "# Information about the related phenotypes", "# Each related phenotype is separated by ';'", "for", "phenotype_info", "in", "parsed_entry", ".", "get", "(", "'Phenotypes'", ",", "''", ")", ".", "split", "(", "';'", ")", ":", "if", "not", "phenotype_info", ":", "continue", "phenotype_info", "=", "phenotype_info", ".", "lstrip", "(", ")", "# First symbol in description indicates phenotype status", "# If no special symbol is used the phenotype is 'established'", "phenotype_status", "=", "OMIM_STATUS_MAP", ".", "get", "(", "phenotype_info", "[", "0", "]", ",", "'established'", ")", "# Skip phenotype entries that not associated to disease", "if", "phenotype_status", "==", "'nondisease'", ":", "continue", "phenotype_description", "=", "\"\"", "# We will try to save the description ", "splitted_info", "=", "phenotype_info", ".", "split", "(", "','", ")", "for", "i", ",", "text", "in", "enumerate", "(", "splitted_info", ")", ":", "# Everything before ([1,2,3])", "# We check if we are in the part where the mim number exists", "match", "=", "entry_pattern", ".", "search", "(", "text", ")", "if", "not", "match", ":", "phenotype_description", "+=", "text", "else", ":", "# If we find the end of the entry", "mimnr_match", "=", "mimnr_pattern", ".", "search", "(", "phenotype_info", ")", "# Then if the entry have a mim number we choose that", "if", "mimnr_match", ":", "phenotype_mim", "=", "int", "(", "mimnr_match", ".", "group", "(", ")", ")", "else", ":", "phenotype_mim", "=", "parsed_entry", "[", "'mim_number'", "]", "phenotype_description", "+=", "text", "[", ":", "-", "4", "]", "break", "# Find the inheritance", "inheritance", "=", "set", "(", ")", "inheritance_text", "=", "','", ".", "join", "(", "splitted_info", "[", "i", ":", "]", ")", "for", "term", "in", "mim_inheritance_terms", ":", "if", "term", "in", "inheritance_text", ":", "inheritance", ".", "add", "(", "TERMS_MAPPER", "[", "term", "]", ")", "gene_inheritance", ".", "add", "(", "TERMS_MAPPER", "[", "term", "]", ")", "parsed_phenotypes", ".", "append", "(", "{", "'mim_number'", ":", "phenotype_mim", ",", "'inheritance'", ":", "inheritance", ",", "'description'", ":", "phenotype_description", ".", "strip", "(", "'?\\{\\}'", ")", ",", "'status'", ":", "phenotype_status", ",", "}", ")", "parsed_entry", "[", "'phenotypes'", "]", "=", "parsed_phenotypes", "parsed_entry", "[", "'inheritance'", "]", "=", "gene_inheritance", "yield", "parsed_entry" ]

[ "Parse", "the", "omim", "source", "file", "called", "genemap2", ".", "txt", "Explanation", "of", "Phenotype", "field", ":", "Brackets", "[", "]", "indicate", "nondiseases", "mainly", "genetic", "variations", "that", "lead", "to", "apparently", "abnormal", "laboratory", "test", "values", "." ]

[ "def", "_calc_b", "(", "w", ",", "aod700", ")", ":", "b1", "=", "0.00925", "*", "aod700", "**", "2", "+", "0.0148", "*", "aod700", "-", "0.0172", "b0", "=", "-", "0.7565", "*", "aod700", "**", "2", "+", "0.5057", "*", "aod700", "+", "0.4557", "b", "=", "b1", "*", "np", ".", "log", "(", "w", ")", "+", "b0", "return", "b" ]

[ "Calculate", "the", "b", "coefficient", "." ]

[ "def", "require_authentication", "(", "self", ",", "realm", ",", "environ", ")", ":", "realm_entry", "=", "self", ".", "_get_realm_entry", "(", "realm", ")", "if", "realm_entry", "is", "None", ":", "_logger", ".", "error", "(", "'Missing configuration simple_dc.user_mapping[\"{}\"] (or \"*\"): '", "\"realm is not accessible!\"", ".", "format", "(", "realm", ")", ")", "return", "realm_entry", "is", "not", "True" ]

[ "Return", "True", "if", "this", "realm", "requires", "authentication", "(", "grant", "anonymous", "access", "otherwise", ")", "." ]

[ "def", "_forward_mode", "(", "self", ",", "*", "args", ")", ":", "# Evaluate inner function self.f", "X", ":", "np", ".", "ndarray", "dX", ":", "np", ".", "ndarray", "X", ",", "dX", "=", "self", ".", "f", ".", "_forward_mode", "(", "*", "args", ")", "# Alias the power to p for legibility", "p", ":", "float", "=", "self", ".", "p", "# The function value", "val", "=", "X", "**", "p", "# The derivative", "diff", "=", "p", "*", "X", "**", "(", "p", "-", "1", ")", "*", "dX", "return", "(", "val", ",", "diff", ")" ]

[ "Forward", "mode", "differentiation", "for", "a", "constant" ]

[ "def", "close", "(", "self", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "connected", ":", "return", "self", ".", "connected", "=", "False", "if", "self", ".", "handler", ".", "wfile", ".", "closed", ":", "return", "if", "select", ".", "select", "(", "[", "]", ",", "[", "self", ".", "handler", ".", "wfile", "]", ",", "[", "]", ",", "0", ")", "[", "1", "]", ":", "with", "self", ".", "lock", ":", "self", ".", "handler", ".", "wfile", ".", "write", "(", "b'\\x88\\x00'", ")", "self", ".", "handler", ".", "wfile", ".", "flush", "(", ")", "self", ".", "on_closed", "(", ")" ]

[ "Close", "the", "web", "socket", "connection", "and", "stop", "processing", "results", ".", "If", "the", "connection", "is", "still", "open", "a", "WebSocket", "close", "message", "will", "be", "sent", "to", "the", "peer", "." ]

[ "def", "voxel_loop", "(", "self", ")", ":", "# Prob not the most efficient, but the best I can do for now:", "for", "x", "in", "xrange", "(", "len", "(", "self", ".", "data", ")", ")", ":", "for", "y", "in", "xrange", "(", "len", "(", "self", ".", "data", "[", "x", "]", ")", ")", ":", "for", "z", "in", "xrange", "(", "len", "(", "self", ".", "data", "[", "x", "]", "[", "y", "]", ")", ")", ":", "yield", "(", "(", "x", ",", "y", ",", "z", ")", ",", "self", ".", "data", "[", "x", "]", "[", "y", "]", "[", "z", "]", ")" ]

[ "iterator", "that", "loops", "through", "each", "voxel", "and", "yields", "the", "coords", "and", "time", "series", "as", "a", "tuple" ]

[ "def", "load_reference", "(", "name", ",", "element_type", ",", "version", ")", ":", "lib", "=", "load_library", "(", "version", ")", "ref", "=", "lib", ".", "get", "(", "name", ",", "element_type", ")", "return", "ref" ]

[ "Look", "for", "an", "element", "of", "the", "given", "type", "name", "and", "version", "and", "return", "its", "reference", "structure" ]

[ "def", "get_role_members", "(", "self", ",", "role", ")", ":", "targetRoleDb", "=", "AuthGroup", ".", "objects", "(", "creator", "=", "self", ".", "client", ",", "role", "=", "role", ")", "members", "=", "AuthMembership", ".", "objects", "(", "groups__in", "=", "targetRoleDb", ")", ".", "only", "(", "'user'", ")", "return", "json", ".", "loads", "(", "members", ".", "to_json", "(", ")", ")" ]

[ "get", "permissions", "of", "a", "user" ]

[ "def", "_set_scores", "(", "self", ")", ":", "anom_scores_ema", "=", "self", ".", "exp_avg_detector", ".", "run", "(", ")", "anom_scores_deri", "=", "self", ".", "derivative_detector", ".", "run", "(", ")", "anom_scores", "=", "{", "}", "for", "timestamp", "in", "anom_scores_ema", ".", "timestamps", ":", "# Compute a weighted anomaly score.", "anom_scores", "[", "timestamp", "]", "=", "max", "(", "anom_scores_ema", "[", "timestamp", "]", ",", "anom_scores_ema", "[", "timestamp", "]", "*", "DEFAULT_DETECTOR_EMA_WEIGHT", "+", "anom_scores_deri", "[", "timestamp", "]", "*", "(", "1", "-", "DEFAULT_DETECTOR_EMA_WEIGHT", ")", ")", "# If ema score is significant enough, take the bigger one of the weighted score and deri score.", "if", "anom_scores_ema", "[", "timestamp", "]", ">", "DEFAULT_DETECTOR_EMA_SIGNIFICANT", ":", "anom_scores", "[", "timestamp", "]", "=", "max", "(", "anom_scores", "[", "timestamp", "]", ",", "anom_scores_deri", "[", "timestamp", "]", ")", "self", ".", "anom_scores", "=", "TimeSeries", "(", "self", ".", "_denoise_scores", "(", "anom_scores", ")", ")" ]

[ "Set", "anomaly", "scores", "using", "a", "weighted", "sum", "." ]

[ "def", "validate_file_permissions", "(", "config", ")", ":", "files", "=", "config", ".", "get", "(", "'files'", ",", "{", "}", ")", "for", "file_name", ",", "options", "in", "files", ".", "items", "(", ")", ":", "for", "key", "in", "options", ".", "keys", "(", ")", ":", "if", "key", "not", "in", "[", "\"owner\"", ",", "\"group\"", ",", "\"mode\"", "]", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "\"Invalid ownership configuration: {}\"", ".", "format", "(", "key", ")", ")", "mode", "=", "options", ".", "get", "(", "'mode'", ",", "config", ".", "get", "(", "'permissions'", ",", "'600'", ")", ")", "optional", "=", "options", ".", "get", "(", "'optional'", ",", "config", ".", "get", "(", "'optional'", ",", "'False'", ")", ")", "if", "'*'", "in", "file_name", ":", "for", "file", "in", "glob", ".", "glob", "(", "file_name", ")", ":", "if", "file", "not", "in", "files", ".", "keys", "(", ")", ":", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "file", ")", ":", "_validate_file_mode", "(", "mode", ",", "file", ",", "optional", ")", "else", ":", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "file_name", ")", ":", "_validate_file_mode", "(", "mode", ",", "file_name", ",", "optional", ")" ]

[ "Verify", "that", "permissions", "on", "configuration", "files", "are", "secure", "enough", "." ]

[ "def", "options", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "backend", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "'backend'", ",", "None", ")", "clone", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'clone'", ",", "True", ")", "if", "len", "(", "args", ")", "==", "0", "and", "len", "(", "kwargs", ")", "==", "0", ":", "options", "=", "None", "elif", "args", "and", "isinstance", "(", "args", "[", "0", "]", ",", "basestring", ")", ":", "options", "=", "{", "args", "[", "0", "]", ":", "kwargs", "}", "elif", "args", "and", "isinstance", "(", "args", "[", "0", "]", ",", "list", ")", ":", "if", "kwargs", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Please specify a list of option objects, or kwargs, but not both'", ")", "options", "=", "args", "[", "0", "]", "elif", "args", "and", "[", "k", "for", "k", "in", "kwargs", ".", "keys", "(", ")", "if", "k", "!=", "'backend'", "]", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Options must be defined in one of two formats. \"", "\"Either supply keywords defining the options for \"", "\"the current object, e.g. obj.options(cmap='viridis'), \"", "\"or explicitly define the type, e.g. \"", "\"obj.options({'Image': {'cmap': 'viridis'}}). \"", "\"Supplying both formats is not supported.\"", ")", "elif", "args", "and", "all", "(", "isinstance", "(", "el", ",", "dict", ")", "for", "el", "in", "args", ")", ":", "if", "len", "(", "args", ")", ">", "1", ":", "self", ".", "warning", "(", "'Only a single dictionary can be passed '", "'as a positional argument. Only processing '", "'the first dictionary'", ")", "options", "=", "[", "Options", "(", "spec", ",", "*", "*", "kws", ")", "for", "spec", ",", "kws", "in", "args", "[", "0", "]", ".", "items", "(", ")", "]", "elif", "args", ":", "options", "=", "list", "(", "args", ")", "elif", "kwargs", ":", "options", "=", "{", "type", "(", "self", ")", ".", "__name__", ":", "kwargs", "}", "from", ".", ".", "util", "import", "opts", "if", "options", "is", "None", ":", "expanded_backends", "=", "[", "(", "backend", ",", "{", "}", ")", "]", "elif", "isinstance", "(", "options", ",", "list", ")", ":", "# assuming a flat list of Options objects", "expanded_backends", "=", "opts", ".", "_expand_by_backend", "(", "options", ",", "backend", ")", "else", ":", "expanded_backends", "=", "[", "(", "backend", ",", "opts", ".", "_expand_options", "(", "options", ",", "backend", ")", ")", "]", "obj", "=", "self", "for", "backend", ",", "expanded", "in", "expanded_backends", ":", "obj", "=", "obj", ".", "opts", ".", "_dispatch_opts", "(", "expanded", ",", "backend", "=", "backend", ",", "clone", "=", "clone", ")", "return", "obj" ]

[ "Applies", "simplified", "option", "definition", "returning", "a", "new", "object", "." ]

[ "def", "_draw_breakpoint_icon", "(", "self", ",", "top", ",", "painter", ",", "icon_name", ")", ":", "rect", "=", "QRect", "(", "0", ",", "top", ",", "self", ".", "sizeHint", "(", ")", ".", "width", "(", ")", ",", "self", ".", "sizeHint", "(", ")", ".", "height", "(", ")", ")", "try", ":", "icon", "=", "self", ".", "icons", "[", "icon_name", "]", "except", "KeyError", "as", "e", ":", "debug_print", "(", "\"Breakpoint icon doen't exist, {}\"", ".", "format", "(", "e", ")", ")", "else", ":", "icon", ".", "paint", "(", "painter", ",", "rect", ")" ]

[ "Draw", "the", "given", "breakpoint", "pixmap", "." ]

[ "def", "received_new", "(", "self", ",", "msg", ")", ":", "logger", ".", "info", "(", "\"Receiving msg, delivering to Lamson...\"", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"Relaying msg to lamson: From: %s, To: %s\"", ",", "msg", "[", "'From'", "]", ",", "msg", "[", "'To'", "]", ")", "self", ".", "_relay", ".", "deliver", "(", "msg", ")" ]

[ "As", "new", "messages", "arrive", "deliver", "them", "to", "the", "lamson", "relay", "." ]

[ "def", "upload_local_file", "(", "self", ",", "local_file_path", ",", "file_obj", "=", "None", ")", ":", "if", "file_obj", "is", "None", "and", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "local_file_path", ")", ":", "return", "storedfile", "=", "StoredFile", "(", ")", "storedfile", ".", "mimetype", "=", "mimetypes", ".", "guess_type", "(", "local_file_path", ")", "[", "0", "]", "storedfile", ".", "filename", "=", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "local_file_path", ")", "if", "file_obj", "is", "None", ":", "storedfile", ".", "length", "=", "os", ".", "stat", "(", "local_file_path", ")", ".", "st_size", "else", ":", "file_obj", ".", "seek", "(", "0", ",", "os", ".", "SEEK_END", ")", "storedfile", ".", "length", "=", "file_obj", ".", "tell", "(", ")", "file_obj", ".", "seek", "(", "0", ")", "storedfile", "=", "self", "(", "storedfile", ")", ".", "create", "(", ")", "md5", "=", "hashlib", ".", "md5", "(", ")", "url", "=", "self", "(", "storedfile", ")", ".", "getUrl", "(", ")", "+", "\"/addchunk\"", "if", "file_obj", "is", "None", ":", "with", "open", "(", "local_file_path", ",", "'rb'", ")", "as", "filecontents", ":", "upload_chunks", "(", "url", ",", "storedfile", ",", "filecontents", ")", "else", ":", "upload_chunks", "(", "url", ",", "storedfile", ",", "file_obj", ")", "return", "self", "(", "storedfile", ")", ".", "update", "(", ")" ]

[ "Create", "a", "Stored", "File", "and", "upload", "it", "s", "data", ".", "This", "is", "a", "one", "part", "do", "it", "all", "type", "method", ".", "Here", "is", "what", "it", "does", ":", "1", ".", "Discover", "information", "about", "the", "file", "(", "mime", "-", "type", "size", ")", "2", ".", "Create", "the", "stored", "file", "object", "in", "slick", "3", ".", "Upload", "(", "chunked", ")", "all", "the", "data", "in", "the", "local", "file", "4", ".", "re", "-", "fetch", "the", "stored", "file", "object", "from", "slick", "and", "return", "it" ]

[ "def", "store_password", "(", "params", ",", "password", ")", ":", "user_name", "=", "params", "[", "'user'", "]", "service_name", "=", "params", "[", "'host'", "]", "+", "':'", "+", "params", "[", "'driver'", "]", "keyring", ".", "set_password", "(", "service_name", "=", "service_name", ",", "username", "=", "user_name", ",", "password", "=", "password", ")" ]

[ "Store", "the", "password", "for", "a", "database", "connection", "using", ":", "mod", ":", "keyring" ]

[ "def", "load", "(", "cls", ",", "serialised", ")", ":", "pipeline", "=", "cls", "(", ")", "for", "fn_name", "in", "serialised", ":", "try", ":", "fn", "=", "cls", ".", "registered_functions", "[", "fn_name", "]", "except", "KeyError", ":", "raise", "BaseLunrException", "(", "\"Cannot load unregistered function \"", ".", "format", "(", "fn_name", ")", ")", "else", ":", "pipeline", ".", "add", "(", "fn", ")", "return", "pipeline" ]

[ "Loads", "a", "previously", "serialised", "pipeline", "." ]

[ "def", "lt", "(", "self", ",", "v", ",", "limit", "=", "None", ",", "offset", "=", "None", ")", ":", "if", "limit", "is", "not", "None", "and", "offset", "is", "None", ":", "offset", "=", "0", "return", "self", ".", "zrangebyscore", "(", "self", ".", "_min_score", ",", "\"(%f\"", "%", "v", ",", "start", "=", "offset", ",", "num", "=", "limit", ")" ]

[ "Returns", "the", "list", "of", "the", "members", "of", "the", "set", "that", "have", "scores", "less", "than", "v", "." ]

[ "def", "set", "(", "self", ",", "interval", ",", "callback", ",", "repeat", "=", "False", ",", "force", "=", "True", ")", ":", "if", "self", ".", "timer", ":", "if", "force", ":", "# 如果已经存在，那么先要把现在的清空", "self", ".", "clear", "(", ")", "else", ":", "# 已经存在的话，就返回了", "return", "def", "callback_wrapper", "(", ")", ":", "# 必须要确定，这次调用就是这个timer引起的", "if", "self", ".", "timer", "==", "timer", ":", "# 必须加这句，否则如果在callback中有clear操作，会出现GreenletExit", "self", ".", "timer", "=", "None", "# 不可以加 timer = None，否则会导致判断self.timer == timer 报错找不到timer", "result", "=", "safe_call", "(", "callback", ")", "if", "repeat", "and", "not", "self", ".", "timer", ":", "# 之所以还要判断timer，是因为callback中可能设置了新的回调", "self", ".", "set", "(", "interval", ",", "callback", ",", "repeat", ",", "True", ")", "return", "result", "self", ".", "timer", "=", "timer", "=", "gevent", ".", "spawn_later", "(", "interval", ",", "callback_wrapper", ")" ]

[ "添加timer" ]

[ "def", "render_cvmfs_sc", "(", "cvmfs_volume", ")", ":", "name", "=", "CVMFS_REPOSITORIES", "[", "cvmfs_volume", "]", "rendered_template", "=", "dict", "(", "REANA_CVMFS_SC_TEMPLATE", ")", "rendered_template", "[", "'metadata'", "]", "[", "'name'", "]", "=", "\"csi-cvmfs-{}\"", ".", "format", "(", "name", ")", "rendered_template", "[", "'parameters'", "]", "[", "'repository'", "]", "=", "cvmfs_volume", "return", "rendered_template" ]

[ "Render", "REANA_CVMFS_SC_TEMPLATE", "." ]

[ "def", "get_path", "(", "language", ")", ":", "filename", "=", "language", ".", "lower", "(", ")", "+", "'.json'", "lang_file_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "_DEFAULT_DIR", ",", "filename", ")", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "lang_file_path", ")", ":", "raise", "IOError", "(", "'Could not find {} language file'", ".", "format", "(", "language", ")", ")", "return", "lang_file_path" ]

[ "Returns", "the", "full", "path", "to", "the", "language", "file" ]

[ "def", "new_named_args", "(", "self", ",", "cur_named_args", ":", "Dict", "[", "str", ",", "Any", "]", ")", "->", "Dict", "[", "str", ",", "Any", "]", ":", "named_args", "=", "cur_named_args", ".", "copy", "(", ")", "named_args", ".", "update", "(", "self", ".", "matchdict", ")", "return", "named_args" ]

[ "create", "new", "named", "args", "updating", "current", "name", "args" ]

[ "def", "_createGsshaPyObjects", "(", "self", ",", "eventChunk", ")", ":", "## TODO: Add Support for RADAR file format type values", "# Create GSSHAPY PrecipEvent", "event", "=", "PrecipEvent", "(", "description", "=", "eventChunk", "[", "'description'", "]", ",", "nrGag", "=", "eventChunk", "[", "'nrgag'", "]", ",", "nrPds", "=", "eventChunk", "[", "'nrpds'", "]", ")", "# Associate PrecipEvent with PrecipFile", "event", ".", "precipFile", "=", "self", "gages", "=", "[", "]", "for", "coord", "in", "eventChunk", "[", "'coords'", "]", ":", "# Create GSSHAPY PrecipGage object", "gage", "=", "PrecipGage", "(", "description", "=", "coord", "[", "'description'", "]", ",", "x", "=", "coord", "[", "'x'", "]", ",", "y", "=", "coord", "[", "'y'", "]", ")", "# Associate PrecipGage with PrecipEvent", "gage", ".", "event", "=", "event", "# Append to gages list for association with PrecipValues", "gages", ".", "append", "(", "gage", ")", "for", "valLine", "in", "eventChunk", "[", "'valLines'", "]", ":", "for", "index", ",", "value", "in", "enumerate", "(", "valLine", "[", "'values'", "]", ")", ":", "# Create GSSHAPY PrecipValue object", "val", "=", "PrecipValue", "(", "valueType", "=", "valLine", "[", "'type'", "]", ",", "dateTime", "=", "valLine", "[", "'dateTime'", "]", ",", "value", "=", "value", ")", "# Associate PrecipValue with PrecipEvent and PrecipGage", "val", ".", "event", "=", "event", "val", ".", "gage", "=", "gages", "[", "index", "]" ]

[ "Create", "GSSHAPY", "PrecipEvent", "PrecipValue", "and", "PrecipGage", "Objects", "Method" ]

[ "def", "get_departments_by_college", "(", "college", ")", ":", "url", "=", "\"{}?{}\"", ".", "format", "(", "dept_search_url_prefix", ",", "urlencode", "(", "{", "\"college_abbreviation\"", ":", "college", ".", "label", "}", ")", ")", "return", "_json_to_departments", "(", "get_resource", "(", "url", ")", ",", "college", ")" ]

[ "Returns", "a", "list", "of", "restclients", ".", "Department", "models", "for", "the", "passed", "College", "model", "." ]

[ "def", "state_machine_success", "(", ")", ":", "from", "furious", ".", "async", "import", "Async", "from", "furious", ".", "context", "import", "get_current_async", "result", "=", "get_current_async", "(", ")", ".", "result", "if", "result", "==", "'ALPHA'", ":", "logging", ".", "info", "(", "'Inserting continuation for state %s.'", ",", "result", ")", "return", "Async", "(", "target", "=", "complex_state_generator_alpha", ",", "args", "=", "[", "result", "]", ")", "elif", "result", "==", "'BRAVO'", ":", "logging", ".", "info", "(", "'Inserting continuation for state %s.'", ",", "result", ")", "return", "Async", "(", "target", "=", "complex_state_generator_bravo", ",", "args", "=", "[", "result", "]", ")", "logging", ".", "info", "(", "'Done working, stop now.'", ")" ]

[ "A", "positive", "result!", "Iterate!" ]

[ "def", "insert", "(", "self", ",", "index", ",", "item", ")", ":", "if", "not", "is_any", "(", "item", ")", ":", "raise", "MemberTypeError", "(", "self", ",", "item", ",", "member", "=", "len", "(", "self", ")", ")", "self", ".", "_data", ".", "insert", "(", "index", ",", "item", ")" ]

[ "Inserts", "the", "*", "item", "*", "before", "the", "*", "index", "*", "into", "the", "Sequence", "." ]

[ "def", "as_from", "(", "value", ")", ":", "keys", "=", "[", "'port'", ",", "'baudrate'", ",", "'databits'", ",", "'stopbits'", ",", "'parity'", ",", "'protocol'", "]", "values", "=", "value", ".", "replace", "(", "','", ",", "':'", ")", ".", "split", "(", "':'", ")", "if", "len", "(", "values", ")", "==", "5", ":", "values", ".", "append", "(", "RTSCTS", ")", "if", "len", "(", "keys", ")", "!=", "len", "(", "values", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Unknown serial port string format: %s '", "'(expecting something like \"COM1:9600,8,1,N,RTSCTS\")'", "%", "(", "value", ",", ")", ")", "kwargs", "=", "dict", "(", "zip", "(", "keys", ",", "values", ")", ")", "kwargs", "[", "'baudrate'", "]", "=", "int", "(", "kwargs", "[", "'baudrate'", "]", ")", "kwargs", "[", "'databits'", "]", "=", "int", "(", "kwargs", "[", "'databits'", "]", ")", "kwargs", "[", "'stopbits'", "]", "=", "int", "(", "kwargs", "[", "'stopbits'", "]", ")", "return", "SerialSettings", "(", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Constructs", "an", "instance", "of", ":", "class", ":", "SerialSettings", "from", "a", "string", "representation", "that", "looks", "like", "/", "dev", "/", "ttyS0", ":", "9600", "8", "1", "N", "RTSCTS", "describing", "in", "order", "the", "serial", "port", "name", "baud", "rate", "byte", "size", "stop", "bits", "parity", "and", "flow", "control", "protocol", "." ]

[ "def", "init_api", "(", "self", ",", "instance_config", ",", "custom_tags", ")", ":", "custom_tags", "=", "custom_tags", "or", "[", "]", "keystone_server_url", "=", "instance_config", ".", "get", "(", "\"keystone_server_url\"", ")", "proxy_config", "=", "self", ".", "get_instance_proxy", "(", "instance_config", ",", "keystone_server_url", ")", "if", "self", ".", "_api", "is", "None", ":", "# We are missing the entire instance scope either because it is the first time we initialize it or because", "# authentication previously failed and got removed from the cache", "# Let's populate it now", "try", ":", "self", ".", "log", ".", "debug", "(", "\"Fetch scope for instance {}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "instance_name", ")", ")", "# Set keystone api with proper token", "self", ".", "_api", "=", "ApiFactory", ".", "create", "(", "self", ".", "log", ",", "proxy_config", ",", "instance_config", ")", "self", ".", "service_check", "(", "self", ".", "IDENTITY_API_SC", ",", "AgentCheck", ".", "OK", ",", "tags", "=", "[", "\"keystone_server: {}\"", ".", "format", "(", "keystone_server_url", ")", "]", "+", "custom_tags", ",", ")", "except", "KeystoneUnreachable", "as", "e", ":", "self", ".", "warning", "(", "\"The agent could not contact the specified identity server at {} . \"", "\"Are you sure it is up at that address?\"", ".", "format", "(", "keystone_server_url", ")", ")", "self", ".", "log", ".", "debug", "(", "\"Problem grabbing auth token: %s\"", ",", "e", ")", "self", ".", "service_check", "(", "self", ".", "IDENTITY_API_SC", ",", "AgentCheck", ".", "CRITICAL", ",", "tags", "=", "[", "\"keystone_server: {}\"", ".", "format", "(", "keystone_server_url", ")", "]", "+", "custom_tags", ",", ")", "# If Keystone is down/unreachable, we default the", "# Nova and Neutron APIs to UNKNOWN since we cannot access the service catalog", "self", ".", "service_check", "(", "self", ".", "NETWORK_API_SC", ",", "AgentCheck", ".", "UNKNOWN", ",", "tags", "=", "[", "\"keystone_server: {}\"", ".", "format", "(", "keystone_server_url", ")", "]", "+", "custom_tags", ",", ")", "self", ".", "service_check", "(", "self", ".", "COMPUTE_API_SC", ",", "AgentCheck", ".", "UNKNOWN", ",", "tags", "=", "[", "\"keystone_server: {}\"", ".", "format", "(", "keystone_server_url", ")", "]", "+", "custom_tags", ",", ")", "except", "MissingNovaEndpoint", "as", "e", ":", "self", ".", "warning", "(", "\"The agent could not find a compatible Nova endpoint in your service catalog!\"", ")", "self", ".", "log", ".", "debug", "(", "\"Failed to get nova endpoint for response catalog: %s\"", ",", "e", ")", "self", ".", "service_check", "(", "self", ".", "COMPUTE_API_SC", ",", "AgentCheck", ".", "CRITICAL", ",", "tags", "=", "[", "\"keystone_server: {}\"", ".", "format", "(", "keystone_server_url", ")", "]", "+", "custom_tags", ",", ")", "except", "MissingNeutronEndpoint", ":", "self", ".", "warning", "(", "\"The agent could not find a compatible Neutron endpoint in your service catalog!\"", ")", "self", ".", "service_check", "(", "self", ".", "NETWORK_API_SC", ",", "AgentCheck", ".", "CRITICAL", ",", "tags", "=", "[", "\"keystone_server: {}\"", ".", "format", "(", "keystone_server_url", ")", "]", "+", "custom_tags", ",", ")", "if", "self", ".", "_api", "is", "None", ":", "# Fast fail in the absence of an api", "raise", "IncompleteConfig", "(", ")" ]

[ "Guarantees", "a", "valid", "auth", "scope", "for", "this", "instance", "and", "returns", "it" ]

[ "def", "add_to_following", "(", "self", ",", "following", ")", ":", "assert", "isinstance", "(", "following", ",", "github", ".", "NamedUser", ".", "NamedUser", ")", ",", "following", "headers", ",", "data", "=", "self", ".", "_requester", ".", "requestJsonAndCheck", "(", "\"PUT\"", ",", "\"/user/following/\"", "+", "following", ".", "_identity", ")" ]

[ ":", "calls", ":", "PUT", "/", "user", "/", "following", "/", ":", "user", "<http", ":", "//", "developer", ".", "github", ".", "com", "/", "v3", "/", "users", "/", "followers", ">", "_", ":", "param", "following", ":", ":", "class", ":", "github", ".", "NamedUser", ".", "NamedUser", ":", "rtype", ":", "None" ]

[ "def", "rst_add_mathjax", "(", "content", ")", ":", "# .rst is the only valid extension for reStructuredText files", "_", ",", "ext", "=", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "content", ".", "source_path", ")", ")", "if", "ext", "!=", "'.rst'", ":", "return", "# If math class is present in text, add the javascript", "# note that RST hardwires mathjax to be class \"math\"", "if", "'class=\"math\"'", "in", "content", ".", "_content", ":", "content", ".", "_content", "+=", "\"<script type='text/javascript'>%s</script>\"", "%", "rst_add_mathjax", ".", "mathjax_script" ]

[ "Adds", "mathjax", "script", "for", "reStructuredText" ]

[ "def", "validate", "(", "idText", ",", "alpha", ",", "r", ",", "cert", ",", "caPubkey", ")", ":", "# Verify parameter types", "assertScalarType", "(", "alpha", ")", "assertScalarType", "(", "r", ")", "assertType", "(", "cert", ",", "ec1Element", ")", "assertType", "(", "caPubkey", ",", "ec1Element", ")", "G", "=", "generatorEc", "(", ")", "# Compute the private key @s", "e", "=", "_exp", "(", "cert", ",", "idText", ")", "s", "=", "(", "e", "*", "alpha", "+", "r", ")", "%", "orderEc", "(", ")", "# Compute the public key two ways: using the privkey and using the cert", "# (the way a client will compute it)", "# The easy way", "S1", "=", "s", "*", "G", "# Using the cert", "S2", "=", "e", "*", "cert", "+", "caPubkey", "# The two techniques should produce the same pubkey value -- raise an", "# exception if they don't match", "if", "S1", "!=", "S2", ":", "raise", "Exception", "(", "\"Implicit certification response failed validation\"", ")", "return", "s", ",", "S1" ]

[ "A", "server", "can", "validate", "an", "implicit", "certificate", "response", "using", "identity", "string" ]

[ "def", "__fire_callback", "(", "self", ",", "type_", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "called", "=", "False", "plain_submit", "=", "self", ".", "__threadpool", ".", "submit", "with", "self", ".", "__callbacks", ":", "submit", "=", "self", ".", "__crud_threadpool", ".", "submit", "if", "type_", "in", "_CB_CRUD_TYPES", "else", "plain_submit", "for", "func", ",", "serialised_if_crud", "in", "self", ".", "__callbacks", "[", "type_", "]", ":", "called", "=", "True", "# allow CRUD callbacks to not be serialised if requested", "(", "submit", "if", "serialised_if_crud", "else", "plain_submit", ")", "(", "func", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "called" ]

[ "Returns", "True", "if", "at", "least", "one", "callback", "was", "called" ]

[ "def", "listSubjectsResponse", "(", "self", ",", "query", ",", "status", "=", "None", ",", "start", "=", "None", ",", "count", "=", "None", ",", "vendorSpecific", "=", "None", ")", ":", "url_query", "=", "{", "'status'", ":", "status", ",", "'start'", ":", "start", ",", "'count'", ":", "count", ",", "'query'", ":", "query", "}", "return", "self", ".", "GET", "(", "'accounts'", ",", "query", "=", "url_query", ",", "headers", "=", "vendorSpecific", ")" ]

[ "CNIdentity", ".", "listSubjects", "(", "session", "query", "status", "start", "count", ")", "→", "SubjectList", "https", ":", "//", "releases", ".", "dataone", ".", "org", "/", "online", "/", "api", "-", "documentation", "-", "v2", ".", "0", ".", "1", "/", "apis", "/", "CN_APIs", ".", "html#CNIdentity", ".", "listSubjects", "." ]

[ "def", "get_var", "(", "self", ",", "name", ",", "recurse", "=", "True", ")", ":", "self", ".", "_dlog", "(", "\"getting var '{}'\"", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "return", "self", ".", "_search", "(", "\"vars\"", ",", "name", ",", "recurse", ")" ]

[ "Return", "the", "first", "var", "of", "name", "name", "in", "the", "current", "scope", "stack", "(", "remember", "vars", "are", "the", "ones", "that", "parse", "the", "input", "stream", ")" ]

[ "def", "create_devices", "(", "self", ",", "thing_names", ",", "config_file", ",", "region", "=", "None", ",", "cert_dir", "=", "None", ",", "append", "=", "False", ",", "account_id", "=", "None", ",", "policy_name", "=", "'ggd-discovery-policy'", ",", "profile_name", "=", "None", ")", ":", "logging", ".", "info", "(", "\"create_devices thing_names:{0}\"", ".", "format", "(", "thing_names", ")", ")", "config", "=", "GroupConfigFile", "(", "config_file", "=", "config_file", ")", "if", "append", "is", "False", "and", "config", ".", "is_device_fresh", "(", ")", "is", "False", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Config file tracking previously created devices. Append \"", "\"devices instead\"", ")", "if", "region", "is", "None", ":", "region", "=", "self", ".", "_region", "if", "account_id", "is", "None", ":", "account_id", "=", "self", ".", "_account_id", "devices", "=", "dict", "(", ")", "if", "append", ":", "devices", "=", "config", "[", "'devices'", "]", "if", "type", "(", "thing_names", ")", "is", "str", ":", "thing_names", "=", "[", "thing_names", "]", "iot_client", "=", "_get_iot_session", "(", "region", "=", "region", ",", "profile_name", "=", "profile_name", ")", "for", "thing_name", "in", "thing_names", ":", "keys_cert", ",", "thing", "=", "self", ".", "create_thing", "(", "thing_name", ",", "region", ",", "cert_dir", ")", "cert_arn", "=", "keys_cert", "[", "'certificateArn'", "]", "devices", "[", "thing_name", "]", "=", "{", "'thing_arn'", ":", "thing", "[", "'thingArn'", "]", ",", "'cert_arn'", ":", "cert_arn", ",", "'cert_id'", ":", "keys_cert", "[", "'certificateId'", "]", ",", "'thing_name'", ":", "thing_name", "}", "logging", ".", "info", "(", "\"Thing:'{0}' associated with cert:'{1}'\"", ".", "format", "(", "thing_name", ",", "cert_arn", ")", ")", "device_policy", "=", "self", ".", "get_device_policy", "(", "device_name", "=", "thing_name", ",", "account_id", "=", "account_id", ",", "region", "=", "region", ")", "self", ".", "_create_attach_thing_policy", "(", "cert_arn", ",", "device_policy", ",", "iot_client", ",", "policy_name", ")", "config", "[", "'devices'", "]", "=", "devices", "logging", ".", "info", "(", "\"create_devices cfg:{0}\"", ".", "format", "(", "config", ")", ")" ]

[ "Using", "the", "thing_names", "values", "creates", "Things", "in", "AWS", "IoT", "attaches", "and", "downloads", "new", "keys", "&", "certs", "to", "the", "certificate", "directory", "then", "records", "the", "created", "information", "in", "the", "local", "config", "file", "for", "inclusion", "in", "the", "Greengrass", "Group", "as", "Greengrass", "Devices", "." ]

[ "def", "delete_collection_namespaced_network_policy", "(", "self", ",", "namespace", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "# noqa: E501", "kwargs", "[", "'_return_http_data_only'", "]", "=", "True", "if", "kwargs", ".", "get", "(", "'async_req'", ")", ":", "return", "self", ".", "delete_collection_namespaced_network_policy_with_http_info", "(", "namespace", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "# noqa: E501", "else", ":", "(", "data", ")", "=", "self", ".", "delete_collection_namespaced_network_policy_with_http_info", "(", "namespace", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "# noqa: E501", "return", "data" ]

[ "delete_collection_namespaced_network_policy", "#", "noqa", ":", "E501" ]

[ "def", "visitTerminal", "(", "self", ",", "ctx", ")", ":", "text", "=", "ctx", ".", "getText", "(", ")", "return", "Terminal", ".", "from_text", "(", "text", ",", "ctx", ")" ]

[ "Converts", "case", "insensitive", "keywords", "and", "identifiers", "to", "lowercase" ]

[ "def", "_prepare_transforms", "(", "self", ")", ":", "for", "offset", ",", "value", "in", "enumerate", "(", "self", ".", "_config", ".", "get", "(", "config", ".", "TRANSFORMS", ",", "[", "]", ")", ")", ":", "self", ".", "_config", "[", "config", ".", "TRANSFORMS", "]", "[", "offset", "]", "=", "self", ".", "_import_class", "(", "value", ")" ]

[ "Prepare", "the", "list", "of", "transforming", "objects" ]

[ "def", "bads_report", "(", "bads", ",", "path_prefix", "=", "None", ")", ":", "path_processor", "=", "(", "(", "lambda", "x", ":", "x", ")", "if", "path_prefix", "is", "None", "else", "get_rp_stripper", "(", "path_prefix", ")", ")", "reports", "=", "[", "]", "for", "result", "in", "bads", ":", "if", "len", "(", "result", ")", "==", "3", ":", "depended_lib", ",", "depending_lib", ",", "missing_archs", "=", "result", "reports", ".", "append", "(", "\"{0} needs {1} {2} missing from {3}\"", ".", "format", "(", "path_processor", "(", "depending_lib", ")", ",", "'archs'", "if", "len", "(", "missing_archs", ")", ">", "1", "else", "'arch'", ",", "', '", ".", "join", "(", "sorted", "(", "missing_archs", ")", ")", ",", "path_processor", "(", "depended_lib", ")", ")", ")", "elif", "len", "(", "result", ")", "==", "2", ":", "depending_lib", ",", "missing_archs", "=", "result", "reports", ".", "append", "(", "\"Required {0} {1} missing from {2}\"", ".", "format", "(", "'archs'", "if", "len", "(", "missing_archs", ")", ">", "1", "else", "'arch'", ",", "', '", ".", "join", "(", "sorted", "(", "missing_archs", ")", ")", ",", "path_processor", "(", "depending_lib", ")", ")", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Report tuple should be length 2 or 3'", ")", "return", "'\\n'", ".", "join", "(", "sorted", "(", "reports", ")", ")" ]

[ "Return", "a", "nice", "report", "of", "bad", "architectures", "in", "bads" ]

[ "def", "seek_previous_line", "(", "self", ")", ":", "where", "=", "self", ".", "file", ".", "tell", "(", ")", "offset", "=", "0", "while", "True", ":", "if", "offset", "==", "where", ":", "break", "read_size", "=", "self", ".", "read_size", "if", "self", ".", "read_size", "<=", "where", "else", "where", "self", ".", "file", ".", "seek", "(", "where", "-", "offset", "-", "read_size", ",", "SEEK_SET", ")", "data_len", ",", "data", "=", "self", ".", "read", "(", "read_size", ")", "# Consider the following example: Foo\\r | \\nBar where \" | \" denotes current position,", "# '\\nBar' is the read part and 'Foo\\r' is the remaining part.", "# We should completely consume terminator \"\\r\\n\" by reading one extra byte.", "if", "b'\\r\\n'", "in", "self", ".", "LINE_TERMINATORS", "and", "data", "[", "0", "]", "==", "b'\\n'", "[", "0", "]", ":", "terminator_where", "=", "self", ".", "file", ".", "tell", "(", ")", "if", "terminator_where", ">", "data_len", "+", "1", ":", "self", ".", "file", ".", "seek", "(", "where", "-", "offset", "-", "data_len", "-", "1", ",", "SEEK_SET", ")", "terminator_len", ",", "terminator_data", "=", "self", ".", "read", "(", "1", ")", "if", "terminator_data", "[", "0", "]", "==", "b'\\r'", "[", "0", "]", ":", "data_len", "+=", "1", "data", "=", "b'\\r'", "+", "data", "self", ".", "file", ".", "seek", "(", "terminator_where", ")", "data_where", "=", "data_len", "while", "data_where", ">", "0", ":", "terminator", "=", "self", ".", "suffix_line_terminator", "(", "data", "[", ":", "data_where", "]", ")", "if", "terminator", "and", "offset", "==", "0", "and", "data_where", "==", "data_len", ":", "# The last character is a line terminator that finishes current line. Ignore it.", "data_where", "-=", "len", "(", "terminator", ")", "elif", "terminator", ":", "self", ".", "file", ".", "seek", "(", "where", "-", "offset", "-", "(", "data_len", "-", "data_where", ")", ")", "return", "self", ".", "file", ".", "tell", "(", ")", "else", ":", "data_where", "-=", "1", "offset", "+=", "data_len", "if", "where", "==", "0", ":", "# Nothing more to read.", "return", "-", "1", "else", ":", "# Very first line.", "self", ".", "file", ".", "seek", "(", "0", ")", "return", "0" ]

[ "Seek", "previous", "line", "relative", "to", "the", "current", "file", "position", "." ]

[ "def", "community_post_create", "(", "self", ",", "data", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "api_path", "=", "\"/api/v2/community/posts.json\"", "return", "self", ".", "call", "(", "api_path", ",", "method", "=", "\"POST\"", ",", "data", "=", "data", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "https", ":", "//", "developer", ".", "zendesk", ".", "com", "/", "rest_api", "/", "docs", "/", "help_center", "/", "posts#create", "-", "post" ]

[ "def", "alignment_a", "(", "self", ")", ":", "from", "molmod", ".", "transformations", "import", "Rotation", "new_x", "=", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "0", "]", ".", "copy", "(", ")", "new_x", "/=", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "new_x", ")", "new_z", "=", "np", ".", "cross", "(", "new_x", ",", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "1", "]", ")", "new_z", "/=", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "new_z", ")", "new_y", "=", "np", ".", "cross", "(", "new_z", ",", "new_x", ")", "new_y", "/=", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "new_y", ")", "return", "Rotation", "(", "np", ".", "array", "(", "[", "new_x", ",", "new_y", ",", "new_z", "]", ")", ")" ]

[ "Computes", "the", "rotation", "matrix", "that", "aligns", "the", "unit", "cell", "with", "the", "Cartesian", "axes", "starting", "with", "cell", "vector", "a", "." ]

[ "def", "_validate_header", "(", "self", ",", "hed", ")", ":", "# pylint: disable=no-self-use", "if", "not", "bool", "(", "hed", ")", ":", "return", "False", "length", "=", "-", "1", "for", "row", "in", "hed", ":", "if", "not", "bool", "(", "row", ")", ":", "return", "False", "elif", "length", "==", "-", "1", ":", "length", "=", "len", "(", "row", ")", "elif", "len", "(", "row", ")", "!=", "length", ":", "return", "False", "return", "True" ]

[ "Validate", "the", "list", "that", "represents", "the", "table", "header", "." ]

[ "def", "create_server", "(", "initialize", "=", "True", ")", ":", "with", "provider", "(", ")", "as", "p", ":", "host_string", "=", "p", ".", "create_server", "(", ")", "if", "initialize", ":", "env", ".", "host_string", "=", "host_string", "initialize_server", "(", ")" ]

[ "Create", "a", "server" ]

[ "def", "predict", "(", "self", ",", "X", ",", "exposure", "=", "None", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "_is_fitted", ":", "raise", "AttributeError", "(", "'GAM has not been fitted. Call fit first.'", ")", "X", "=", "check_X", "(", "X", ",", "n_feats", "=", "self", ".", "statistics_", "[", "'m_features'", "]", ",", "edge_knots", "=", "self", ".", "edge_knots_", ",", "dtypes", "=", "self", ".", "dtype", ",", "features", "=", "self", ".", "feature", ",", "verbose", "=", "self", ".", "verbose", ")", "if", "exposure", "is", "not", "None", ":", "exposure", "=", "np", ".", "array", "(", "exposure", ")", ".", "astype", "(", "'f'", ")", "else", ":", "exposure", "=", "np", ".", "ones", "(", "X", ".", "shape", "[", "0", "]", ")", ".", "astype", "(", "'f'", ")", "check_lengths", "(", "X", ",", "exposure", ")", "return", "self", ".", "predict_mu", "(", "X", ")", "*", "exposure" ]

[ "preduct", "expected", "value", "of", "target", "given", "model", "and", "input", "X", "often", "this", "is", "done", "via", "expected", "value", "of", "GAM", "given", "input", "X" ]

[ "def", "removed", "(", "name", ",", "requirements", "=", "None", ",", "bin_env", "=", "None", ",", "log", "=", "None", ",", "proxy", "=", "None", ",", "timeout", "=", "None", ",", "user", "=", "None", ",", "cwd", "=", "None", ",", "use_vt", "=", "False", ")", ":", "ret", "=", "{", "'name'", ":", "name", ",", "'result'", ":", "None", ",", "'comment'", ":", "''", ",", "'changes'", ":", "{", "}", "}", "try", ":", "pip_list", "=", "__salt__", "[", "'pip.list'", "]", "(", "bin_env", "=", "bin_env", ",", "user", "=", "user", ",", "cwd", "=", "cwd", ")", "except", "(", "CommandExecutionError", ",", "CommandNotFoundError", ")", "as", "err", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Error uninstalling \\'{0}\\': {1}'", ".", "format", "(", "name", ",", "err", ")", "return", "ret", "if", "name", "not", "in", "pip_list", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "True", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Package is not installed.'", "return", "ret", "if", "__opts__", "[", "'test'", "]", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "None", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Package {0} is set to be removed'", ".", "format", "(", "name", ")", "return", "ret", "if", "__salt__", "[", "'pip.uninstall'", "]", "(", "pkgs", "=", "name", ",", "requirements", "=", "requirements", ",", "bin_env", "=", "bin_env", ",", "log", "=", "log", ",", "proxy", "=", "proxy", ",", "timeout", "=", "timeout", ",", "user", "=", "user", ",", "cwd", "=", "cwd", ",", "use_vt", "=", "use_vt", ")", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "True", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "name", "]", "=", "'Removed'", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Package was successfully removed.'", "else", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Could not remove package.'", "return", "ret" ]

[ "Make", "sure", "that", "a", "package", "is", "not", "installed", "." ]

[ "def", "commit_or_abort", "(", "self", ",", "ctx", ",", "timeout", "=", "None", ",", "metadata", "=", "None", ",", "credentials", "=", "None", ")", ":", "return", "self", ".", "stub", ".", "CommitOrAbort", "(", "ctx", ",", "timeout", "=", "timeout", ",", "metadata", "=", "metadata", ",", "credentials", "=", "credentials", ")" ]

[ "Runs", "commit", "or", "abort", "operation", "." ]

[ "def", "pip_compile", "(", "*", "packages", ":", "str", ")", ":", "result", "=", "None", "packages", "=", "\"\\n\"", ".", "join", "(", "packages", ")", "with", "tempfile", ".", "TemporaryDirectory", "(", ")", "as", "tmp_dirname", ",", "cwd", "(", "tmp_dirname", ")", ":", "with", "open", "(", "\"requirements.in\"", ",", "\"w\"", ")", "as", "requirements_file", ":", "requirements_file", ".", "write", "(", "packages", ")", "runner", "=", "CliRunner", "(", ")", "try", ":", "result", "=", "runner", ".", "invoke", "(", "cli", ",", "[", "\"requirements.in\"", "]", ",", "catch_exceptions", "=", "False", ")", "except", "Exception", "as", "exc", ":", "raise", "ThothPipCompileError", "(", "str", "(", "exc", ")", ")", "from", "exc", "if", "result", ".", "exit_code", "!=", "0", ":", "error_msg", "=", "(", "f\"pip-compile returned non-zero ({result.exit_code:d}) \"", "f\"output: {result.output_bytes.decode():s}\"", ")", "raise", "ThothPipCompileError", "(", "error_msg", ")", "return", "result", ".", "output_bytes", ".", "decode", "(", ")" ]

[ "Run", "pip", "-", "compile", "to", "pin", "down", "packages", "also", "resolve", "their", "transitive", "dependencies", "." ]

[ "def", "time_seconds", "(", "tc_array", ",", "year", ")", ":", "tc_array", "=", "np", ".", "array", "(", "tc_array", ",", "copy", "=", "True", ")", "word", "=", "tc_array", "[", ":", ",", "0", "]", "day", "=", "word", ">>", "1", "word", "=", "tc_array", "[", ":", ",", "1", "]", ".", "astype", "(", "np", ".", "uint64", ")", "msecs", "=", "(", "(", "127", ")", "&", "word", ")", "*", "1024", "word", "=", "tc_array", "[", ":", ",", "2", "]", "msecs", "+=", "word", "&", "1023", "msecs", "*=", "1024", "word", "=", "tc_array", "[", ":", ",", "3", "]", "msecs", "+=", "word", "&", "1023", "return", "(", "np", ".", "datetime64", "(", "str", "(", "year", ")", "+", "'-01-01T00:00:00Z'", ",", "'s'", ")", "+", "msecs", "[", ":", "]", ".", "astype", "(", "'timedelta64[ms]'", ")", "+", "(", "day", "-", "1", ")", "[", ":", "]", ".", "astype", "(", "'timedelta64[D]'", ")", ")" ]

[ "Return", "the", "time", "object", "from", "the", "timecodes" ]

[ "def", "unsubscribe", "(", "SubscriptionArn", ",", "region", "=", "None", ",", "key", "=", "None", ",", "keyid", "=", "None", ",", "profile", "=", "None", ")", ":", "if", "not", "SubscriptionArn", ".", "startswith", "(", "'arn:aws:sns:'", ")", ":", "# Grrr, AWS sent us an ARN that's NOT and ARN....", "# This can happen if, for instance, a subscription is left in PendingAcceptance or similar", "# Note that anything left in PendingConfirmation will be auto-deleted by AWS after 30 days", "# anyway, so this isn't as ugly a hack as it might seem at first...", "log", ".", "info", "(", "'Invalid subscription ARN `%s` passed - likely a PendingConfirmaton or such. '", "'Skipping unsubscribe attempt as it would almost certainly fail...'", ",", "SubscriptionArn", ")", "return", "True", "subs", "=", "list_subscriptions", "(", "region", "=", "region", ",", "key", "=", "key", ",", "keyid", "=", "keyid", ",", "profile", "=", "profile", ")", "sub", "=", "[", "s", "for", "s", "in", "subs", "if", "s", ".", "get", "(", "'SubscriptionArn'", ")", "==", "SubscriptionArn", "]", "if", "not", "sub", ":", "log", ".", "error", "(", "'Subscription ARN %s not found'", ",", "SubscriptionArn", ")", "return", "False", "TopicArn", "=", "sub", "[", "0", "]", "[", "'TopicArn'", "]", "conn", "=", "_get_conn", "(", "region", "=", "region", ",", "key", "=", "key", ",", "keyid", "=", "keyid", ",", "profile", "=", "profile", ")", "try", ":", "conn", ".", "unsubscribe", "(", "SubscriptionArn", "=", "SubscriptionArn", ")", "log", ".", "info", "(", "'Deleted subscription %s from SNS topic %s'", ",", "SubscriptionArn", ",", "TopicArn", ")", "return", "True", "except", "botocore", ".", "exceptions", ".", "ClientError", "as", "e", ":", "log", ".", "error", "(", "'Failed to delete subscription %s: %s'", ",", "SubscriptionArn", ",", "e", ")", "return", "False" ]

[ "Unsubscribe", "a", "specific", "SubscriptionArn", "of", "a", "topic", "." ]

[ "def", "make_box_pixel_mask_from_col_row", "(", "column", ",", "row", ",", "default", "=", "0", ",", "value", "=", "1", ")", ":", "# FE columns and rows start from 1\r", "col_array", "=", "np", ".", "array", "(", "column", ")", "-", "1", "row_array", "=", "np", ".", "array", "(", "row", ")", "-", "1", "if", "np", ".", "any", "(", "col_array", ">=", "80", ")", "or", "np", ".", "any", "(", "col_array", "<", "0", ")", "or", "np", ".", "any", "(", "row_array", ">=", "336", ")", "or", "np", ".", "any", "(", "row_array", "<", "0", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Column and/or row out of range'", ")", "shape", "=", "(", "80", ",", "336", ")", "mask", "=", "np", ".", "full", "(", "shape", ",", "default", ",", "dtype", "=", "np", ".", "uint8", ")", "if", "column", "and", "row", ":", "mask", "[", "col_array", ".", "min", "(", ")", ":", "col_array", ".", "max", "(", ")", "+", "1", ",", "row_array", ".", "min", "(", ")", ":", "row_array", ".", "max", "(", ")", "+", "1", "]", "=", "value", "# advanced indexing\r", "return", "mask" ]

[ "Generate", "box", "shaped", "mask", "from", "column", "and", "row", "lists", ".", "Takes", "the", "minimum", "and", "maximum", "value", "from", "each", "list", ".", "Parameters", "----------", "column", ":", "iterable", "int", "List", "of", "colums", "values", ".", "row", ":", "iterable", "int", "List", "of", "row", "values", ".", "default", ":", "int", "Value", "of", "pixels", "that", "are", "not", "selected", "by", "the", "mask", ".", "value", ":", "int", "Value", "of", "pixels", "that", "are", "selected", "by", "the", "mask", ".", "Returns", "-------", "numpy", ".", "ndarray" ]

[ "def", "update_channels", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "interlock_channel", "=", "-", "1", "self", ".", "override_channel", "=", "-", "1", "self", ".", "zero_I_channel", "=", "-", "1", "self", ".", "no_vtol_channel", "=", "-", "1", "# output channels", "self", ".", "rsc_out_channel", "=", "9", "self", ".", "fwd_thr_channel", "=", "10", "for", "ch", "in", "range", "(", "1", ",", "16", ")", ":", "option", "=", "self", ".", "get_mav_param", "(", "\"RC%u_OPTION\"", "%", "ch", ",", "0", ")", "if", "option", "==", "32", ":", "self", ".", "interlock_channel", "=", "ch", "elif", "option", "==", "63", ":", "self", ".", "override_channel", "=", "ch", "elif", "option", "==", "64", ":", "self", ".", "zero_I_channel", "=", "ch", "elif", "option", "==", "65", ":", "self", ".", "override_channel", "=", "ch", "elif", "option", "==", "66", ":", "self", ".", "no_vtol_channel", "=", "ch", "function", "=", "self", ".", "get_mav_param", "(", "\"SERVO%u_FUNCTION\"", "%", "ch", ",", "0", ")", "if", "function", "==", "32", ":", "self", ".", "rsc_out_channel", "=", "ch", "if", "function", "==", "70", ":", "self", ".", "fwd_thr_channel", "=", "ch" ]

[ "update", "which", "channels", "provide", "input" ]

[ "def", "_mint_new_ott_ids", "(", "self", ",", "how_many", "=", "1", ")", ":", "first_minted_id", "=", "self", ".", "_next_ott_id", "self", ".", "_next_ott_id", "=", "first_minted_id", "+", "how_many", "content", "=", "u'{\"next_ott_id\": %d}\\n'", "%", "self", ".", "_next_ott_id", "# The content is JSON, but we hand-rolled the string above", "# so that we can use it as a commit_msg", "self", ".", "_write_master_branch_resource", "(", "content", ",", "self", ".", "_id_minting_file", ",", "commit_msg", "=", "content", ",", "is_json", "=", "False", ")", "last_minted_id", "=", "self", ".", "_next_ott_id", "-", "1", "return", "first_minted_id", ",", "last_minted_id" ]

[ "ASSUMES", "the", "caller", "holds", "the", "_doc_counter_lock", "!", "Checks", "the", "current", "int", "value", "of", "the", "next", "ottid", "reserves", "a", "block", "of", "{", "how_many", "}", "ids", "advances", "the", "counter", "to", "the", "next", "available", "value", "stores", "the", "counter", "in", "a", "file", "in", "case", "the", "server", "is", "restarted", ".", "Checks", "out", "master", "branch", "as", "a", "side", "effect", "." ]

[ "def", "run", "(", "self", ",", "args", ")", ":", "jlink", "=", "self", ".", "create_jlink", "(", "args", ")", "erased", "=", "jlink", ".", "erase", "(", ")", "print", "(", "'Bytes Erased: %d'", "%", "erased", ")" ]

[ "Erases", "the", "device", "connected", "to", "the", "J", "-", "Link", "." ]

[ "def", "append", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "def", "append_trans", "(", "pipe", ")", ":", "self", ".", "_append_helper", "(", "value", ",", "pipe", ")", "self", ".", "_transaction", "(", "append_trans", ")" ]

[ "Add", "*", "value", "*", "to", "the", "right", "side", "of", "the", "collection", "." ]

[ "def", "get_job_url", "(", "config", ",", "hub", ",", "group", ",", "project", ")", ":", "if", "(", "(", "config", "is", "not", "None", ")", "and", "(", "'hub'", "in", "config", ")", "and", "(", "hub", "is", "None", ")", ")", ":", "hub", "=", "config", "[", "\"hub\"", "]", "if", "(", "(", "config", "is", "not", "None", ")", "and", "(", "'group'", "in", "config", ")", "and", "(", "group", "is", "None", ")", ")", ":", "group", "=", "config", "[", "\"group\"", "]", "if", "(", "(", "config", "is", "not", "None", ")", "and", "(", "'project'", "in", "config", ")", "and", "(", "project", "is", "None", ")", ")", ":", "project", "=", "config", "[", "\"project\"", "]", "if", "(", "(", "hub", "is", "not", "None", ")", "and", "(", "group", "is", "not", "None", ")", "and", "(", "project", "is", "not", "None", ")", ")", ":", "return", "'/Network/{}/Groups/{}/Projects/{}/jobs'", ".", "format", "(", "hub", ",", "group", ",", "project", ")", "return", "'/Jobs'" ]

[ "Util", "method", "to", "get", "job", "url" ]